Picard Tools
Picard Tools - By Broad Institute
http://broadinstitute.github.io/picard/command-line-overview.html
java version "1.8.x"
java -jar /path/to/picard.jar -h
Full list of Picard tools
- AddCommentsToBam
- AddOrReplaceReadGroups
- BaitDesigner
- BamToBfq
- BamIndexStats
- BedToIntervalList
- BuildBamIndex
- CalculateReadGroupChecksum
- CleanSam
- CollectAlignmentSummaryMetrics
- CollectBaseDistributionByCycle
- CollectGcBiasMetrics
- CollectHiSeqXPfFailMetrics
- CollectHsMetrics
- CollectIlluminaBasecallingMetrics
- CollectIlluminaLaneMetrics
- CollectInsertSizeMetrics
- CollectJumpingLibraryMetrics
- CollectMultipleMetrics
- CollectOxoGMetrics
- CollectQualityYieldMetrics
- CollectRawWgsMetrics
- CollectTargetedPcrMetrics
- CollectRnaSeqMetrics
- CollectRrbsMetrics
- CollectSequencingArtifactMetrics
- CollectVariantCallingMetrics
- CollectWgsMetrics
- CollectWgsMetricsWithNonZeroCoverage
- CompareMetrics
- CompareSAMs
- ConvertSequencingArtifactToOxoG
- CreateSequenceDictionary
- DownsampleSam
- ExtractIlluminaBarcodes
- EstimateLibraryComplexity
- FastqToSam
- FifoBuffer
- FindMendelianViolations
- CrosscheckFingerprints
- ClusterCrosscheckMetrics
- CheckFingerprint
- FilterSamReads
- FilterVcf
- FixMateInformation
- GatherBamFiles
- GatherVcfs
- GenotypeConcordance
- IlluminaBasecallsToFastq
- IlluminaBasecallsToSam
- CheckIlluminaDirectory
- CheckTerminatorBlock
- IntervalListTools
- LiftOverIntervalList
- LiftoverVcf
- MakeSitesOnlyVcf
- MarkDuplicates
- MarkDuplicatesWithMateCigar
- MeanQualityByCycle
- MergeBamAlignment
- MergeSamFiles
- MergeVcfs
- NormalizeFasta
- PositionBasedDownsampleSam
- ExtractSequences
- QualityScoreDistribution
- RenameSampleInVcf
- ReorderSam
- ReplaceSamHeader
- RevertSam
- RevertOriginalBaseQualitiesAndAddMateCigar
- SamFormatConverter
- SamToFastq
- ScatterIntervalsByNs
- SetNmMdAndUqTags
- SortSam
- SortVcf
- SplitSamByLibrary
- UmiAwareMarkDuplicatesWithMateCigar
- UpdateVcfSequenceDictionary
- VcfFormatConverter
- MarkIlluminaAdapters
- SplitVcfs
- ValidateSamFile
- ViewSam
- VcfToIntervalList
Picard Tools的更多相关文章
- allpaths 使用
软件下载与说明:http://www.broadinstitute.org/software/allpaths-lg/blog/?page_id=12 原始数据的深度要达到100以上. 至少要两个库, ...
- Linux command line exercises for NGS data processing
by Umer Zeeshan Ijaz The purpose of this tutorial is to introduce students to the frequently used to ...
- Fastq 常用软件
文章转载于 Original 2017-06-08 Jolvii 生信百科 由于生物信息的大部分工作都是在没有 root 权限的集群上进行的,本期我主要介绍一下非 root 用户怎么安装常用的软件.工 ...
- 解决 Could not find com.android.tools.build:gradle 问题
今天拉同事最新的代码,编译时老是报如下错误: Error:Could not find com.android.tools.build:gradle:2.2.0.Searched in the fol ...
- 免费的精品: Productivity Power Tools 动画演示
Productivity Power Tools 是微软官方推出的 Visual Studio 扩展,被用以提高开发人员生产率.它的出现一定程度上弥补和完善了 Visual Studio 自身的不足, ...
- 2.Kali安装VMware tools（详细+异常处理）
dnt@MT:~$ cd /media/cdrom0 进入光驱内 dnt@MT:/media/cdrom0$ ls 查看当前目录下有哪些内容manifest.txt run_upgrader.sh V ...
- 第三篇：Entity Framework CodeFirst & Model 映射 续篇 EntityFramework Power Tools 工具使用
上一篇 第二篇:Entity Framework CodeFirst & Model 映射 主要介绍以Fluent API来实作EntityFramework CodeFirst,得到了大家一 ...
- Chrome Developer Tools：Timeline Panel说明
一.Timeline panel 概况 Timeline工具栏可以详细检测出Web应用在加载过程中,时间花费情况的概览.这些应用包括下载资源,处理DOM事件, 页面布局渲染或者向屏幕绘制元素. 如下图 ...
- linux-虚拟机centos6.5安装tools
1.在VMWare选VM -> Install VMWare Tools-,就会在桌面出现VMWare Tools图示让你安裝 2.进入CentOS桌面后,将光盘打开,看到了VMWareTool ...
随机推荐
- python入门-函数（一）
1定义函数并且调用 注释语句""" """ def greet_user(): """显示简单的问候语&qu ...
- Linux 配置TomCat 项目三大步骤
一: 安装 JRE 01: 下载 server-jre 安装包 => http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/serve ...
- FDConnection
FDConnection 利用FDConnection获取信息,不用放query控件也可以. FDConnection1.GetTableNames('', '', '', List); FD ...
- web.xml 组件加载顺序
<web-app> <display-name></display-name> WEB应用的名字 <description></descr ...
- mysql 自动执行事件
首先配置mysql的配置文件my.ini, 加上event_scheduler = 1 开启自动执行事件配置 demo drop event event_test; CREATE EVENT ev ...
- setlocal 与 变量延迟
setlocal 与 变量延迟 本条内容引用[英雄出品]的批处理教程: 要想进阶,变量延迟是必过的一关!所以这一部分希望你能认真看. 为了更好的说明问题,我们先引入一个例子.例1: @echo off ...
- File 操作
文件乱码 服务器地址 try-with-resource 属性文件获取 文件排序 文件过滤 文件下载 流文件传递 文件乱码: WINDOWS系统桌面默认使用GBK,Linux系统默认使用UTF-8. ...
- Python中的操作符重载
运算符重载是指在方法中拦截内置的操作----当类的实例出现在内置操作中,Python会自动调用自定义的办法,并且返回自定义方法的操作结果. 类可以重载python的操作符 操作符重载使我们的对 ...
- 【354】Numpy 相关函数应用
numpy中的ndarray方法和属性 - bonelee - 博客园 numpy.ndarray — NumPy v1.15 Manual 属性: T:转置,同 transpose() flat:转 ...
- zabbix出现中文不能选的情况
像这里一样,有些选项是选不了的,这个时候我们要做的第一步就是,找到这个配置文件. 如果不知道在哪里的话可以用find命令查找. sudo find / -name locales.inc.php 找到 ...