Mouse Genome Informatics（MGI）数据库介绍

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有些人研究了很久的基因，都不一定知道他们研究的基因在小鼠模型上发挥什么作用——陈文燕

今天想介绍一个数据库MGI，全称Mouse Genome Informatics。

网站地址：http://www.informatics.jax.org/

下面仔细讲一下MGI可以获得什么信息

1 基因在ENSEMBL, Havana/Vega, MGI，NCBI的可视化比较

下图是某个基因区域在几大数据库的可视化结果。可以很直接的比较小鼠和人类基因组的区别。

感兴趣的直达链接：http://www.informatics.jax.org/genes.shtml

2 某个基因或者突变在小鼠身上发生的变异

这个数据库很全，几乎所有的基因都能搜到。

动手搜一搜就能找到你研究的基因在小鼠敲除模型中会发生什么变化。

以Sox2为例，在小鼠突变模型中与“行为，听力/前庭/耳朵，皮肤，死亡率/衰老，神经系统，色素沉着”有关。

感兴趣的直达：http://www.informatics.jax.org/phenotypes.shtml

3 人类-小鼠相关的疾病

这个是结合了人类和小鼠疾病的信息，作为一个识别人类疾病候选基因，并以此作为小鼠模型的有力工具。

网站直达：http://www.informatics.jax.org/humanDisease.shtml

4 基因表达数据库

小鼠基因表达数据库整合了多个数据库的信息。亮点是展示了内源基因在小鼠发育过程中的表达变化。

网站直达：http://www.informatics.jax.org/expression.shtml

5 其他

除了上面的信息，还能查找以下信息。

Recombinase (cre) Activity：http://www.informatics.jax.org/home/recombinase

使用Gene Ontology (GO) 进行功能注释：http://www.informatics.jax.org/function.shtml

Strains and SNPs：http://www.informatics.jax.org/home/strain

脊椎动物同源：http://www.informatics.jax.org/homology.shtml

小鼠肿瘤数据库：http://tumor.informatics.jax.org/mtbwi/index.do