目录

需求

已知某基因组序列,染色体或scaffold ID顺序不定,想要对其按数字排序。



原顺序:

想要的排序结果:

实现

使用bioawk,没有的话conda直接安装。

bioawk -c fastx '{print}' old.genome.fa |  \
sort -k1,1V | awk '{print ">"$1;print $2}' >new.genome.fa

https://www.biostars.org/p/494201/

使用bioawk对基因组fasta序列ID(染色体/scaffold名称)排序?的更多相关文章

  1. 通过bed文件获取fasta序列

    一.BED 文件格式 BED 文件格式提供了一种灵活的方式来定义的数据行,以用来描述注释的信息.BED行有3个必须的列和9个额外可选的列. 每行的数据格式要求一致. 必须包含的3列: 1.chrom, ...

  2. php 统计fasta 序列长度和GC含量

    最近php7的消息铺天盖地, 忍不住想尝试下.星期天看了下语法, 写个小脚本练下手: 这个脚本读取fasta 文件, 输出序列的长度和GC含量: <?php $fasta = "tes ...

  3. bowtie2-inspect 根据bowtie2的索引取得fasta 序列

    今天运行tophat2的时候看到下面这条记录: [2016-02-27 11:40:03] Checking for reference FASTA file Warning: Could not f ...

  4. samtools faidx 命令处理fasta序列

    samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx ...

  5. 据时间生成唯一序列ID

    据时间生成唯一序列ID /** * <html> * <body> * <P> Copyright 1994 JsonInternational</p> ...

  6. order by id asc得出的排序是什么原理

    我们要用order by id asc得出的排序应该是,4,好了原理就这么简. sql实现方法,代码如下: : 代码如下: $sql ="Select 字段 from 表名 where id ...

  7. Python之利用reduce函数求序列的最值及排序

    在一般将Python的reduce函数的例子中,通常都是拿列表求和来作为例子.那么,是否还有其他例子呢?   本次分享将讲述如何利用Python中的reduce函数对序列求最值以及排序.   我们用r ...

  8. B表中的pid对应A表中id,查询A表中数据,根据b表中对应a表中该id的数据数目排序

    B表中的pid对应A表中id,查询A表中数据,根据b表中对应a表中该id的数据数目排序 select a.*,count(*) as c from a left join b on a.id=b.ai ...

  9. 简单的 通过ID获取文件名称

    模型中的方法class 模型名{ /** * 通过ID获取文件名称 */ public static function getNameById($id) { $model = self::findOn ...

随机推荐

  1. Convolutional Neural Network-week2编程题2(Residual Networks)

    1. Residual Networks(残差网络) 残差网络 就是为了解决深网络的难以训练的问题的. In this assignment, you will: Implement the basi ...

  2. 安装多个版本的 JDK

    安装多个版本的 JDK 刚刚开始学 Java 的时候安装了 JDK9 版本,后续发现还是 JDK8 使用的多些,而又不想删除原先版本 因此安装两个版本的 JDK 在需要是切换一下即可 1. 安装第一个 ...

  3. UltraSoft - Alpha - Scrum Meeting 1

    Date: Apr 06th, 2020. 会议内容为讨论功能规格书和技术规格书的撰写. Scrum 情况汇报 进度情况 组员 负责 昨日进度 后两日任务 CookieLau PM.后端 进行Djan ...

  4. BUAA软工-结对项目作业

    结对项目作业 项目 内容 这个作业属于哪个课程 2020春季计算机学院软件工程(罗杰 任健) 这个作业的要求在哪里 结对项目作业 我在这个课程的目标是 通过这门课锻炼软件开发能力和经验,强化与他人合作 ...

  5. Node.js躬行记(13)——MySQL归档

    当前我们组管理着一套审核系统,除了数据源是服务端提供的,其余后台管理都是由我们组在维护. 这个系统就是将APP中的各类社交信息送到后台,然后有专门的审核人员来判断信息是否合规,当然在送到后台之前已经让 ...

  6. 第01课 OpenGL窗口(2)

    下一段包括了所有的绘图代码.任何您所想在屏幕上显示的东东都将在此段代码中出现.以后的每个教程中我都会在例程的此处增加新的代码.如果您对OpenGL已经有所了解的话,您可以在 glLoadIdentit ...

  7. Django 前端BootCSS 实现分页

    通过使用bootstrap框架,并配合Django自带的Paginator分页组件即可实现简单的分页效果. 1.创建MyWeb项目 python manage.py startapp MyWeb 2. ...

  8. Java 17 新功能介绍(LTS)

    点赞再看,动力无限.Hello world : ) 微信搜「程序猿阿朗 」. 本文 Github.com/niumoo/JavaNotes 和 未读代码博客 已经收录,有很多知识点和系列文章. Jav ...

  9. split,cdn,shell脚本,tmux,记一次往国外服务器传大文件的经历

    需求是这样的:将一个大概680M的Matlab数据文件传到国外某所大学的服务器上,服务器需要连接VPN才能访问,由于数据文件太大,而且如果我直接ssh连过去或者用ftp传输,那么中间很可能中断. ps ...

  10. js分支语句

    一.逻辑分支(选择结构,分支结构) 其实今天的课程才算开始涉及到逻辑 程序的三大结构 顺序结构 - 每天 代码逐行执行,一行一行自上而下执行 分支结构 有选择了,十字路口的选择,只能选择一个,如果.. ...