1. etetoolkit :

github 官网:https://github.com/etetoolkit/ete

官网:http://etetoolkit.org/

2. taxonkit

github 官网:https://github.com/0820LL/taxonkit

官网:https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/

处理 NCBI taxonomy tree的更多相关文章

  1. TaxonKit - A cross-platform and Efficient NCBI Taxonomy Toolkit

    https://github.com/0820LL/taxonkit Usage: https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/usage/

  2. 生物数据库介绍——NCBI

    NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCB ...

  3. Python: tree data structure

    # 树结构 from pythonds.basic.stack import Stack #pip install pythonds from pythonds.trees.binaryTree im ...

  4. 如何利用efetch从NCBI中批量下载数据?

    目录 找序列 下序列 假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列,如何实施? 找序列 第一步,肯定是找到相关序列. 我从ncbi taxonomy进入,搜索oryza.因为要搜索mRNA核酸序列, ...

  5. 一行 Python 代码搞定一棵树

    使用 Python 内建的 defaultdict 方法可以轻松定义一个树的数据结构. 简单的说树也可以是一个字典数据结构           Python   1 def tree(): retur ...

  6. orthodb

    1.数据库 orthodb数据: odb10v0_levels.tab.gz: NCBI taxonomy nodes where Ortho DB orthologous groups (OGs) ...

  7. FunGuild 数据库简介

    FUNGulid = Fungi + Functional + Guild , 是一个真菌的功能注释的数据库,目前数据库中涵盖了超过12000个真菌的功能注释信息: 网址如下: http://www. ...

  8. Linux command line exercises for NGS data processing

    by Umer Zeeshan Ijaz The purpose of this tutorial is to introduce students to the frequently used to ...

  9. GO 功能注释

    文章转载于 Original 2017-06-12 liuhui 生信百科 相似的基因在不同物种中,其功能往往保守的.显然,需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能,否则,不同 ...

随机推荐

  1. C++实现根据路径读取文件内容

    已知文件路径,用C++实现读取对应文件的内容,代码如下: bool LoadShaderStr(const char* szShaderPath,string& strShaderStr) { ...

  2. boost的named_mutex的一些坑

    最近遇到一个问题,程序在a用户下运行后,然后注销windows,登陆b用户,发现程序奔溃,抓了下堆栈,发现了boost的named_mutex一些细节,记录下 #include <boost/i ...

  3. logstash 切分tomcat日志

    以下配置是logstash切分tomcat catalina.out日志. http://grok.qiexun.net/  分割时先用这个网站测试下语句对不对,能不能按需切割日志. input { ...

  4. cookies,sessionstorage,localstorage的区别?

    请描述一下 cookies,sessionStorage 和 localStorage 的区别? sessionStorage 和 localStorage 是HTML5 Web Storage AP ...

  5. [SF] Symfony 在 console 中结合 Workerman

    在web框架的console中,命令不再是直接指定入口文件,如以往 php test.php start,而是类似 php app/console do 的形式. workerman 对命令的解析是 ...

  6. linux重装rabbitmq的问题

    一.卸载 [root@zabbix_server lib]# rpm -qa|grep rabbitmq rabbitmq-server--.noarch [root@zabbix_server li ...

  7. 提高GitHub下载速度

    修改/etc/hosts 加上 151.101.72.249 GitHub.global.ssl.fastly.net 192.30.253.112 github.com

  8. Java基础第一天(标识符、变量)

    一.标识符 Java对各种变量.类.方法命名时的字符序列. 凡自己可以起名字的地方都叫标识符. 标识符特点: 1.26个英文字母大小写,0~9,$,_ 组成. 2.数字不可以做开头. 3.不可以使用关 ...

  9. 大数据学习笔记3 - 并行编程模型MapReduce

    分布式并行编程用于解决大规模数据的高效处理问题.分布式程序运行在大规模计算机集群上,集群中计算机并行执行大规模数据处理任务,从而获得海量计算能力. MapReduce是一种并行编程模型,用于大规模数据 ...

  10. R语言读取JSON数据