处理 NCBI taxonomy tree
1. etetoolkit :
github 官网:https://github.com/etetoolkit/ete
官网:http://etetoolkit.org/
2. taxonkit
github 官网:https://github.com/0820LL/taxonkit
官网:https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/
处理 NCBI taxonomy tree的更多相关文章
- TaxonKit - A cross-platform and Efficient NCBI Taxonomy Toolkit
https://github.com/0820LL/taxonkit Usage: https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/usage/
- 生物数据库介绍——NCBI
NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCB ...
- Python: tree data structure
# 树结构 from pythonds.basic.stack import Stack #pip install pythonds from pythonds.trees.binaryTree im ...
- 如何利用efetch从NCBI中批量下载数据?
目录 找序列 下序列 假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列,如何实施? 找序列 第一步,肯定是找到相关序列. 我从ncbi taxonomy进入,搜索oryza.因为要搜索mRNA核酸序列, ...
- 一行 Python 代码搞定一棵树
使用 Python 内建的 defaultdict 方法可以轻松定义一个树的数据结构. 简单的说树也可以是一个字典数据结构 Python 1 def tree(): retur ...
- orthodb
1.数据库 orthodb数据: odb10v0_levels.tab.gz: NCBI taxonomy nodes where Ortho DB orthologous groups (OGs) ...
- FunGuild 数据库简介
FUNGulid = Fungi + Functional + Guild , 是一个真菌的功能注释的数据库,目前数据库中涵盖了超过12000个真菌的功能注释信息: 网址如下: http://www. ...
- Linux command line exercises for NGS data processing
by Umer Zeeshan Ijaz The purpose of this tutorial is to introduce students to the frequently used to ...
- GO 功能注释
文章转载于 Original 2017-06-12 liuhui 生信百科 相似的基因在不同物种中,其功能往往保守的.显然,需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能,否则,不同 ...
随机推荐
- Docker笔记——jdk镜像制作
openjdk镜像依赖如下: openjdk:8-jdk -> buildpack-deps:jessie-scm -> buildpack-deps:jessie-curl -> ...
- Git 记不住命令
Git 记不住命令 每次用每次查 真棒 git log --stat --author=someone # git查询某个人修改记录 git log filename # fileName相关的com ...
- Delphi中Inputbox 和Inputquery 函数的使用
原文转自:http://blog.csdn.net/zengcong2013/article/details/18355959 inputbox的返回值是,你在输入框中输入的文字.而inputquer ...
- mybatis学习 -每天一记 mybatis insert null 报错
mybatis 插入数据,model的属性存在null,插入报错 在使用mybatis 进行insert时,如果字段值存在null的情况,会出现插入失败的情况,解决方案: 如果使用spring boo ...
- 嵌入式文件IO实验
实验步骤: 1.arm-linux-gcc 交叉编译环境的安装.参考网站:https://jingyan.baidu.com/article/9c69d48f80282013c9024e20.html ...
- 自学PHP的正确方法与经验
我是2015年开始接触认识到PHP编程方面的知识,2012年我还是一名刚毕业的大学生开始踏入社会从事自己一份学校推荐的自动化职业,自动化工作枯燥无味,每天基本上3点一线,食堂-公司机器-宿舍,做了3年 ...
- Sql Server数据库之存储过程
阅读目录 一:存储过程概述 二:存储过程分类 三:创建存储过程 1.创建无参存储过程 2.修改存储过程 3.删除存储过程 4.重命名存储过程 5.创建带参数的存储过程 简单来说,存储过程就是一条或 ...
- makefile(一)
Makefile的一个具体的实例 来源:http://blog.sina.com.cn/s/blog_73d4d5fa0100paiy.html (2011-03-06 23:10:02) 转载▼ 标 ...
- sha256_transform
DECLSPEC void sha256_transform (const u32 *w0, const u32 *w1, const u32 *w2, const u32 *w3, u32 *dig ...
- 【第二组】Hunter-alpha版本发布报告
Alpha版本测试报告 一 BUG汇总 1.暂时无法进行注册.(打算修复) 2.用户发布任务界面图标按钮存在显示bug.(打算修复) 3.主界面下拉菜单暂无内容,无法弹出.(打算修复) 二 场景测 ...