参考：

视频PPT来自欧易生物讲座：如何开启一个动植物基因组三代de novo项目？

Pacbio三代基因组组装简介的更多相关文章

  1. PacBio全基因组测序和组装

    PacBio公司的业务范围也就5个(官网): Whole Genome Sequencing Targeted Sequencing Complex Populations RNA Sequencin ...

  2. PacBio三代全长转录组/Iso-Seq技术及案例分析

    参考:产品手册 PacBio三代全长转录组有什么优势? 近年来,随着高通量测序技术的发展,转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段.但二代的转录本重构准确率很低,三代可以直接得到全长转录本,无需组 ...

  3. 基因组组装工具之 SOAPdenovo 使用方法

    SOAPdenovo是一个新颖的适用于组装短reads的方法,能组装出类似人类基因组大小的de novo草图. 该软件特地设计用来组装Illumina GA short reads,新的版本减少了在图 ...

  4. PacBio长reads的大基因组组装

    原文链接:Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多种方式利用PacBio长reads来生成和改进大型基因组的de novo组装. 你可以用几种 ...

  5. 【基因组组装】HiC挂载Juicebox纠错补充

    目录 1. 主要纠错类型 misjoins translocations inversions chromosome boundaries 2. 其他有用操作 撤销与反撤销 移到边角料 1. 主要纠错 ...

  6. 【基因组组装】HiC挂载软件以及如何用Juice_box手工纠错？

    目录 1.常用HiC挂载软件 2. Juice_box手工纠错 1.常用HiC挂载软件 ALLHiC 张兴坦老师专为多倍体和高杂合度物种基因组挂载开发.如果是复杂基因组,肯定是首选.对于简单基因组,我 ...

  7. Pacbio 纯三代组装复活草基因组

    对于植物等真核生物基因组来说,重复序列, 多倍体,高杂合度等特征在利用二代数据进行组装的时候都会有很大的问题: 利用二代数据组装出来的基因组,大多达不到完成图的水准,通常只是覆盖到编码蛋白的基因区域, ...

  8. 基因组Denovo组装原理、软件、策略及实施

    目录 1. 组装算法 1)基于OLC算法 2)基于DBG算法 3)OLC vs DBG 2. 组装软件 3. 组装策略 4. 组装项目实施 1)测序前的准备 2) 测序样品准备 3)测序策略的选择 4 ...

  9. 三代PacBio reads纠错 - 专题

    三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是 ...

随机推荐

  1. MySQL复习（二）MySQL基本数据类型

    MySQL基本数据类型 常用的字段类型大致可以分为数值类型.字符串类型.日期时间类型三大类 1. 数值类型 数值类型可以分为整型.浮点型.定点型三小类. 1.1 整型 (tiny:极小的, small ...

  2. 转：进行vivado开发时，Generate Bitstream报错[DRC NSTD-1]，详细解决步骤

    报错如下 [Drc 23-20] Rule violation (NSTD-1) Unspecified I/O Standard - 4 out of 142 logical ports use I ...

  3. hdu 5092 Seam Carving （简单数塔DP，题没读懂，，不过可以分析样例）

    题意: 给一个m*n的矩阵,每格上有一个数. 找从第1行到第m行的一条路径,使得这条路径上的数之和最小. 路径必须满足相邻两行所选的两个数的纵坐标相邻(即一个格子必须是另一个格子的周围八个格子中的一个 ...

  4. 【http】https加速优化

    目录 前言 HTTPS 的连接很慢 https 步骤简要划分 握手耗时 证书验证 CRL OCSP 硬件优化 软件优化 软件升级 协议优化 证书优化 会话复用 会话票证 预共享密钥 前言 主要记录 h ...

  5. 浅谈对typora的使用

    内容概要 - 什么是typora - typora的具体使用 目录 内容概要 - 什么是typora - typora的具体使用 1. 什么是typora 2.typora的具体使用 1.标题级别 2 ...

  6. Jenkins MultiJob

    前提:项目有十几个服务每次发版/更新服务需要一个个去编译 目的:希望能够建立一个任务一次构建可以批量编译很多服务,并且需要输入一个参数指定编译的分支 需要插件: MultiJob 安装插件 1.在Je ...

  7. 几个简单的文本处理工具：diff,patch,grep,cut,sort,tr

    1:文本处理工具:   1:diff and patch : diff是比较文件或者目录的不同,主要有3个用法: diff file1 file2 :比较file1和file2的不同:diff -u ...

  8. C++ 指针的引用和指向引用的指针

    指向引用的指针 简单使用指针的一个例子就是: int a = 1; int *p = &a; 预先强调: 没有指向引用的指针 原因: 因为引用 不是对象,没有地址. 但是指向引用的指针是什么形 ...

  9. 深入剖析 RocketMQ 源码 - 消息存储模块

    一.简介 RocketMQ 是阿里巴巴开源的分布式消息中间件,它借鉴了 Kafka 实现,支持消息订阅与发布.顺序消息.事务消息.定时消息.消息回溯.死信队列等功能.RocketMQ 架构上主要分为四 ...

  10. IDEA中Update resources和Update classes and resources、Redeploy、Restart server的区别

    选项 描述 update resources 所有更改的资源都会更新(HTML,JSP,JavaScript,CSS和图像文件) update classes and resources 更改的资源将 ...