ABySS非root权限安装

本文转自  http://yangl.net/2015/11/12/abyss_install/

ABySS:

ABySS is a de novo, parallel, paired-end sequence assembler that is designed for short reads. The single-processor version is useful for assembling genomes up to 100 Mbases in size. The parallel version is implemented using MPI and is capable of assembling larger genomes.

ABySS是一个能并行的，双端测序短序列组装软件（单端也行），但线程版本可用于之多100M基因组的拼接，并行版本采用MPI并行算法，能拼接比100M更大的基因组。组装转录组数据可用Trans-ABySS. 据我简单调研，ABySS 在病毒基因组拼接中使用广泛^［1，2］，所以我在这里安装ABySS的目的就是用来组装一个病毒基因组。

安装：

安装ABySS需要以下依赖包：

• Boost
• sparsehash（由于google code即将关闭，新地址在github:https://github.com/sparsehash/sparsehash）
• Open MPI

ABySS需要支持OpenMP的C++编译器如gcc 4.2或以上；另外当使用Boost 1.51.0 or 1.52.0版本时，ABySS编译会出现报错，后续版本没这个bug.

下面是非root权限安装步骤：

1.安装gcc

首先看看自己有没有安装gcc及gcc版本： gcc -v; 由于我的版本4.8.1，所以我就不需要安装，下面贴出其他站点的一个安装步骤以供参考：

编译安装gcc之前需要先安装三个必须的软件，分别下载之：

GMP:

wget ftp://ftp.gmplib.org/pub/gmp-5.0.1/gmp-5.0.1.tar.bz2
解压：tar jxvf gmp-5.0.1.tar.bz2
进入目录：cd gmp-5.0.1
配置：./configure –prefix=$HOME
编译：make
安装：make install

(下面的过程比较相似，只写出配置步骤)

MFPR:

wget http://www.mpfr.org/mpfr-current/mpfr-3.0.0.tar.bz2
./configure –prefix=$HOME –with-gmp=$HOME

MPC:

wget http://www.multiprecision.org/mpc/download/mpc-0.8.2.tar.gz
./configure –prefix=$HOME

在这里我们在配置的时候将安装目录统一指定为$HOME，将程序执行文件，库文件及头文件全部安装在自己的目录下，呵呵，因为没有root嘛

下载新版gcc:

wget http://gcc-uk.internet.bs/releases/gcc-4.5.1/gcc-4.5.1.tar.bz2

./configure –prefix=$HOME –with-gmp=$HOME –with-mpfr=$HOME –with-mpc=$HOME

这样新版的gcc就安装到了我们的home目录，为了默认使用新的gcc修改自己的配置文件例如.bash_profile或.bashrc

2. boost 安装

下载，直接解压即可

wget http://downloads.sourceforge.net/project/boost/boost/1.56.0/boost_1_56_0.tar.bz2

tar jxf boost_1_56_0.tar.bz2  （解压好得到boost_1_56_0文件夹，此时就可以了）

mv boost_1_56_0 /share/workdir/yangl/soft （说明一下我的家目录不是/home/yangl，而是/share/workdir/yangl，我的软件全部装在/share/workdir/yangl/soft ，所以我把它已到我的软件安装目录下）

3. sparsehash 安装

下载地址：https://github.com/sparsehash/sparsehash（sparsehash: version 2.0.3）
下载方法：进入下载地址 -> 页面右侧找到 Download zip 按钮 -> 下载

解压： gunzipsparsehash-master.zip
cd sparsehash-master
./configure –prefix=/share/workdir/yangl/soft/sparsehash
make
make install

4. Open MPI 安装

下载地址：http://www.open-mpi.org/software/ompi/v1.10/downloads/openmpi-1.10.1.tar.bz2

tar xf openmpi-X.Y.Z.tar.gz
cd openmpi-X.Y.Z
./configure –prefix=/share/workdir/yangl/soft/openmpi
make all install

安装好后准备安装ABySS,再ABySS安装的make这一步时报错：/usr/bin/ld: cannot find -lsqlite3 ，经过研究发现需要安装sqlite

5. sqlite安装

下载地址：http://www.sqlite.org/2015/sqlite-autoconf-3090200.tar.gz  （version 3.9.2）

tar -xvf sqlite-autoconf-3090200.tar
cd sqlite-autoconf-3090200
./configure –prefix=/share/workdir/yangl/soft/sqlite
make
make install

至此所有依赖包安装完成，全部安装在目录：/share/workdir/yangl/soft 下

6. ABySS安装

下载地址：https://github.com/bcgsc/abyss/releases/download/1.9.0/abyss-1.9.0.tar.gz

tar -zxvf abyss-1.9.0.tar.gz
./configure
–prefix=/share/workdir/yangl/soft/abyss
–with-boost=/share/workdir/yangl/soft/boost_1_56_0
–with-mpi=/share/workdir/yangl/soft/openmpi
CPPFLAGS=-I/share/workdir/yangl/soft/sparsehash/include –enable-maxk=96
–with-sqlite=/share/workdir/yangl/soft/sqlite
make
make install

注意：配置时 CPPFLAGS=-I/share/workdir/yangl/soft/sparsehash/include： sparsehash需要执行它的include文件夹

[1] Carrera, J. P., et al.
(2015). “Mercadeo Virus: A Novel Mosquito-Specific Flavivirus from
Panama.” Am J Trop Med Hyg 93(5): 1014-1019.

[2] Gandar, F., et al.
(2015). “The Genome of a Tortoise Herpesvirus (Testudinid Herpesvirus 3)
Has a Novel Structure and Contains a Large Region That Is Not Required
for Replication In Vitro or Virulence In Vivo.” Journal of Virology
89(22): 11438-11456.