1. etetoolkit :

github 官网:https://github.com/etetoolkit/ete

官网:http://etetoolkit.org/

2. taxonkit

github 官网:https://github.com/0820LL/taxonkit

官网:https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/

处理 NCBI taxonomy tree的更多相关文章

  1. TaxonKit - A cross-platform and Efficient NCBI Taxonomy Toolkit

    https://github.com/0820LL/taxonkit Usage: https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/usage/

  2. 生物数据库介绍——NCBI

    NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCB ...

  3. Python: tree data structure

    # 树结构 from pythonds.basic.stack import Stack #pip install pythonds from pythonds.trees.binaryTree im ...

  4. 如何利用efetch从NCBI中批量下载数据?

    目录 找序列 下序列 假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列,如何实施? 找序列 第一步,肯定是找到相关序列. 我从ncbi taxonomy进入,搜索oryza.因为要搜索mRNA核酸序列, ...

  5. 一行 Python 代码搞定一棵树

    使用 Python 内建的 defaultdict 方法可以轻松定义一个树的数据结构. 简单的说树也可以是一个字典数据结构           Python   1 def tree(): retur ...

  6. orthodb

    1.数据库 orthodb数据: odb10v0_levels.tab.gz: NCBI taxonomy nodes where Ortho DB orthologous groups (OGs) ...

  7. FunGuild 数据库简介

    FUNGulid = Fungi + Functional + Guild , 是一个真菌的功能注释的数据库,目前数据库中涵盖了超过12000个真菌的功能注释信息: 网址如下: http://www. ...

  8. Linux command line exercises for NGS data processing

    by Umer Zeeshan Ijaz The purpose of this tutorial is to introduce students to the frequently used to ...

  9. GO 功能注释

    文章转载于 Original 2017-06-12 liuhui 生信百科 相似的基因在不同物种中,其功能往往保守的.显然,需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能,否则,不同 ...

随机推荐

  1. gentoo annie youku video

    在gentoo 上面,如果需要下载 youku 的视频的话,可以使用 annie 这个软件来下载.annie 软件主页:https://github.com/iawia002/annie#instal ...

  2. jinja2 把文本变成html

    data 是传过去的值 过滤器 | {{data.name | safe}}

  3. python 建立多维列表

    今天用到在网上没有找到合适的思路,于是自己动手写了一个,作为记录. dpa = [] dpb = [] dpc = [] for i in range(21): dpa.append(0) for i ...

  4. (转)Mysql字符串字段判断是否包含某个字符串的3种方法

    方法一: SELECT * FROM users WHERE emails like “%b@email.com%”; 方法二: 利用mysql 字符串函数 find_in_set(); SELECT ...

  5. Mybatis学习 day02

    第十六章回顾SQL99中的连接查询 1)内连接 2)外连接 3)自连接 第十七章回顾hibernate多表开发 1)一对一 2)一对多 3)多对多 第十八章 mybatis一对一映射[学生与身份证] ...

  6. NodeJs 使用 multer 实现文件上传

    Multer 是一个 node.js 中间件,用于处理 multipart/form-data 类型的表单数据,它主要用于上传文件 注意: Multer 不会处理任何非 multipart/form- ...

  7. VUE 引入阿里图标库

    本身项目是VUE, Element-UI项目, 所以内置Element-UI图标库 地址如下, https://element.eleme.cn/#/zh-CN/component/icon 使用时: ...

  8. Python——Django运行问题

    1.Python3.7+Django2.2操作Mysql数据库时出现如下错误:django.core.exceptions.ImproperlyConfigured: mysqlclient 1.3. ...

  9. visual studio开启多核编译方法《转》

    原文:https://blog.csdn.net/acaiwlj/article/details/50240625 visual studio在编译时可以启动多核并行编译,以减少编译所需时间.话不多说 ...

  10. activiti官网实例项目activiti-explorer之扩展流程节点属性

    节点中添加“关联表单”属性 1,stencilset.json中加入如下代码 , {    "name" : "approveTypepackage",    ...