awk:

awk '/^>/&&NR>1{print "";}{ printf "%s",/^>/ ? $0" ":$0 }' YourFile

sed:

sed -n '1{x;d;x};${H;x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};/^>/{x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};H' YourFile

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