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需求

已知某基因组序列，染色体或scaffold ID顺序不定，想要对其按数字排序。



原顺序：

想要的排序结果：

实现

使用bioawk，没有的话conda直接安装。

bioawk -c fastx '{print}' old.genome.fa |  \

  sort -k1,1V | awk '{print ">"$1;print $2}' >new.genome.fa

https://www.biostars.org/p/494201/

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