就是指唯一比对的reads

现在人们已经开始避免使用unique mapped reads这个概念了，而转向使用mapq值来保留高质量的比对结果。因为mapq值反应了一组比对结果发生的可能性，MapQ = -10 log10(P), 比如结果为10，那就是1/10的概率会出现这个比对结果，如果我们认为0.05%是一个小概率的话，那个mapq值为15就可以用于筛选了, 如果认为0.01%是个小概率的话，mapq值为20就可以用于筛选了。但是人们往往从30这个值开始试起（1/1000的概率），如果它的筛选结果符合你的测序要求，就可以使用它了。如果不行，可以适当的调整这个筛选值。

samtools view -bhS -q 30 input.sam > output.bam

参考：关于map当中的unique mapped reads问题

unique mapped reads的更多相关文章

  1. 怎么从bam文件中提取出比对OR没比对上的paired reads | bamToFastq | STAR

    折腾这么多都是白瞎,STAR就有输出没有别对上的pair-end reads的功能 参见:How To Filter Mapped Reads With Samtools I had the same ...

  2. Question: Should I use reads with good quality but failed-vendor flag?--biostart for vendor quality

    https://www.biostars.org/p/198405/ Quick question is: I have some mapped reads in bam file which hav ...

  3. NIPT需要多大的数据量（reads number）？

    NIPT需要多大的数据量(reads number)? 调研 2014 Noninvasive prenatal diagnosis of common aneuploidies by semicon ...

  4. SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理

    [怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS m ...

  5. RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析

    RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析 差异分析的步骤:1)比对:2) read count计算:3) read count的归一化:4)差异表达分析: 背景知识:1)比对:普通比对: BWA ...

  6. 【R作图】蜜蜂群图beeswarm和jitter的使用

    最近经常要画好看的盒形图,还要在上面加入散点,所以总结了两个方法. 第一种方法是,利用beeswarm函数: library(beeswarm) beeswarm 蜜蜂群图 http://rgm3.l ...

  7. ChIP-seq实战 | 染色质免疫共沉淀技术 | ATAC-seq | 染色质开放性测序技术

    参考:生信技能树 ChIP-Seq综述 一些简单的copy,纯属个人笔记. ChIP-seq的原理 用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白(相互反应).组蛋白修饰(表观遗传标记)和核小体的技术,研究这 ...

  8. SAM/BAM文件处理

    当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件 ...

  9. NGS概念大科普（转）

    NGS又称为下一代测序技术,高通量测序技术 以高输出量和高解析度为主要特色,能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列读取,在提供丰富的遗传学信息的同时,还可大大降低测序费用.缩短测序时间的测序技 ...

随机推荐

  1. 关于Java中的数组转变成字符串问题

    1.用StringBuilder private static String arraytoString(int arr[]){ StringBuilder sb=new StringBuilder( ...

  2. LBP特征提取实现

    捯饬了一两天才搞好! 在lbp.m下输入下面代码,运行结果如图: 代码: I=imread('rice.png'); mapping=getmapping(8,'u2'); H1=lbp(I,1,8, ...

  3. html5 拖拽的简要介绍

    1,首先,你要告诉计算机那个元素可以拖动,或者是一张图,或者是一个盒子,在标签里面加上 draggable="true"  2,然后,监听该元素被拖动的函数 ondragstart ...

  4. MVVM模式应用 之NotificationObject类

    public abstract class NotificationObject : INotifyPropertyChanged {     public event PropertyChanged ...

  5. CentOS 6下安装nodejs 0.9.0

    确保安装了python,大部分安装失败都是由于python版本过低导致.安装之前,升级python版本,升级步骤 http://www.tomtalk.net/wiki/Python. [root@S ...

  6. http与https差异

    HTTPS和HTTP的区别: https协议需要到ca申请证书,一般免费证书很少,需要交费. http是超文本传输协议,信息是明文传输,https 则是具有安全性的ssl加密传输协议 http的连接很 ...

  7. ibatis面试笔记

    ibatis是在结果集与实体类之间进行映射hibernate是在数据库与实体类之间进行映射Hibernate是一个开放源代码的对象关系映射框架,它对JDBC进行了非常轻量级的对象封装,使得Java程序 ...

  8. mysql-积累管理sql语句

    //连接数据库 mysql -h xxx -u root -p; //查看数据库 show databases //查看数据表 show tables //查看某数据表结构 desc xxx表 //修 ...

  9. git的使用方法总结

    一.创建版本库 $ cd D:   进入d盘 $ cd wamp/www 进入相应目录 $ mkdir test 创建目录 $ git init 把目录变为git可以管理的仓库 二.提交文件到版本库 ...

  10. 基于Java的Http服务器几种模式演进

    首先抛出问题: 程序1---错误版本 import java.io.IOException; import java.io.InputStream; import java.io.PrintWrite ...