java -jar /home/liuhui/bin/trinityrnaseq_r20140413p1/trinity-plugins/Trimmomatic/trimmomatic.jar PE -threads 20 -phred33 P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz \
P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.U.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.U.qtrim SLIDINGWINDOW:4:5 LEADING:5 TRAILING:5 MINLEN:25 cat P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.U.qtrim > P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.PwU.qtrim.fq
cat P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.U.qtrim > P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.PwU.qtrim.fq gzip P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.U.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.U.qtrim &

Quality trimming using Trimmomatic的更多相关文章

  1. Quality Trimming Via Trimmomatic

    已经去除接头(adapter) java -jar trimmomatic.jar PE -threads 20 -phred33 \ left.fastq.gz right.fastq.gz \ l ...

  2. 【转录组入门】3:了解fastq测序数据

    操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc ...

  3. Trimmomatic安装与使用

    默认参数: java -jar trimmomatic-0.30.jar PE s_1_1_sequence.txt.gz s_1_2_sequence.txt.gzlane1_forward_pai ...

  4. Quality assessment and quality control of NGS data

    http://www.molecularevolution.org/resources/activities/QC_of_NGS_data_activity_new table of contents ...

  5. Trimmomatic过滤Illumina低质量序列

    1. 下载安装 直接去官网下载二进制软件,解压后的trimmomatic-0.36.jar即为我们需要的软件 官网: http://www.usadellab.org/cms/index.php?pa ...

  6. EasyMesh - A Two-Dimensional Quality Mesh Generator

    EasyMesh - A Two-Dimensional Quality Mesh Generator eryar@163.com Abstract. EasyMesh is developed by ...

  7. Quality 是什么?

    Quality 是什么? 通常,我们谈及 Quality(质量)时,最常见的问题就是:Quality 是什么? 有很多业界先驱和研究人员已经回答了这个问题,我在这里并不会再给出一个新的答案.在学习总结 ...

  8. (TODO:)下载图片,报错:warning: could not load any Objective-C class information from the dyld shared cache. This will significantly reduce the quality of type information available.

    想使用NSInvocationOperation下载图片,然而并没有下载下来, NSData为nil, 还有报错:(打断点就报错) warning: could not load any Object ...

  9. QC学习一:Windows环境中Quality Center 9.0安装详解

    一.安装前准备 1.安装环境:windows XP.SQL Server2005 2.准备安装文件:Quality Center 9.0 (qc10以上,包括qc10,qc只支持安装在服务器操作系统上 ...

随机推荐

  1. 当元素的样式为display:none时获取他的宽高

    其实这里可以用一个偷梁换柱的办法,把display:none改为 display:block;visibility:hidden;position:absolute; 在jquery的swap方法中实 ...

  2. memcache分布式 [一致性hash算法] 的php实现

    最近在看一些分布式方面的文章,所以就用php实现一致性hash来练练手,以前一般用的是最原始的hash取模做分布式,当生产过程中添加或删除一台memcache都会造成数据的全部失效,一致性hash就是 ...

  3. TP框架实现分页

    TP框架自带分页的实现方法,所以使用这个分页方案,不用再重新造轮子 1,先看效果图 2,源码 /** * TODO 基础分页的相同代码封装,使前台的代码更少 * @param $m 模型,引用传递 * ...

  4. 047医疗项目-模块四:采购单模块—采购单审核提交(Dao,Service,Action三层)

    我们之前把采购单都审核了,这篇文章说的就是审核之后提交. 其实就是改变(update)采购单的审核状态. 需求: 用户要先查看采购单的内容. 查看采购单页面:页面布局同采购单修改页面. 选择审核结果. ...

  5. nfs 三个参数权限

    遇到nfs客户端不可写的情况.  有延迟啊啊啊..  等1min左右就可以写了. 挂载参数: cat /var/lib/nfs/etab -->server cat /proc/mounts   ...

  6. C++ 中dynamic_cast<>的使用方法小结 -判断类型-rtti

    将一个基类对象指针(或引用)cast到继承类指针,dynamic_cast会根据基类指针是否真正指向继承类指针来做相应处理          即会作一定的判断.        对指针进行dynamic ...

  7. 什么是API

    我们从API的功能.分类.设计.实现.用户来看什么是API. API是应用程序组件之间通信的接口 --wiki:Application Programming Interface In compute ...

  8. 前端科普文—为什么<!DOCTYPE> 不可或缺

    When question comes 你一定在 HTML 页面最前面看到过这样一行代码(比如 百度): <!DOCTYPE html> 或者说类似这样的(比如 博客园-韩子迟 PS:博客 ...

  9. 外网不能访问部署在虚机的NodeJs网站(80端口)

    外网能访问部署在虚机的NodeJs网站需注意如下: 在管理门户上配置端点(Http 80->80) 在虚机中的防火墙入站规则中增加应用程序Node.exe的允许规则 启动NodeJs的侦听进程时 ...

  10. linux的点滴积累

    p.p1 { margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px; font: 18.0px Menlo; color: #839496; background-color: rgba(1 ...