Gff文件格式

gff格式是Sanger研究所定义,是一种简单的、方便的对于DNA、RNA以及蛋白质序列的特征进行描述的一种数据格式,已经成为序列注释的通用格式,比如基因组的基因预测,许多软件都支持输入或者输出gff格式。前格式定义的最新版本是版本3。原始定义见SONG websitegff是存文本文件,由tab键隔开的9列组成,以下是各列的说明:

Column 1: “seqid”
序列的编号,编号的有效字符[a-zA-Z0-9.:^*$@!+_?-|]
Column 2: “source”
注释信息的来源,比如”Genescan”、”Genbank” 等,可以为空,为空用”.”点号代替
Column 3: “type”
注释信息的类型,比如Gene、cDNA、mRNA等,或者是SO对应的编号
Columns 4 & 5: “start” and “end”
开始与结束的位置,注意计数是从1开始的。结束位置不能大于序列的长度
Column 6: “score”
得分,数字,是注释信息可能性的说明,可以是序列相似性比对时的E-values值或者基因预测是的P-values值。”.”表示为空。
Column 7: “strand”
序列的方向, +表示正义链, -反义链 , ? 表示未知.
Column 8: “phase”
仅对注释类型为 “CDS”有效,表示起始编码的位置,有效值为0、1、2。
Column 9: “attributes”
以多个键值对组成的注释信息描述,键与值之间用”=“,不同的键值用”;“隔开,一个键可以有多个值,不同值用”,“分割。注意如果描述中包括tab键以及”,=;”,要用URL转义规则进行转义,如tab键用 %09代替。键是区分大小写的,以大写字母开头的键是预先定义好的,在后面可能被其他注释信息所调用。

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