tablet 的使用

之前一直用jbrowse  发现有些信息展示的不准确，如浏览一个bam文件的比对情况。在某一位点，深度为1000，但是浏览器显示的小于1000，并且read也经常会缺少。所以果断放弃jbrowse，用tablet。经过对比发现，在jbrowse显示错误的地方tablet显示的是正确的。

并且tablet可以在windows系统下。安装更加容易，也不需要什么配置文件。下面说说tablet的主要使用方法。

准备好参考基因组，bam以及bam的index文件

ctrl + o 先导入bam文件 然后再ctrl + o 才能导入fa文件

tablet和jbrowse一样，一次只能看一条序列。在最左侧的contigs browser panel中选择想要查看的序列。

除了contig名字之外，还有reads数， contig长度。在下方有过滤选项，可以只显示你想看的contig。

panel的最右侧是搜索，即可以搜reads，也可以搜subsequence. combo box下面可以选择是否在当前contig搜索.

如果勾选ignore pads when seaarching.

the search term ACGT will match the following sequences:

A	C	G	T
A	C	*	G	T
A	C	*	*	*	*	G	T
A	C	N	G	T

overview panel会显示覆盖度等信息，打开和关闭在Advanced:

还可以调节是否显示坐标，覆盖度的显示方式。覆盖度有两种显示方式，一种是scaled data overview（不精细），另一种是coverage overview（显示的更加精细）。单击右键可以选择覆盖度模式，也可以直接点击advanced中的scaled和coverage来选择。

在overview panel中直接点击鼠标左键，即可快速到达你想看的地方。你看到的就是红框所在地，也可以拖动红框来移动。

在overview panel 下方可以直接查看比对信息，在Color schemes中可以选择模式，如nucleotide模式，read  type模式，direction模式，鼠标放在每个模式上会显示帮助信息。

覆盖度上面的那个bar是bam bar， 白色的代表目前的位置，灰色的代表之前的位置。

右击一个碱基，可以选择outline: 有read（将这个碱基所在read圈起来）, row(将这个碱基所在的整行圈起来), column（将这个碱基所在的整列圈起来）。取消所有标记选择clear all.

浏览的话直接按住左键拖动鼠标即可。放大缩小可以按ctrl滚动鼠标滚轮。

鼠标悬浮某个read上会显示read的信息。前体是read info打开：

悬浮的信息中，包含read name， 起始， read是正向（绿色）还是反向（蓝色）。如果是paired-end数据，1/2代表第一个read，2/2代表第二个read。

如果想直接定位到某个坐标，比如我想看1234435坐标处的情况，ctrl + j 输入坐标即可，如果不在当前染色体，如想看Chr2 上12345处的情况，输入Chr2:12345

更详细的说明文档，请参考官网：http://bioinf.hutton.ac.uk/tablet

by freemao

FAFU

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