1. etetoolkit :

github 官网:https://github.com/etetoolkit/ete

官网:http://etetoolkit.org/

2. taxonkit

github 官网:https://github.com/0820LL/taxonkit

官网:https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/

处理 NCBI taxonomy tree的更多相关文章

  1. TaxonKit - A cross-platform and Efficient NCBI Taxonomy Toolkit

    https://github.com/0820LL/taxonkit Usage: https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/usage/

  2. 生物数据库介绍——NCBI

    NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCB ...

  3. Python: tree data structure

    # 树结构 from pythonds.basic.stack import Stack #pip install pythonds from pythonds.trees.binaryTree im ...

  4. 如何利用efetch从NCBI中批量下载数据?

    目录 找序列 下序列 假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列,如何实施? 找序列 第一步,肯定是找到相关序列. 我从ncbi taxonomy进入,搜索oryza.因为要搜索mRNA核酸序列, ...

  5. 一行 Python 代码搞定一棵树

    使用 Python 内建的 defaultdict 方法可以轻松定义一个树的数据结构. 简单的说树也可以是一个字典数据结构           Python   1 def tree(): retur ...

  6. orthodb

    1.数据库 orthodb数据: odb10v0_levels.tab.gz: NCBI taxonomy nodes where Ortho DB orthologous groups (OGs) ...

  7. FunGuild 数据库简介

    FUNGulid = Fungi + Functional + Guild , 是一个真菌的功能注释的数据库,目前数据库中涵盖了超过12000个真菌的功能注释信息: 网址如下: http://www. ...

  8. Linux command line exercises for NGS data processing

    by Umer Zeeshan Ijaz The purpose of this tutorial is to introduce students to the frequently used to ...

  9. GO 功能注释

    文章转载于 Original 2017-06-12 liuhui 生信百科 相似的基因在不同物种中,其功能往往保守的.显然,需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能,否则,不同 ...

随机推荐

  1. 记一次使用getRequestDispatcher遇到的坑。。响应页面出现新建下载任务

    getRequestDispatcher RequestDispatcher接口提供将请求转发送到另一个资源的功能,它可能是html,servlet或jsp等. 此接口也可用于包括另一资源的内容.它是 ...

  2. python3下调用系统massagebox对话框

    #python3下调用系统massagebox对话框#先安装pwin32插件https://github.com/mhammond/pywin32/releases import win32apiim ...

  3. spring boot application.properties详解

    附上最新文档地址:https://docs.spring.io/spring-boot/docs/current/reference/html/common-application-propertie ...

  4. GDI+ 或 GdiPlus 在VC6下的使用方法

    1.在你的app类头文件中假如以下代码(红字显示) #if !defined(AFX_WALKLTDEMO_H__826A807C_C01D_4FF0_9248_A6BD0369F3A8__INCLU ...

  5. K2项目开发流程

    (自己的学习资料) K2项目开发流程: 1.在VS2013中设计流程,并在K2 Workspce中测试流程 首先是新建新建一个k2的Process文件..kprx后缀. 在里面创建所需要的流程.由于我 ...

  6. shell脚本中获取当前所在目录地址

    shell脚本中获取当前所在目录如下 #!/bin/bash work_path=$() cd ${work_path} work_path=$(pwd) cd ${work_path}/src

  7. MTK6261之Catcher工具的Database Path

    在Catcher使用使用的时候我们常用要选择Database Path 设置数据库的路径,编译自动生成的文件: 设置路径选项: (一般是在对应工程文件的路径 \tst\database_classb) ...

  8. gitlab api 使用

    api文档:https://docs.gitlab.com/ee/api/projects.html#project-visibility-level 1.项目查询 http://127.0.0.1: ...

  9. JQ删除数组中的某个对象

    ---恢复内容开始--- var pros = []; 全局变量function doSearchSal(){ var param = {}; var searchSal=$.trim($(" ...

  10. IDEA与eclipse:vm参数调优笔记

    我的电脑配置12G内存,64位,win10系统. 首先,idea,是在idea中安装目录下的bin目录下面找到位的同学注意找到idea32.exe.vmoptions的文件去编辑. 更改文件,无非大多 ...