12、IGV-Integrative Genomics Viewer

1、IGV的网址：http://software.broadinstitute.org/software/igv/（java环境）

　　常见的几种输入格式bam/sam(比对文件) 　　TDF(bam的精简版)　　bed（注释文件）　　gtf/gff（注释文件）

　　　　　　　　　　　　PSL(blat比对结果)　　VCF(snp,indel的信息)　　WIG（UCSC数据库推荐格式wiggle track format）　　IGV（IGV默认的格式）

2、操作指南：http://www.docin.com/p-1847147664.html

　　1、导入参考基因组：　　　　genomes >> load genome from file >> reference.fasta

　　2、导入注释文件：   　　　　file >> load  from file >> reference.gtf　　　　　　#文件要按坐标排序，已经排过

　　3、bam格式转TDF格式：　　rools >> runigvtools >> count >> sampleA.bam >> run    ,再生成另外一个sampleB.bam文件的TDF

　　　  bam文件必须和参考基因组文件同一目录下，否则失败

　　4、导入TDF文件：　　　　　file >> load  from file >>sampleA.bam.tdf  ；file >> load  from file >>sampleB.bam.tdf

　　5、导入甲基化文件（IGV格式）：file >> load  from file >> sampleA.igv ;file >> load  from file >> sampleB.igv