处理 NCBI taxonomy tree
1. etetoolkit :
github 官网：https://github.com/etetoolkit/ete
官网：http://etetoolkit.org/
2. taxonkit
github 官网：https://github.com/0820LL/taxonkit
官网：https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/
处理 NCBI taxonomy tree的更多相关文章
- TaxonKit - A cross-platform and Efficient NCBI Taxonomy Toolkit
https://github.com/0820LL/taxonkit Usage: https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/usage/
- 生物数据库介绍——NCBI
NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCB ...
- Python: tree data structure
# 树结构 from pythonds.basic.stack import Stack #pip install pythonds from pythonds.trees.binaryTree im ...
- 如何利用efetch从NCBI中批量下载数据？
目录 找序列 下序列 假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列,如何实施? 找序列 第一步,肯定是找到相关序列. 我从ncbi taxonomy进入,搜索oryza.因为要搜索mRNA核酸序列, ...
- 一行 Python 代码搞定一棵树
使用 Python 内建的 defaultdict 方法可以轻松定义一个树的数据结构. 简单的说树也可以是一个字典数据结构 Python 1 def tree(): retur ...
- orthodb
1.数据库 orthodb数据: odb10v0_levels.tab.gz: NCBI taxonomy nodes where Ortho DB orthologous groups (OGs) ...
- FunGuild 数据库简介
FUNGulid = Fungi + Functional + Guild , 是一个真菌的功能注释的数据库,目前数据库中涵盖了超过12000个真菌的功能注释信息: 网址如下: http://www. ...
- Linux command line exercises for NGS data processing
by Umer Zeeshan Ijaz The purpose of this tutorial is to introduce students to the frequently used to ...
- GO 功能注释
文章转载于 Original 2017-06-12 liuhui 生信百科 相似的基因在不同物种中,其功能往往保守的.显然,需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能,否则,不同 ...
随机推荐
- 实战ELK（9） Elasticsearch地理位置
地理坐标点(geo-point) 是指地球表面可以用经纬度描述的一个点.地理坐标点可以用来计算两个坐标位置间的距离,或者判断一个点是否在一个区域中.地理坐标点不能被动态映射(dynamic mappi ...
- IntelliJ IDEA 设置背景图片
1.在idea中 按快捷键 Ctrl+Shift+A 出现如图 输入 Set Background Image 双击 Set Background Image 2.选择要添加的图片的路径 ...
- 【亲测可用网上的不靠谱居多】一个完整的用canvas画内容然后保存到本地的例子
涉及好多个问题 比如保存到本地有黑色背景 怎么用把文字和图 画到画布上 腾讯的东西就是坑多了 直接上代码吧 啥也不说额 pic.wxml <view class='container'> ...
- IIS下uploadify上传大文件出现404错误（提示上传文件大小超过400M）
原因:由于IIS7下的默认设置限制了上传大小,所以Web.Config中的大小设置也就失效了. 解决步骤: 1.打开IIS管理器,找到Default Web Site(也就是你的发布站点),先进行停止 ...
- nodejs 实现文件拷贝
通过4中不通的方式实现对一个文件的拷贝 方式一:readFile 异步一次性读取文件再写入 //异步形式读取文件 function copyFile(url){ const extName = pat ...
- Must practice programming questions in all languages
To master any programming languages, you need to definitely solve/practice the below-listed problems ...
- MySql：SELECT 语句（五）正则表达式的使用
关键字:REGEXP REGEXP 语句形式和 LIKE 语句相似,REGEXP 后面跟正则表达式.如果需要区分大小写,可以在 REGEXP 后加关键字 BINARY. 所有的正则表达式的规则都可以在 ...
- splice() 方法通过删除现有元素和/或添加新元素来更改一个数组的内容。
var myFish = ["angel", "clown", "mandarin", "surgeon"]; //从第 ...
- KeyValuePair 和 Dictionary 的关系和区别
KeyValuePair 和 Dictionary 的关系 1.KeyValuePair a.KeyValuePair 是一个结构体(struct): b.KeyValuePair ...
- iptables实现端口转发实际案例
拓扑 client : 跳板机 外网:192.168.10.194 内网:10.1.1.1 内网mysql: 10.1.1.2 [root@test194 network-scripts]# cat ...