insert size|single-read|Paired-end|Mate-pair
(测序方面):测三只大熊猫;得到的insert size有150bp,500bp,2kb,5kb和10kb这四种,可测得序列长度和平均reads长度。
为什么average reads这么短?
因为insert size是打断前的长度,打断之后便是reads,这里计算average reads长度。
shotgun sequencing鸟枪法:直接从生物细胞基因组中获取目的基因的方式
single-read :单端测序(200-500bp)
Paired-end :双末端测序(200-500bp)因为双末端测序,所以中间被测序列称为insert,insert 打断了之后的片段就是reads。
Mate-pair :(2000-10000bp):用来生成确定基因中reads位置的短片段(end)。将一类长序列打断成特定大小(只要小于长片段长度即可),之后采用化学方式将其修复(环化等),同时在两端加入生物素标记(这是为了下一次在长序列中标记位置所做的准备),再将这些环化后的序列打碎,捕获具有生物标记的片段。现在已知长序列的长度,和长序列两端的小序列内容,可以定位出该小序列在基因组上的位置,以便后期装入pair-end reads。
insert size|single-read|Paired-end|Mate-pair的更多相关文章
- 40、inner mate distance for paired reads in a bam file
参考:https://www.biostars.org/p/106291/#106344 1.inner mate distance : the distance from the right mos ...
- 6.Insert Documents-官方文档摘录
总结 1.插入单文档 db.inventory.insertOne( { item: "canvas", qty: , tags: , w: 35.5, uom: "cm ...
- CUBRID学习笔记 43 insert into
cubrid的中sql查询语法insert into ------ 官方文档是英文的,看不明白可以参看ocracle的同类函数说明.很多都是一样的. INSERT INTO a_tbl1(id) VA ...
- MongoDB - MongoDB CRUD Operations, Insert Documents
MongoDB provides the following methods for inserting documents into a collection: db.collection.inse ...
- pair类型 这次遇到了,记录下来,方便彼此xue习
首先,这个pair类型是在头文件utility.h中. 一个piar保存两个数据成员,是用来生成特定类型的模板,当创建一个pair时,我们必须提供两个类型名,pair的数据成员将具有对应的类型,两个类 ...
- SOAPdenovo组装软件使用记录
背景: 1.为什么要从头测序组装基因组? 基因组是不同表型的遗传基础:获得参考基因组是深入研究一个生物体全基因组的第一步也是必须的一步:从头测序组装能够对新的测序物种构建参考基因组: 2.为什么要研究 ...
- Linux command line exercises for NGS data processing
by Umer Zeeshan Ijaz The purpose of this tutorial is to introduce students to the frequently used to ...
- SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理
[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS m ...
- PHP7函数大全(4553个函数)
转载来自: http://www.infocool.net/kb/PHP/201607/168683.html a 函数 说明 abs 绝对值 acos 反余弦 acosh 反双曲余弦 addcsla ...
随机推荐
- Lightoj1015【基础题】
题意: 计算输入数>0的所有和: 思路: 直接干... #include<cstdio> #include<queue> #include<map> #inc ...
- CodeForces 689B【最短路】
题意: 给你一副图,给出的点两两之间的距离是abs(pos1-pos2),然后给你n个数是表示该pos到x的距离是1. 思路: 直接建边,跑spfa就好了.虽然说似乎题意说边很多,其实只要建一下相邻的 ...
- bzoj 2597: [Wc2007]剪刀石头布【最小费用最大流】
脑子不太清楚一个zz问题调了好久-- 首先正难则反,因为三元环好像没什么特点,就考虑让非三元环个数最小 考虑非三元环特点,就是环上一定有一个点的入度为2,联系整张图,三元环个数就是每个点C(入度,2) ...
- [Xcode 实际操作]七、文件与数据-(15)单例模式的使用
目录:[Swift]Xcode实际操作 本文将演示单例对象的使用. 在项目名称上点击鼠标右键,弹出右键菜单,选择[New File]新建文件命令, 在弹出的模板选项窗口中,选择[Swift]文件选项, ...
- 【OpenJ_Bailian - 2287】Tian Ji -- The Horse Racing (贪心)
Tian Ji -- The Horse Racing 田忌赛马,还是English,要不是看题目,我都被原题整懵了,直接上Chinese吧 Descriptions: 田忌和齐王赛马,他们各有n匹马 ...
- 阿里云物联网 .NET Core 客户端 | CZGL.AliIoTClient:8. 委托事件
文档目录: 说明 1. 连接阿里云物联网 2. IoT 客户端 3. 订阅Topic与响应Topic 4. 设备上报属性 4.1 上报位置信息 5. 设置设备属性 6. 设备事件上报 7. 服务调用 ...
- Validation(3)--全局参数异常校验捕获及返回XML解决
@RestControllerAdvice原创直接上代码,后面再说怎么用1.这个是一个Form,用来接收参数的,一个简单的NotEmpty注解校验,merchantName这个参数是必传的: pack ...
- 测试 | 代码覆盖测试工具 | Eclemma
安装: 打开eclipse,点击Help菜单下的Install New Software 在弹出的对话框中,点击Add 输入Name,如EclEmma 输入Location: http://updat ...
- 牛客小白月赛13 E(图、矩阵幂)
AC通道 如果建立第一天某点到某点有几条路的矩阵,做k次矩阵乘就是第k天某点到某点有几条路.统计即可. #include <bits/stdc++.h> using namespace s ...
- 执行脚本 提示 command not found
问题现象: 初学shell,写了个脚本, 1.从windows 写好 脚本,然后部署到 linux 上. 2.chmod +x之后执行提示command not found,系统环境redhat9,用 ...