问题:

从git上面pull下来脚本文件，在Linux上面执行。
执行chmod +x 后，如果再次有修改文件，git pull 的提示会终止。
每次都要使用 git checkout -- <filename> 来强制覆盖文件，然后才能再次下拉文件

解决方法

进入项目文件夹，配置git 忽略文件权限

　

chown www:www -R ./* && chmod 755 -R ./*
git config core.filemode false

以后就不会在有pull文件时候的冲突提示了

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