python学习——读取染色体长度（七：读取fasta文件）

读取fasta文件genome_test.fa，并计算染色体总长，同时输出最长染色体编号、序列以及长度

fasta文件genom_test.fa的内容如下：

>chr1
ATATATATAT
>chr2
ATATATATATCGCGCGCGCG
>chr3
ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATAT
>chr4
ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCGCGCG
>chr5
ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCGCGCGATATATATAT

python脚本

 #传递命令行参数
 import sys # 导入模块

 # 从命令行获取文件名称
 f_fasta = sys.argv[1]

 # 打开文件 open('文件路径')
 f = open(f_fasta)

 # 逐行读取
 total_len = 0
 max_chr = ''
 max_seq = ''
 max_len = 0
 # 求总长并输出最长染色体编号、序列以及长度
 lines = f.readlines() # 是一个列表
 for line in lines:
     #去掉行尾的换行符
     line = line.strip()
     if (line.startswith(">")):
         chr = line
     else:
         chr_len = len(line)
         chr_seq = line
         max_chr = chr
         max_seq = chr_seq
         max_len = chr_len
         total_len += len(line)

 # 输出结果
 print("total_len = " + str(total_len))
 print("max_chr = " + max_chr)
 print("max_seq = " + max_seq)
 print("max_len = " + str(max_len))

cmd命令行输入

E:\15_python\DEBUG>python fasta_stat6.py genome_test.fa