Pacbio三代基因组组装简介



















参考:
视频PPT来自欧易生物讲座:如何开启一个动植物基因组三代de novo项目?
Pacbio三代基因组组装简介的更多相关文章
- PacBio全基因组测序和组装
PacBio公司的业务范围也就5个(官网): Whole Genome Sequencing Targeted Sequencing Complex Populations RNA Sequencin ...
- PacBio三代全长转录组/Iso-Seq技术及案例分析
参考:产品手册 PacBio三代全长转录组有什么优势? 近年来,随着高通量测序技术的发展,转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段.但二代的转录本重构准确率很低,三代可以直接得到全长转录本,无需组 ...
- 基因组组装工具之 SOAPdenovo 使用方法
SOAPdenovo是一个新颖的适用于组装短reads的方法,能组装出类似人类基因组大小的de novo草图. 该软件特地设计用来组装Illumina GA short reads,新的版本减少了在图 ...
- PacBio长reads的大基因组组装
原文链接:Large Genome Assembly with PacBio Long Reads 可以以多种方式利用PacBio长reads来生成和改进大型基因组的de novo组装. 你可以用几种 ...
- 【基因组组装】HiC挂载Juicebox纠错补充
目录 1. 主要纠错类型 misjoins translocations inversions chromosome boundaries 2. 其他有用操作 撤销与反撤销 移到边角料 1. 主要纠错 ...
- 【基因组组装】HiC挂载软件以及如何用Juice_box手工纠错?
目录 1.常用HiC挂载软件 2. Juice_box手工纠错 1.常用HiC挂载软件 ALLHiC 张兴坦老师专为多倍体和高杂合度物种基因组挂载开发.如果是复杂基因组,肯定是首选.对于简单基因组,我 ...
- Pacbio 纯三代组装复活草基因组
对于植物等真核生物基因组来说,重复序列, 多倍体,高杂合度等特征在利用二代数据进行组装的时候都会有很大的问题: 利用二代数据组装出来的基因组,大多达不到完成图的水准,通常只是覆盖到编码蛋白的基因区域, ...
- 基因组Denovo组装原理、软件、策略及实施
目录 1. 组装算法 1)基于OLC算法 2)基于DBG算法 3)OLC vs DBG 2. 组装软件 3. 组装策略 4. 组装项目实施 1)测序前的准备 2) 测序样品准备 3)测序策略的选择 4 ...
- 三代PacBio reads纠错 - 专题
三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是 ...
随机推荐
- Coursera Deep Learning笔记 卷积神经网络基础
参考1 参考2 1. 计算机视觉 使用传统神经网络处理机器视觉的一个主要问题是输入层维度很大.例如一张64x64x3的图片,神经网络输入层的维度为12288. 如果图片尺寸较大,例如一张1000x10 ...
- python png图片生成gif
有时候写代码就是这样别人把代码写好你在后面加一个句号就行了 我很懒不想写成函数,你自己来吧.有注释就不错了 这个依赖一个图像处理库pillow,轮子就是轮他不是车 import imageio imp ...
- 【二食堂】Beta - 发布声明
Beta - 发布声明 新功能 在Beta阶段,图谱方面的新功能有:自定义关系的添加与删除.实体查找.实体名称的修改.实体之间关系的修改.新增了项目创建与删除功能,此外还增加了好友系统,可以实现好友的 ...
- Noip模拟31 2021.8.5
T1 Game 当时先胡了一发$\textit{Next Permutation}$... 然后想正解,只想到贪心能求最大得分,然后就不会了.. 然后就甩个二十分的走了... 正解的最大得分(叫它$k ...
- NKOJ1828 Feed Ratios饲料调配
题目 好题!高斯消元切了! (其实只是单纯地想吐槽这道出现在"高斯消元"专练里的题,暴搜能过,goudoubuxie"Gauss") 下面是暴搜: #pragm ...
- Treevalue(0x01)——功能概述
TreeValue--一个通用树状数据结构与函数计算库 Treevalue v1.0.0版本已经于2021年10月24日正式发布,欢迎下载体验:opendilab / treevalue. 这算是tr ...
- vs2015 MSB600 "inf2cat.ext"已退出,代码为2
使用vs2015编译XDMA驱动过程中,报如下错误: vs2015 MSB600 "inf2cat.ext"已退出,代码为2 在使用Qt编译PCIE码表的过程中,出现C1038:无 ...
- DeWeb第2个通用化模块:主控模块。 手机/电脑自适应。通过修改配置文件即可实现进入不同模块
演示: https://delphibbs.com/main.dw 也可以通过 https://delphibbs.com/login.dw 采用admin/123456登录后自动进入 开发环境和源代 ...
- 寒武纪加速平台(MLU200系列) 摸鱼指南(一)--- 基本概念及相关介绍
PS:要转载请注明出处,本人版权所有. PS: 这个只是基于<我自己>的理解, 如果和你的原则及想法相冲突,请谅解,勿喷. 前置说明 本文作为本人csdn blog的主站的备份.(Bl ...
- 线程创建,属性设置与获得,等待线程结束,线程中fork,以及执行exec()
这篇博客的形式我想以分析代码不同情况为主: 点击(此处)折叠或打开 #include<stdio.h> #include<pthread.h> #include<time ...