今天运行tophat2的时候看到下面这条记录：

[2016-02-27 11:40:03] Checking for reference FASTA file

        Warning: Could not find FASTA file /home/pub/database/Human/hg19/bowtie2_db/hg19.fa.fa

[2016-02-27 11:40:03] Reconstituting reference FASTA file from Bowtie index

  Executing: /home/pub/software/bowtie2/bowtie2-inspect /home/pub/database/Human/hg19/bowtie2_db/hg19.fa > /home/xudl/mrna/15B1230A/data_analysis/map/tophat2/CASE2/tmp/hg19.fa.fa

tophat2 在指定的bowtie2的索引目录下没有找到对应的名称为bowtie2_index.fa 的参考基因组文件，第一步首先根据

bowtie2索引构建参考基因组的fasta序列，用到bowtie2中的 bowtie2-inspect 程序

该程序的用法如下：

bowtie2-inspect bowtie2-inedx > ref.fa

之前一直用bowtie2做比对，没想到还有这么一个功能。

bowtie2-inspect 根据bowtie2的索引取得fasta 序列的更多相关文章

  1. samtools faidx 命令处理fasta序列

    samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx ...

  2. 通过bed文件获取fasta序列

    一.BED 文件格式 BED 文件格式提供了一种灵活的方式来定义的数据行,以用来描述注释的信息.BED行有3个必须的列和9个额外可选的列. 每行的数据格式要求一致. 必须包含的3列: 1.chrom, ...

  3. php 统计fasta 序列长度和GC含量

    最近php7的消息铺天盖地, 忍不住想尝试下.星期天看了下语法, 写个小脚本练下手: 这个脚本读取fasta 文件, 输出序列的长度和GC含量: <?php $fasta = "tes ...

  4. Perl去重fasta序列

    常规方法 #! usr/bin/perl -w use strict; my $input=shift; my %hash; open IN,"<$input"; $/=&q ...

  5. 使用bioawk对基因组fasta序列ID（染色体/scaffold名称）排序？

    目录 需求 实现 需求 已知某基因组序列,染色体或scaffold ID顺序不定,想要对其按数字排序. 原顺序: 想要的排序结果: 实现 使用bioawk,没有的话conda直接安装. bioawk ...

  6. 30、 bowtie和bowtie2使用条件区别及用法

    转载:http://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一.转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, ...

  7. Bowtie2的安装与使用

    Bowtie2的安装与使用  2017-06-15 18:58:52     342     0     0 Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组,与常规的比对软件不 ...

  8. 构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb

    参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解 ...

  9. Python array,list,dataframe索引切片操作 2016年07月19日——智浪文档

    array,list,dataframe索引切片操作 2016年07月19日——智浪文档 list,一维,二维array,datafrme,loc.iloc.ix的简单探讨 Numpy数组的索引和切片 ...

随机推荐

  1. sqlserver计算时间差DATEDIFF 函数

    DATEDIFF 函数 [日期和时间] 功能 返回两个日期之间的间隔. 语法 DATEDIFF ( date-part, date-expression-1, date-expression-2 ) ...

  2. 深入理解 Session 与 Cookie

    Session 与 Cookie 的作用都是为了保持访问用户与后端服务器的交互状态.它们有各自的优点,也有各自的缺陷,然而具有讽刺意味的是它们的优点和它们的使用场景又是矛盾的.例如,使用 Cookie ...

  3. RabbitMQ 远程 IP 访问 解决办法 -摘自网络

    刚刚安装的RabbitMQ-Server-3.3.5,并且也已经开启了Web管理功能,但是现在存在一个问题: 出于安全的考虑,guest这个默认的用户只能通过http://localhost:1567 ...

  4. 重温java中的String,StringBuffer,StringBuilder类

    不论什么一个系统在开发的过程中, 相信都不会缺少对字符串的处理. 在 java 语言中, 用来处理字符串的的类经常使用的有 3 个: String.StringBuffer.StringBuilder ...

  5. 【Android】20.4 录音

    分类:C#.Android.VS2015: 创建日期:2016-03-13 一.简介 利用Android提供的MediaRecorder类可直接录制音频. 1.权限要求 录制音频和视频需要下面的权限: ...

  6. Windows：C++11并发编程-条件变量(condition_variable)详解

    <condition_variable >头文件主要包含了与条件变量相关的类和函数.相关的类包括 std::condition_variable和 std::condition_varia ...

  7. Set 集合论

    https://en.m.wikipedia.org/wiki/De_Morgan%27s_laws https://plato.stanford.edu/entries/set-theory/ ht ...

  8. Linux /proc目录详解

    Linux系统上的/proc目录是一种文件系统,即proc文件系统.与其它常见的文件系统不同的是,/proc是一种伪文件系统(也即虚拟文件系统),存储的是当前内核运行状态的一系列特殊文件,用户可以通过 ...

  9. ny523 亡命逃串 hdoj 1253胜利大逃亡

    亡命逃窜 时间限制:1000 ms  |  内存限制:65535 KB 难度:4 描述 从前有个叫hck的骑士,为了救我们美丽的公主,潜入魔王的老巢,够英雄吧.不过英雄不是这么好当的.这个可怜的娃被魔 ...

  10. 使用vuex保存singer每个歌星的基本信息

    1.建src/store文件夹,建立以下文件来存储歌星信息 2.state.js const state = { singer:{} } export default state 2.mutation ...