PLINK提供了“--ld”的参数计算两个SNP位点的连锁不平衡值。

命令如下：

plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134

生成如下数据：

--ld rs123 rs134:

R-sq = 0.0313386       D' = 1

Haplotype Frequency Expectation under LE
--------- --------- --------------------
TG 0 0.022549
CG 0.171717 0.149168
TA 0.131313 0.108764
CA 0.696970 0.719518

In phase alleles are TA/CG

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