http://blog.163.com/bioinfor_cnu/blog/static/19446223720118205527863/
所有文章：http://blog.163.com/bioinfor_cnu/blog/#m=0
1. 成对HMM用于双序列比对的基本思想：

2. 状态转移矩阵：

3. 成对HMM的完整描述：

 

4. 成对HMM的Viterbi算法：

成对HMM（Pair HMMs）用于双序列比对--转载的更多相关文章

  1. 72. Edit Distance(困难，确实挺难的，但很经典，双序列DP问题)

    Given two words word1 and word2, find the minimum number of steps required to convert word1 to word2 ...

  2. python中的enumerate函数用于遍历序列中的元素以及它们的下标

    enumerate 函数用于遍历序列中的元素以及它们的下标: >>> for i,j in enumerate(('a','b','c')): print i,j 0 a1 b2 c ...

  3. sql把表格拼成字符串，多半使用于GROUP BY

    --假定要聚合的字段是id ,要统计的字段是tname --select a.tname from @T1 a for xml path('row') select id,REPLACE(replac ...

  4. Python 内建的filter()函数用于过滤序列。

    例如,在一个list中,删掉偶数,只保留奇数,可以这么写: def is_odd(n): return n % 2 == 1 list(filter(is_odd, [1, 2, 4, 5, 6, 9 ...

  5. 将HTML5封装成android应用APK文件的几种方法（转载）

    越来越多的开发者热衷于使用html5+JavaScript开发移动Web App.不过,HTML5 Web APP的出现能否在未来取代移动应用,就目前来说,还是个未知数.一方面,用户在使用习惯上,不喜 ...

  6. python3 基础数据类型

    一.基础数据类型分类 python的数据类型主要包括以下几种: 1.数字 2.字符串 3.列表 4.字典 5.元组 6.集合 1.数字 int 数字主要是用于计算用的,使用方法并不多 #bit_len ...

  7. 6专题总结-动态规划dynamic programming

    专题6--动态规划 1.动态规划基础知识 什么情况下可能是动态规划?满足下面三个条件之一:1. Maximum/Minimum -- 最大最小,最长,最短:写程序一般有max/min.2. Yes/N ...

  8. 隐马尔科夫模型HMM（四）维特比算法解码隐藏状态序列

    隐马尔科夫模型HMM(一)HMM模型 隐马尔科夫模型HMM(二)前向后向算法评估观察序列概率 隐马尔科夫模型HMM(三)鲍姆-韦尔奇算法求解HMM参数 隐马尔科夫模型HMM(四)维特比算法解码隐藏状态 ...

  9. HMM XSS检测

    HMM XSS检测 转自:http://www.freebuf.com/articles/web/133909.html 前言 上篇我们介绍了HMM的基本原理以及常见的基于参数的异常检测实现,这次我们 ...

随机推荐

  1. 批量导入数据到mssql数据库的

    概述 批量导入数据到数据库中,我们有好几种方式. 从一个数据表里生成数据脚本,到另一个数据库里执行脚本 从EXCEL里导入数据 上面两种方式,导入的数据都会生成大量的日志.如果批量导入5W条数据到数据 ...

  2. java调用存储过程mysql

    在java中调用带返回值的存储过程的实现 直接上代码: DELIMITER $$ CREATE /*[DEFINER = { user | CURRENT_USER }]*/ PROCEDURE `t ...

  3. 第一篇 Python图片处理模块PIL（pillow）

    本篇包含:一.Image类的属性:1.Format   2.Mode   3.Size    4.Palette    5.Info                   二.类的函数:1.New   ...

  4. 兼容安卓和ios实现一键复制内容到剪切板

    实现代码如下: <!DOCTYPE html> <html> <head> <meta charset="utf-8"> <m ...

  5. uva11865 朱刘算法+二分

    这题说的需要最多花费cost元来搭建一个比赛网络,网络中有n台机器,编号为0 - n-1其中机器0 为服务器,给了n条线有向的和他们的花费以及带宽 计算,使得n台连接在一起,最大化网络中的最小带宽, ...

  6. AdaBoost学习笔记

    学习了李航<统计学习方法>第八章的提升方法,现在对常用的一种提升方法AdaBoost作一个小小的笔记,并用python实现书本上的例子,加深印象.提升方法(boosting)是一种常用的统 ...

  7. 把kafka数据从hbase迁移到hdfs，并按天加载到hive表(hbase与hadoop为不同集群)

    需求:由于我们用的阿里云Hbase,按存储收费,现在需要把kafka的数据直接同步到自己搭建的hadoop集群上,(kafka和hadoop集群在同一个局域网),然后对接到hive表中去,表按每天做分 ...

  8. python 模拟windows键盘按键的封装

    代码:在执行的时候,把光标放在指定的地方,在此例中,点击运行后把光标放到结果区域,粘贴的时候是粘贴到光标所在的问题,如过是运行脚本在web元素输入框中输入的话,不能移动光标到其他位置 #encodin ...

  9. 远程登录 dos命令

    1.桌面连接命令 mstsc /v: 192.168.1.250 /console 2.若需要远程启动所有Internet服务,可以使用iisreset命令来实现. 进入“命令提示符”窗口.在提示符后 ...

  10. SNMP学习笔记之SNMPv3的配置和认证以及TroubleShooting

    0x00 增加snmp v3用户 增加用户的时候,必须要停止SNMP服务. # service snmpd stop # net-snmp-config --create-snmpv3-user -r ...