目录

需求

已知某基因组序列，染色体或scaffold ID顺序不定，想要对其按数字排序。



原顺序：

想要的排序结果：

实现

使用bioawk，没有的话conda直接安装。

bioawk -c fastx '{print}' old.genome.fa |  \

  sort -k1,1V | awk '{print ">"$1;print $2}' >new.genome.fa

https://www.biostars.org/p/494201/

使用bioawk对基因组fasta序列ID（染色体/scaffold名称）排序？的更多相关文章

  1. 通过bed文件获取fasta序列

    一.BED 文件格式 BED 文件格式提供了一种灵活的方式来定义的数据行,以用来描述注释的信息.BED行有3个必须的列和9个额外可选的列. 每行的数据格式要求一致. 必须包含的3列: 1.chrom, ...

  2. php 统计fasta 序列长度和GC含量

    最近php7的消息铺天盖地, 忍不住想尝试下.星期天看了下语法, 写个小脚本练下手: 这个脚本读取fasta 文件, 输出序列的长度和GC含量: <?php $fasta = "tes ...

  3. bowtie2-inspect 根据bowtie2的索引取得fasta 序列

    今天运行tophat2的时候看到下面这条记录: [2016-02-27 11:40:03] Checking for reference FASTA file Warning: Could not f ...

  4. samtools faidx 命令处理fasta序列

    samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx ...

  5. 据时间生成唯一序列ID

    据时间生成唯一序列ID /** * <html> * <body> * <P> Copyright 1994 JsonInternational</p> ...

  6. order by id asc得出的排序是什么原理

    我们要用order by id asc得出的排序应该是,4,好了原理就这么简. sql实现方法,代码如下: : 代码如下: $sql ="Select 字段 from 表名 where id ...

  7. Python之利用reduce函数求序列的最值及排序

    在一般将Python的reduce函数的例子中,通常都是拿列表求和来作为例子.那么,是否还有其他例子呢?   本次分享将讲述如何利用Python中的reduce函数对序列求最值以及排序.   我们用r ...

  8. B表中的pid对应A表中id，查询A表中数据，根据b表中对应a表中该id的数据数目排序

    B表中的pid对应A表中id,查询A表中数据,根据b表中对应a表中该id的数据数目排序 select a.*,count(*) as c from a left join b on a.id=b.ai ...

  9. 简单的 通过ID获取文件名称

    模型中的方法class 模型名{ /** * 通过ID获取文件名称 */ public static function getNameById($id) { $model = self::findOn ...

随机推荐

  1. airtext初始化（一）

  2. 2021.7.29考试总结[NOIP模拟27]

    T1 牛半仙的妹子图 做法挺多的,可以最小生成树或者最短路,复杂度O(cq),c是颜色数. 我考场上想到了原来做过的一道题影子,就用了并查集,把边权排序后一个个插入,记录权值的前缀和,复杂度mlogm ...

  3. 大神教零基础入门如何快速高效的学习c语言开发

    零基础如果更快更好的入门C语言,如何在枯燥的学习中找到属于自己的兴趣,如果把学习当成一种事务性的那以后的学习将会很难有更深入的进步,如果带着乐趣来完成学习那将越学越有意思这样才会让你有想要更深入学习的 ...

  4. Shadertoy 教程 Part 4 - 绘制多个2D图形和混入

    Note: This series blog was translated from Nathan Vaughn's Shaders Language Tutorial and has been au ...

  5. Unmount and run xfs_repair

    参考连接:https://blog.csdn.net/qq_35022803/article/details/109287086 如故障图所示,sda3出现问题, 下面的解决办法: 解决办法: 原因: ...

  6. httprunner3源码解读（2）models.py

    源码目录结构 我们首先来看下models.py的代码结构 我们可以看到这个模块中定义了12个属性和22个模型类,我们依次来看 属性源码分析 import os from enum import Enu ...

  7. “TCP：三次握手”分析——以一个简单的“服务器”和“客户端”为例

    linux&C这两天学到了网络编程这一章,自己写了一个小的"服务器"和"客户端"程序,目的在于简单理解tcp/ip模型,以及要搭建一台简单服务器,服务器 ...

  8. storm调用kafka重复消费的问题

    1. 实现IBolt接口的bolt需要显式调用collector.ack(); 2. 继承自BaseBasicBlot的bolt, 会帮你自动调用ack的

  9. SpringCloud升级之路2020.0.x版-34.验证重试配置正确性(1)

    本系列代码地址:https://github.com/JoJoTec/spring-cloud-parent 在前面一节,我们利用 resilience4j 粘合了 OpenFeign 实现了断路器. ...

  10. Part 32 AngularJS controller as syntax

    So far in this video series we have been using $scope to expose the members from the controller to t ...