1. etetoolkit :

github 官网：https://github.com/etetoolkit/ete

官网：http://etetoolkit.org/

2. taxonkit

github 官网：https://github.com/0820LL/taxonkit

官网：https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/

处理 NCBI taxonomy tree的更多相关文章

  1. TaxonKit - A cross-platform and Efficient NCBI Taxonomy Toolkit

    https://github.com/0820LL/taxonkit Usage: https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/usage/

  2. 生物数据库介绍——NCBI

    NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCB ...

  3. Python: tree data structure

    # 树结构 from pythonds.basic.stack import Stack #pip install pythonds from pythonds.trees.binaryTree im ...

  4. 如何利用efetch从NCBI中批量下载数据？

    目录 找序列 下序列 假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列,如何实施? 找序列 第一步,肯定是找到相关序列. 我从ncbi taxonomy进入,搜索oryza.因为要搜索mRNA核酸序列, ...

  5. 一行 Python 代码搞定一棵树

    使用 Python 内建的 defaultdict 方法可以轻松定义一个树的数据结构. 简单的说树也可以是一个字典数据结构           Python   1 def tree(): retur ...

  6. orthodb

    1.数据库 orthodb数据: odb10v0_levels.tab.gz: NCBI taxonomy nodes where Ortho DB orthologous groups (OGs) ...

  7. FunGuild 数据库简介

    FUNGulid = Fungi + Functional + Guild , 是一个真菌的功能注释的数据库,目前数据库中涵盖了超过12000个真菌的功能注释信息: 网址如下: http://www. ...

  8. Linux command line exercises for NGS data processing

    by Umer Zeeshan Ijaz The purpose of this tutorial is to introduce students to the frequently used to ...

  9. GO 功能注释

    文章转载于 Original 2017-06-12 liuhui 生信百科 相似的基因在不同物种中,其功能往往保守的.显然,需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能,否则,不同 ...

随机推荐

  1. Delphi Exif

    这久要用到读取JPG 的 Exif 信息,先是在盒子里下了个Demo,但是那个太老了,是2003年的,后来下载了个CCR 1.5.1是可以使用了,但是我个人用的是Delphi 2007,似乎CCR 1 ...

  2. 深入理解Java虚拟机读书笔记8----Java内存模型与线程

    八 Java内存模型与线程   1 Java内存模型     ---主要目标:定义程序中各个变量的访问规则,即在虚拟机中将变量存储到内存和从内存中取出变量这样的底层细节.     ---此处的变量和J ...

  3. java面试总结（资料来源网络）

    core java: 一.集合 1.hashMap 结构如图: HashMap在Map.Entry静态内部类实现中存储key-value对. HashMap使用哈希算法.在put和get方法中.它使用 ...

  4. fibonacci数列-斐波那契数列-python编程

    未完待续~ 了解fibonacci数列: 斐波纳契数列(Fibonacci Sequence),又称黄金分割数列. 1,1,2,3,5,8,13,21,34,55,89,144,233,377,610 ...

  5. Shopt命令(删除排除)

    有时候我们需要反选某个文件以外的其他文件,就会用到rm -rf!(file)命令,但是有时候这条命令会报错显示 -bash: !: event not found 解决办法:shopt -s extg ...

  6. MySQL多实例的环境下，服务器端本地连接到指定实例的问题（sock方式连接）

    涉及到sock连接的问题. 为了测试MySQL的某些个特性,在一个机器上安装了多个MySQL的实例,如下截图,有两个实例,一个端口是8000,一个端口是8001.在使用mysql -uroot -p ...

  7. C#生成树形结构泛型类

    C#生成树形结构泛型类,使用方法: ToTree<ShowMessageUpdatesTableTreeViewModel>.ToDo(models) public class ToTre ...

  8. Java_监听器监听文件夹变动

    package demo4; import java.io.IOException;import java.nio.file.FileSystems;import java.nio.file.Path ...

  9. [原创] debian 9.3 搭建Jira+Confluence+Bitbucket+crowd+seafile (零) 修改端口的问题

    [原创] debian 9.3 搭建Jira+Confluence+Bitbucket+seafile  (零)  修改端口的问题 来来来,今天说个没有人说过的事, 搭建好Jira+Confluenc ...

  10. docker swarm 集群及可视化界面的安装及配置

    docker swarm 集群及可视化界面的安装及配置 2016-12-14 16:08:46 标签:swarm consul registrator 原创作品,允许转载,转载时请务必以超链接形式标明 ...