用以下命令修复：

bbrename.sh in1=read1.fq in2=read2.fq out1=renamed1.fq out2=renamed2.fq

　　bbrename.sh 下载地址网上自行搜索

对于多个fq文件，可以用以下命令：

while read line

do

      nohup bbrename.sh in=${line}_R1.fq in2=${line}_R2.fq out=${line}_R1.sh.fq out2=${line}_R2.sh.fq &

done < name.txt #####其中，name.txt指的是包含sample名字文件

　　

mapping生成sam文件时出现[mem_sam_pe] paired reads have different names错误的更多相关文章

  1. T4生成多文件时,不生成自己

    如:我用的网上的生成多文件的一个include文件. 生成多文件时,默认会生成一个以自己名字命名的文件如: 有一个demo.tt文件,生成时会出来一个demo.cs文件(默认情况下) 解决方法: Fo ...

  2. JS在生成csv文件时,","逗号问题处理.

    在生成csv文件时,发现一个问题,因为csv文件本身是依靠逗号进行分列的,所以内容中有逗号时也被强制分列了,处理方法很简单,为内容加上双引号(英文格式)就可以了. 如: "11111,222 ...

  3. easychm生成帮助文件时出现的目录导航乱码问题

    将html生成帮助文件时出现乱码问题的主要原因是:文件编译格式的问题 (一般的网页都是utf-8格式的,将其改为GB2312就可以了):

  4. 解决proto文件生成pb文件时提示（e.g."message"）的问题

    原因:格式不支持 解决办法:去下个notepad,打开方式选择notepad,文件属性的只读取消掉 打开后会发现最下面显示了文件的格式是unix,utf-8 右键红框处,选择转换为windows格式, ...

  5. 生成pyd文件时提示“Unable to find vcvarsall.bat”的问题

    本文内容 Unable to find vcvarsall.bat的问题描述 问题分析 总结 一.问题描述 我们在windows下通过pip安装一些外部Python 模块(比如,pycrypto)时通 ...

  6. 有关vs2010将c++生成exe文件时出现LINK : fatal error LNK1123: 转换到 COFF 期间失败和环境变量问题

    不知怎么本来编译好好的VS2010环境,忽然出现“转换到 COFF 期间失败: 文件无效或损坏”的链接错误.花了好多天,试了好多方法,最终解决了这个问题.现在罗列一下这几种解决方案:方案1:点击“项目 ...

  7. 【odoo】【知识点】生成pdf文件时缺少样式的问题

    欢迎转载,但需标注出处,谢谢! 背景 近期在客户的项目中发现在自定义报表样式的时候,存在渲染为html正常,但是在生成pdf的时候,缺少样式的情况. 分析 涉及到的odoo源码中的ir_actions ...

  8. unity 3d 生成apk文件时，设置图标

    如图所示:注意红线标注部分: 如果安装到手机之后,程序的图标还是unity的默认图标,重启手机即可.

  9. 向CodeBlocks的Project中添加calss文件时，出现No such file or directory错误的解决方案

    我们在CodeBlocks中编写程序时,一般要建立工程.现在建立工程first,然后建立类文件Person,并将其添加到first中, int main() { Person p; p.display ...

随机推荐

  1. python基础学习笔记（一）

    安装与运行交互式解释器 在绝大多数linux和 UNIX系统安装中(包括Mac OS X),Python的解释器就已经存在了.我们可以在提示符下输入python命令进行验证(作者环境ubuntu) f ...

  2. 多校寒训TaoTao要吃鸡dp

    题目描述 Taotao的电脑带不动绝地求生,所以taotao只能去玩pc版的荒野行动了, 和绝地求生一样,游戏人物本身可以携带一定重量m的物品,装备背包 之后可以多携带h(h为0代表没有装备背包)重量 ...

  3. Finished yeah!

    终于到了最后的博客阶段,这时候才知道博客此时此刻是多么的惬意,它成了书写心声的自由平台!耗时一天完成这作业说起来也是蛮辛苦的,编译器需要新装,IDE需要熟悉,当然最主要的是之前浅入浅出的C++功底在此 ...

  4. Scrum Meeting 7

                第七次会议 No_00:工作情况 No_01:任务说明 待完成 已完成 No_10:燃尽图 No_11:照片记录 待更新 No_100:代码/文档签入记录 No_101:出席表 ...

  5. linux内核分析ELF文件分析实践报告

  6. springboot整合fastJson遇到重定向问题

    通过网上教程使用springboot整合fastJson后遇到页面重定向问题(使用的springboot版本是2.0.2.RELEASE ,其他的版本可能不会出现以下问题),如下图: 我的项目结构如下 ...

  7. 软件工程项目之摄影App（总结）

    软件工程项目之摄影App 心得体会: dyh:这次的项目很难做,本来想在里面添加动画效果的,但是找了很多例子都没看明白,能力还是不足够把,还有一个就是数据库在安卓课程里面刚刚涉及到,所以也还没能做出数 ...

  8. 【转】STM32和ARM的区别

    转自:http://www.cnblogs.com/nuc-boy/archive/2012/09/11/2680157.html 这个问题大概2009年的时候很多人就在问,请看09年的时候大家给出的 ...

  9. David Silver强化学习Lecture2：马尔可夫决策过程

    课件:Lecture 2: Markov Decision Processes 视频:David Silver深度强化学习第2课 - 简介 (中文字幕) 马尔可夫过程 马尔可夫决策过程简介 马尔可夫决 ...

  10. js排序方法

    function swap(ary, x, y) { if (x === y) return let temp = ary[x] ary[x] = ary[y] ary[y] = temp } //生 ...