1. etetoolkit :

github 官网：https://github.com/etetoolkit/ete

官网：http://etetoolkit.org/

2. taxonkit

github 官网：https://github.com/0820LL/taxonkit

官网：https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/

处理 NCBI taxonomy tree的更多相关文章

  1. TaxonKit - A cross-platform and Efficient NCBI Taxonomy Toolkit

    https://github.com/0820LL/taxonkit Usage: https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/usage/

  2. 生物数据库介绍——NCBI

    NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCB ...

  3. Python: tree data structure

    # 树结构 from pythonds.basic.stack import Stack #pip install pythonds from pythonds.trees.binaryTree im ...

  4. 如何利用efetch从NCBI中批量下载数据？

    目录 找序列 下序列 假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列,如何实施? 找序列 第一步,肯定是找到相关序列. 我从ncbi taxonomy进入,搜索oryza.因为要搜索mRNA核酸序列, ...

  5. 一行 Python 代码搞定一棵树

    使用 Python 内建的 defaultdict 方法可以轻松定义一个树的数据结构. 简单的说树也可以是一个字典数据结构           Python   1 def tree(): retur ...

  6. orthodb

    1.数据库 orthodb数据: odb10v0_levels.tab.gz: NCBI taxonomy nodes where Ortho DB orthologous groups (OGs) ...

  7. FunGuild 数据库简介

    FUNGulid = Fungi + Functional + Guild , 是一个真菌的功能注释的数据库,目前数据库中涵盖了超过12000个真菌的功能注释信息: 网址如下: http://www. ...

  8. Linux command line exercises for NGS data processing

    by Umer Zeeshan Ijaz The purpose of this tutorial is to introduce students to the frequently used to ...

  9. GO 功能注释

    文章转载于 Original 2017-06-12 liuhui 生信百科 相似的基因在不同物种中,其功能往往保守的.显然,需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能,否则,不同 ...

随机推荐

  1. JAVA 数组遍历

    一.遍历List 1.增强for循环 String[] arr = new String[] {"xx","yy","zz"}; for(S ...

  2. 爬虫之scrapy

    一.项目简单流程 1.创建项目 scrapy startproject 项目名 2.创建Spider cd 项目名 scrapy genspider 爬虫名 域名 class YokaSpider(s ...

  3. 在引用阿里云库或其他库的时候，经常发生框架不兼容（原因是系统采用：Microsoft .NET Framework 4 Client Profile ），请改为Microsoft .NET Framework 4

    在引用阿里云库或其他库的时候,经常发生框架不兼容(原因是系统采用:Microsoft .NET Framework 4 Client Profile ),请改为Microsoft .NET Frame ...

  4. tomcat 配置细节

    1.对于url中文乱码问题: (有时进行url编码也不能能够解决,找到server.xml添加URIEncoding="UTF-8",就可以了) tomcat配置编码:      ...

  5. CentOS6下4网口绑定双IP

    1. 基础信息介绍    4个物理网口分别是:eth0,eth1(集成网卡),eth2,eth3(外置网卡)    其中,    内置网卡eth0和eth1绑定到bond0(192.168.224.2 ...

  6. struts2.5入门

    引用链接:https://www.cnblogs.com/qulianqing/p/6627746.html

  7. celery （二） task调用

    调用 TASK 基础 task 的调用方式有三种: 类似普通函数的调用方式, 通过 __calling__ 调用 ,类似 function() 通过 apply_async() 调用,能接受较多的参数 ...

  8. 聊聊JMM

    JMM是什么? JMM 全称 Java memory model ,直译过来就是Java内存模型,这里注意了,指到并不是JVM中的内存分布新生代.老年代.永久代这些,当然也不是 程序计数器(PC).j ...

  9. openstack使用openvswitch实现vxlan的方法

    openstack使用openvswitch实现vxlan,分享给大家,具体如下: openstack环境: 1 版本:ocata 2 系统:ubuntu16.04.2 3 控制节点 1个 + 计算节 ...

  10. 解题（Solution -4Sum）

    Given an array S of n integers, are there elements a, b, c, and d in S such that a + b + c + d = tar ...