除了GO基因本体论，还有PO、TO、CO等各种Ontology？

目录

• PO/TO
• CO
• 后记

我们最常用最熟悉的功能数据库之一：GO（gene onotology），基因本体论。其实是一套标准词汇术语，目的是从不同角度来描述某个基因的特点和功能，三大本体如生物学进程（BP）、分子功能（MF）和细胞组分（CC）。

看文献的时候，偶然看到了TO（trait onotology）和CO（crop onotology）这些概念，网上一查，原来好几年前就提出来了，专门针对植物的，基于表型性状的一种分类方法，也建立起了相应的数据库。

PO/TO

Plant and Trait Onotology（PO、TO）的官网Planteome：https://planteome.org/，看到这个词，不仅想又一个组学？

PO和TO的区别：





说实话，我还是没太弄清楚~~~

关于TO，又有解释：

一套标准词汇术语近似于GO：

实际上，这个PO分析可以作为比较基因组的分析范畴：

也有有向无环图：

整个项目源码：

https://github.com/Planteome/plant-trait-ontology

资料参考：

Plant and Trait Ontology Current Status

CO

而CO（crop onotology）又是另外一个项目了。它是从作物Crop的角度出发创建的一套分类标准和描述语录。

同样也是模仿的GO规则：

比如说水稻：

官网：

http://www.cropontology.org/

源码：

https://github.com/bioversity/Crop-Ontology

文档参考：

Crop Ontology: Vocabulary For Crop-related Concepts

后记

分类在生物学中可谓无处不在，如我们用Taxonomy来做物种分类，使用KEGG Pathway来分类不同通路途径等等，几乎所有的分析都要基于分类。

GO是从基因的角度出发创建的一套标准语义，PO/TO是从植物性状的角度，CO则是以作物本身的角度，那么是否还会有其他的Onotology提出并创建？理论上说，只要能分类，都是可以的。完全可以做transcript onotology、protein onotology、metabolite onotology等等。如下图，都可以，关键是有没有必要，这样做的意义大不大。反正在它们还没被广泛接受和应用的时候，我是不会用的。

表型和性状本身是个非常宽泛的词，如果只将生物的因果划分为表型和基因型两类，那么除基因组外的其他组学都可视为表型。