Quality trimming using Trimmomatic
java -jar /home/liuhui/bin/trinityrnaseq_r20140413p1/trinity-plugins/Trimmomatic/trimmomatic.jar PE -threads 20 -phred33 P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz \
P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.U.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.U.qtrim SLIDINGWINDOW:4:5 LEADING:5 TRAILING:5 MINLEN:25
cat P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.U.qtrim > P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.PwU.qtrim.fq
cat P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.U.qtrim > P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.PwU.qtrim.fq
gzip P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R1_001.fastq.gz.U.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.P.qtrim P_ACAGTG_L002_R2_001.fastq.gz.U.qtrim &
Quality trimming using Trimmomatic的更多相关文章
- Quality Trimming Via Trimmomatic
已经去除接头(adapter) java -jar trimmomatic.jar PE -threads 20 -phred33 \ left.fastq.gz right.fastq.gz \ l ...
- 【转录组入门】3:了解fastq测序数据
操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc ...
- Trimmomatic安装与使用
默认参数: java -jar trimmomatic-0.30.jar PE s_1_1_sequence.txt.gz s_1_2_sequence.txt.gzlane1_forward_pai ...
- Quality assessment and quality control of NGS data
http://www.molecularevolution.org/resources/activities/QC_of_NGS_data_activity_new table of contents ...
- Trimmomatic过滤Illumina低质量序列
1. 下载安装 直接去官网下载二进制软件,解压后的trimmomatic-0.36.jar即为我们需要的软件 官网: http://www.usadellab.org/cms/index.php?pa ...
- EasyMesh - A Two-Dimensional Quality Mesh Generator
EasyMesh - A Two-Dimensional Quality Mesh Generator eryar@163.com Abstract. EasyMesh is developed by ...
- Quality 是什么?
Quality 是什么? 通常,我们谈及 Quality(质量)时,最常见的问题就是:Quality 是什么? 有很多业界先驱和研究人员已经回答了这个问题,我在这里并不会再给出一个新的答案.在学习总结 ...
- (TODO:)下载图片,报错:warning: could not load any Objective-C class information from the dyld shared cache. This will significantly reduce the quality of type information available.
想使用NSInvocationOperation下载图片,然而并没有下载下来, NSData为nil, 还有报错:(打断点就报错) warning: could not load any Object ...
- QC学习一:Windows环境中Quality Center 9.0安装详解
一.安装前准备 1.安装环境:windows XP.SQL Server2005 2.准备安装文件:Quality Center 9.0 (qc10以上,包括qc10,qc只支持安装在服务器操作系统上 ...
随机推荐
- ip的划分,超详细
from:http://blog.liuts.com/post/128/ IP和子网掩码我们都知道,IP是由四段数字组成,在此,我们先来了解一下3类常用的IP A类IP段 0.0.0.0 到127.2 ...
- 编译php-5.6出错,xml2-config not found
今天在centos上编译PHP-5.6 cd php-5.6 ./configure --prefix=/usr/local/php5./ --with-apxs2=/usr/local/apache ...
- Yeo 17-ROI parcellation
Reference Buckner R L, Krienen F M, Castellanos A, et al. The organization of the human cerebellum e ...
- 笔记 (note)
笔记[问题描述]给定一个长度为m的序列a,下标编号为1~m.序列的每个元素都是1~n的整数.定义序列的代价为m−1 ∑|ai+1-ai| i=1 你现在可以选择两个数x和y,并将序列a中所有的x改成y ...
- ASP.NET MVC铵钮Click后下载文件
本篇Insus.NET练习的是FilePathResult和FileStreamResult操作.本篇也算是<如何把Json格式字符写进text文件中>http://www.cnblogs ...
- 在Azure上搭建Orchard CRM入口网站
这是英文版:Setup Orchard CRM portal website on Azure
- 解决MWPhotoBrowser中的SDWebImage加载大图导致的内存警告问题
下面两种现象,用同一种方法解决 1.解决MWPhotoBrowser中的SDWebImage加载大图导致的内存警告问题 2.突然有一天首页访问图片很慢,至少隔20多秒所有图片才会出来.(解析:app使 ...
- [bzoj 3531][SDOI2014]旅行(树链剖分+动态开点线段树)
题目:http://www.lydsy.com:808/JudgeOnline/problem.php?id=3531 分析: 对于每个颜色(颜色<=10^5)都建立一颗线段树 什么!那么不是M ...
- BroadcastReceive之ip拨号
首先,新建一个类,继承于BroadcastReceive,然后去配置Manifest.xml <receiver android:name=".PhoneOnReceice" ...
- ajax 跨域提交数据
$.ajax({ url:"http://my.demo.com/jsonp/server.php",//不同域的文件; cache: false, //是否使用缓存; error ...