利用mysql客户端查询UCSC数据库
UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz (UCSC) 创立和维护的,该站点包含有人类、小鼠和大鼠等多个物种的基因组草图和注释信息,并提供一系列的网页分析工具。
- 1.MySQL安装
本人使用的是Centos6.8系统,推荐使用yum安装。
$ yum install -y mysql mysql-devel mysql-server
- 2.MySQLdb安装
MySQLdb是MySQL的一个线程兼容接口,提供了python数据库API,推荐yum安装。
$ yum install -y MySQL-python
- 3.使用脚本geneInfo.py获得基因(注,为geneSymbol名)的bed信息
$ python geneInfo.py brca1
【参考列表】
利用mysql客户端查询UCSC数据库的更多相关文章
- 使用MySQL客户端登录Ensemble数据库查询相关信息
Ensemble公共MySQL数据库 对于大量数据和更详细的分析,Ensemble的MySQL服务器ensembldb.ensembl.org,useastdb.ensembl.org或asiadb. ...
- mysql联合查询更新数据库例子
mysql联合查询更新数据库例子,用户表,部门表,把用户表中的部门属性更新为部门表的主键UPDATE user_table AS utINNER JOIN belongdept AS bd ON bd ...
- MySQL中查询所有数据库占用磁盘空间大小和单个库中所有表的大小的sql语句
查询所有数据库占用磁盘空间大小的SQL语句: ,),' MB') as data_size, concat(,),'MB') as index_size from information_schema ...
- MySQL中查询所有数据库占用磁盘空间大小
查询所有数据库占用磁盘空间大小的SQL语句: 复制代码 代码如下:select TABLE_SCHEMA, concat(truncate(sum(data_length)/1024/1024,2), ...
- Python MySQL - 创建/查询/删除数据库
#coding=utf-8 import mysql.connector import importlib import sys #连接数据库的信息 mydb = mysql.connector.co ...
- mysql客户端的导出数据库表和数据库数据等相关操作
1.navicat for mysql 11.0.10客户端 导出数据库里所有表中的所有数据,方法如下,选中表,在横向导航栏里面找到“导出向导”,选中sql,点击下一步,点击全选,并且选中“应用相同目 ...
- Mysql 客户端查询结果如何保存到本地而不是服务端?
应用场景:知道某台DB服务器的IP和账户,登录上去查询了10W条记录,需要把这些记录拉到本地做分析 方法1,远程连接到DB服务器执行OUTFILE命令,文件存储在DB机器上,只有mysql账户的情况下 ...
- 【MySQL】 查询某个数据库有多少张数据表
SELECT COUNT(*) TABLES, table_schema FROM information_schema.TABLES WHERE table_schema = 'performanc ...
- 利用SQL语句查询一个数据库中的所有表
SQL : select * from information_schema.tables ORACLE: select table_name from user_tables ACCESS: s ...
随机推荐
- java.lang.NoSuchMethodError: org.jboss.logging.Logger.getMessageLogger(Ljava/lang/Class;Ljava/lang/String;)Ljava/lang/Object;
spring3_hibernate 集成报错信息 java.lang.NoSuchMethodError: org.jboss.logging.Logger.getMessageLogger(Ljav ...
- 九度OJ 1076:N的阶乘 (数字特性、大数运算)
时间限制:3 秒 内存限制:128 兆 特殊判题:否 提交:6384 解决:2238 题目描述: 输入一个正整数N,输出N的阶乘. 输入: 正整数N(0<=N<=1000) 输出: 输入可 ...
- wimdows安装mongodb,开机启动
> d: > cd D:\Program Files\MongoDB\Server\3.0\bin > .\mongod --logpath "D:\Program Fil ...
- pm2 的使用
pm2.json 代码如下 [{ "name" : "dingtalk-mobile", "script" : "app.js&q ...
- redux和mobx比较(二)
Redux Redux 是 JavaScript 状态容器,提供可预测化的状态管理. 三大核心 在 Redux 中,最为核心的概念就是 action .reducer.store 以及 state,那 ...
- Unix和Linux历史文化
1.显示工作目录pwd print working directory print name of current/working directory 2.显示自己终端名称tty pr ...
- Contiki Process概述
本文涉及到的Protothread机制知识,在http://www.cnblogs.com/songdechiu/p/5793717.html 一.进程类型 进程类型主要有协同式(cooperativ ...
- 嵌入式选择与L1正则化
http://blog.csdn.net/irene_loong/article/details/73741521
- Spark- Linux下安装Spark
Spark- Linux下安装Spark 前期部署 1.JDK安装,配置PATH 可以参考之前配置hadoop等配置 2.下载spark-1.6.1-bin-hadoop2.6.tgz,并上传到服务器 ...
- 利用jsp技术实现用户注册
利用jsp技术实现用户注册,包含register.html和register_check.jsp页面代码1. [代码]J2EE实验 <!DOCTYPE html PUBLIC " ...