就是指唯一比对的reads

现在人们已经开始避免使用unique mapped reads这个概念了，而转向使用mapq值来保留高质量的比对结果。因为mapq值反应了一组比对结果发生的可能性，MapQ = -10 log10(P), 比如结果为10，那就是1/10的概率会出现这个比对结果，如果我们认为0.05%是一个小概率的话，那个mapq值为15就可以用于筛选了, 如果认为0.01%是个小概率的话，mapq值为20就可以用于筛选了。但是人们往往从30这个值开始试起（1/1000的概率），如果它的筛选结果符合你的测序要求，就可以使用它了。如果不行，可以适当的调整这个筛选值。

samtools view -bhS -q 30 input.sam > output.bam

参考：关于map当中的unique mapped reads问题

unique mapped reads的更多相关文章

  1. 怎么从bam文件中提取出比对OR没比对上的paired reads | bamToFastq | STAR

    折腾这么多都是白瞎,STAR就有输出没有别对上的pair-end reads的功能 参见:How To Filter Mapped Reads With Samtools I had the same ...

  2. Question: Should I use reads with good quality but failed-vendor flag?--biostart for vendor quality

    https://www.biostars.org/p/198405/ Quick question is: I have some mapped reads in bam file which hav ...

  3. NIPT需要多大的数据量（reads number）？

    NIPT需要多大的数据量(reads number)? 调研 2014 Noninvasive prenatal diagnosis of common aneuploidies by semicon ...

  4. SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理

    [怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS m ...

  5. RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析

    RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析 差异分析的步骤:1)比对:2) read count计算:3) read count的归一化:4)差异表达分析: 背景知识:1)比对:普通比对: BWA ...

  6. 【R作图】蜜蜂群图beeswarm和jitter的使用

    最近经常要画好看的盒形图,还要在上面加入散点,所以总结了两个方法. 第一种方法是,利用beeswarm函数: library(beeswarm) beeswarm 蜜蜂群图 http://rgm3.l ...

  7. ChIP-seq实战 | 染色质免疫共沉淀技术 | ATAC-seq | 染色质开放性测序技术

    参考:生信技能树 ChIP-Seq综述 一些简单的copy,纯属个人笔记. ChIP-seq的原理 用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白(相互反应).组蛋白修饰(表观遗传标记)和核小体的技术,研究这 ...

  8. SAM/BAM文件处理

    当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件 ...

  9. NGS概念大科普（转）

    NGS又称为下一代测序技术,高通量测序技术 以高输出量和高解析度为主要特色,能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列读取,在提供丰富的遗传学信息的同时,还可大大降低测序费用.缩短测序时间的测序技 ...

随机推荐

  1. JDBC连接池以及动态SQL处理

    复习一下: 1.先创建一个properties配置文件 ClasssName=oracle.jdbc.driver.OracleDriver url=jdbc:oracle:thin:@服务器IP:端 ...

  2. c语言字符数组与字符串的使用详解

    转自:http://www.jb51.net/article/37456.htm 1.字符数组的定义与初始化字符数组的初始化,最容易理解的方式就是逐个字符赋给数组中各元素.char str[10]={ ...

  3. HDU3591找零，背包

    题目大概的意思就是:小强用硬币买东西,硬币有N种,面值为Vi,店家有各种硬币都有无限个,而小强只有Ci个(分别对应Vi) 问最小交易硬币数,就是一个有找零的背包问题啦. 我的上一篇博客跟这hdu359 ...

  4. Java面向对象程序设计--与C++对比说明:系列2(类机制)

    1. Java中的包机制(Package): 1.1   Java容许将一系列的类组合到一个叫package的集合中.package机制是一种非常好的管理工作的方式并可以将你自己的工作和系统或第三方提 ...

  5. Microsoft Visual Studio 2010 遇到了异常,可能是由某个扩展导致的。 转载

    问题: 今天打开好久没用的Microsoft Visual Studio 2010 ,刚才创建了一个C++工程,错误就出现了. 只要在VS2010源码编辑器中输入一个字符,它就报错 ":Mi ...

  6. InstallShield：自己备份

    LIST listData;//声明listData listData = ListCreate(STRINGLIST);//创建一个空的实际字符串或数字列表. //参数都是在上个界面中赋值,然后在下 ...

  7. dedecms织梦如何删除所有的文章？

    dedecms织梦如何删除所有的文章?dede一键删除所有文章的SQL命令:  DELETE FROM dede_addonarticle WHERE aid >= 1 and aid<= ...

  8. string与char* 互相转换以及周边问题

    先插一个小知识点 string str = "abc" str += 'd'; cout<<str<<endl;  //"abcd"   ...

  9. django中文件（头像）上传

    一些常用的小功能,记录下来 先说一种上传功能. 模板表单 <form enctype="multipart/form-data" name="form1" ...

  10. property测试代码：

    // // main.m // TestVar2 // // Created by lishujun on 14-9-4. // Copyright (c) 2014年 lishujun. All r ...