Pacbio三代基因组组装简介



















参考:
视频PPT来自欧易生物讲座:如何开启一个动植物基因组三代de novo项目?
Pacbio三代基因组组装简介的更多相关文章
- PacBio全基因组测序和组装
PacBio公司的业务范围也就5个(官网): Whole Genome Sequencing Targeted Sequencing Complex Populations RNA Sequencin ...
- PacBio三代全长转录组/Iso-Seq技术及案例分析
参考:产品手册 PacBio三代全长转录组有什么优势? 近年来,随着高通量测序技术的发展,转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段.但二代的转录本重构准确率很低,三代可以直接得到全长转录本,无需组 ...
- 基因组组装工具之 SOAPdenovo 使用方法
SOAPdenovo是一个新颖的适用于组装短reads的方法,能组装出类似人类基因组大小的de novo草图. 该软件特地设计用来组装Illumina GA short reads,新的版本减少了在图 ...
- PacBio长reads的大基因组组装
原文链接:Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多种方式利用PacBio长reads来生成和改进大型基因组的de novo组装. 你可以用几种 ...
- 【基因组组装】HiC挂载Juicebox纠错补充
目录 1. 主要纠错类型 misjoins translocations inversions chromosome boundaries 2. 其他有用操作 撤销与反撤销 移到边角料 1. 主要纠错 ...
- 【基因组组装】HiC挂载软件以及如何用Juice_box手工纠错?
目录 1.常用HiC挂载软件 2. Juice_box手工纠错 1.常用HiC挂载软件 ALLHiC 张兴坦老师专为多倍体和高杂合度物种基因组挂载开发.如果是复杂基因组,肯定是首选.对于简单基因组,我 ...
- Pacbio 纯三代组装复活草基因组
对于植物等真核生物基因组来说,重复序列, 多倍体,高杂合度等特征在利用二代数据进行组装的时候都会有很大的问题: 利用二代数据组装出来的基因组,大多达不到完成图的水准,通常只是覆盖到编码蛋白的基因区域, ...
- 基因组Denovo组装原理、软件、策略及实施
目录 1. 组装算法 1)基于OLC算法 2)基于DBG算法 3)OLC vs DBG 2. 组装软件 3. 组装策略 4. 组装项目实施 1)测序前的准备 2) 测序样品准备 3)测序策略的选择 4 ...
- 三代PacBio reads纠错 - 专题
三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是 ...
随机推荐
- 服务器端的GPU使用
服务器端的GPU使用 查看GPU信息 查看nvidia GPU信息: # 输入指令 lspci | grep -i nvidia # 结果如下: # 04:00.0 3D controller: NV ...
- 树形DP 枚举祖宗的例题
这类题目是真的很头疼....其实这类题目的特征也很明显,叶子结点贡献答案时和其所在链的祖宗有关,也就是说要想得知其贡献必须知道他的所有祖宗的贡献,其实处理方法也不是太难,就是在dfs枚举时顺便把祖宗的 ...
- hdu 1506 Largest Rectangle in a Histogram(DP)
题意: 有一个柱状图,有N条柱子.每一条柱子宽度都为1,长度为h1...hN. 在这N条柱子所构成的区域中找到一个最大面积,每平方米3块钱,问最多赚多少钱. 输入: 1<=N<=10000 ...
- Abp Vnext Vue3 的版本实现
基于ABP Vnext的二次开发,前端 vue3.0,Typescript,Ant Design Vue ,Vben Admin 的后台管理框架. 技术点 Net Core5.0 ABP Vnext ...
- Java测试开发--JSONPath、JSONArray、JSONObject使用(十)
一.Maven项目,pom.xml文件中导入 <dependency> <groupId>com.alibaba</groupId> <artifactId& ...
- Oracle Error while trying to retrieve text for error ORA-01804
我在Linux上编译C++程序,有这个错误. 本机情况: Linux上Oracle的安装情况,服务器上有两个Client版本.我在Makefile中使用了高版本的动态库. 原因: 1.首先排查下 tn ...
- Java学习(十九)
先学了字体分类 大概是这种效果: 一般把这些大类放在font-family的最后使用,防止字体呈现的效果不够好. 今天把final关键字学完了 也要几点要注意,我觉得比较重要的就是public sta ...
- Redis入门和Java利用jedis操作redis
Redis入门和Java利用jedis操作redis Redis介绍 Redis 是完全开源的,遵守 BSD 协议,是一个高性能的 key-value 数据库. Redis 与其他 key - val ...
- ECharts + jsp 图表
... <%@ page language="java" pageEncoding="UTF-8"%> <%@page import=&quo ...
- java:字符串与数字的转换
各种数字类型转换成字符串型 int i =8; String s =Integer.toString(i);// String g =String.valueOf(i); // 其中 value 为任 ...