SCTransform

Normalization and variance stabilization of single-cell RNA-seq data using regularized negative binomial regression

ChristophH/sctransform

Variance Stabilizing Transformation

It is obvious that the variance of counts is generally greater than their mean, especially for genes expressed at a higher level.

There are two mathematically equivalent formulations of the NB distribution.

In its traditional form, which I will mention only for the sake of completion, the NB distribution estimates the probability of having a number of failures until a specified number of successes occur.

The second definition sounds more intimidating but is much more useful. The NB distribution can be defined as a Poisson-Gamma mixture distribution.

单细胞数据normalization方法 | SCTransform的更多相关文章

  1. 单细胞数据整合方法 | Comprehensive Integration of Single-Cell Data

    操作代码:https://satijalab.org/seurat/ 依赖的算法 CCA CANONICAL CORRELATION ANALYSIS | R DATA ANALYSIS EXAMPL ...

  2. python中常用的九种数据预处理方法分享

    Spyder   Ctrl + 4/5: 块注释/块反注释 本文总结的是我们大家在python中常见的数据预处理方法,以下通过sklearn的preprocessing模块来介绍; 1. 标准化(St ...

  3. 数据标准化方法及其Python代码实现

    数据的标准化(normalization)是将数据按比例缩放,使之落入一个小的特定区间.目前数据标准化方法有多种,归结起来可以分为直线型方法(如极值法.标准差法).折线型方法(如三折线法).曲线型方法 ...

  4. Oracle 列数据聚合方法汇总

    网上流传众多列数据聚合方法,现将各方法整理汇总,以做备忘. wm_concat 该方法来自wmsys下的wm_concat函数,属于Oracle内部函数,返回值类型varchar2,最大字符数4000 ...

  5. ASP模拟POST请求异步提交数据的方法

    这篇文章主要介绍了ASP模拟POST请求异步提交数据的方法,本文使用MSXML2.SERVERXMLHTTP.3.0实现POST请求,需要的朋友可以参考下 有时需要获取远程网站的某些信息,而服务器又限 ...

  6. ASP.NET提取多层嵌套json数据的方法

    本文实例讲述了ASP.NET利用第三方类库Newtonsoft.Json提取多层嵌套json数据的方法,具体例子如下. 假设需要提取的json字符串如下: {"name":&quo ...

  7. 【类库】私房干货.Net数据层方法的封装

    [类库]私房干货.Net数据层方法的封装 作者:白宁超 时间:2016年3月5日22:51:47 摘要:继上篇<Oracle手边常用70则脚本知识汇总>文章的发表,引起很多朋友关注.便促使 ...

  8. android基础（五）网络数据解析方法

    在网络上传输数据时最常用的方法有两种:XML和JSON,下面就对这两种类型的数据解析进行讲解. 一.XML数据解析 在Android中,常见的XML解析器分别为SAX解析器.DOM解析器和PULL解析 ...

  9. 清空SQL Server数据库中所有表数据的方法(转)

    清空SQL Server数据库中所有表数据的方法 其实删除数据库中数据的方法并不复杂,为什么我还要多此一举呢,一是我这里介绍的是删除数据库的所有数据,因为数据之间可能形成相互约束关系,删除操作可能陷入 ...

随机推荐

  1. testNG 注释实例

    1. 单个测试用例文件 新建TestDBConnection.java文件 import org.testng.annotations.*; public class TestDBConnection ...

  2. printf打印字节

    int i = 0; printf("buf:"); for(i = 0; i < sizeof(buf); i++) { printf("0x%x", ...

  3. ioremap

    将一个IO地址空间映射到内核的虚拟地址空间上 物理地址 CPU地址总线传来的地址,由硬件电路控制其具体含义.物理地址中很大一部分是留给内存条中内存的,但也常被映射到其他存储器上(如显存.bios等) ...

  4. Android EventBus使用大全

    添加依赖 implementation 'org.greenrobot:eventbus:3.1.1' public class HuaDongActivity extends Activity { ...

  5. MongoDB 目录分析、基础命令、参数设置

    目录分析 1.整体目录 以msi默认的data.log路径安装,才会有data.log文件夹. 2.bin目录 3.log目录 基础命令 1.服务器端基础命令 net  start  MongoDB  ...

  6. 爬取网易云音乐歌手和id

    pip install lxml csv requests from lxml import etree from time import sleep import csv import reques ...

  7. scrapy随机切换user-agent

    使用github的 scrapy-fake-useragent 不用自己改源码继承自带的userAgent中间件  只需要安装后增加配置即可 https://github.com/alecxe/scr ...

  8. Mysql5.7 建表报 [Err] 1055 问题

    最近,在win10系统上,使用docker下载了 mysql5.7镜像,然后建表时,发生奇怪的问题,表正常创建,但底部会出现一行错误信息,如下: [Err] 1055 - Expression #1 ...

  9. 从linux进程角度看JVM内存模型

    普通进程栈区,在JVM一般仅仅用做线程栈,如下图所示 首先是永久代.永久代本质上是Java程序的代码区和数据区.Java程序中类(class),会被加载到整个区域的不同数据结构中去,包括常量池.域.方 ...

  10. spring cloud (五) 熔断面板 聚合熔断 turbine

    改造feign 项目 1 启动类添加注解  @EnableHystrix 2 添加如下配置文件 #ji eureka.instance.metadata-map.cluster=MAIN#actuat ...