PLINK提供了“--ld”的参数计算两个SNP位点的连锁不平衡值。

命令如下：

plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134

生成如下数据：

--ld rs123 rs134:

R-sq = 0.0313386       D' = 1

Haplotype Frequency Expectation under LE
--------- --------- --------------------
TG 0 0.022549
CG 0.171717 0.149168
TA 0.131313 0.108764
CA 0.696970 0.719518

In phase alleles are TA/CG

plink计算两个SNP位点的连锁不平衡值（LD）的更多相关文章

  1. js计算两个日期的天数差值

    js计算两个日期的天数差值 通过两个日期计算这两个日期之间的天数差值 /** * 计算天数差的函数,通用 * @param sDate1 * @param sDate2 * @returns {Num ...

  2. [Xcode 实际操作]九、实用进阶-(4)计算两个日期间的差值

    目录:[Swift]Xcode实际操作 本文将演示如何计算两个日期之间的差值. 在项目导航区,打开视图控制器的代码文件[ViewController.swift] import UIKit class ...

  3. JAVA中计算两个日期时间的差值竟然也有这么多门道

    上半年春招的时候,作为面试官,对于面试表现的不错的同学会要求其写一小段代码看看.题目很简单: 给定一个日期,然后计算下距离今天相差的天数. 本以为这么个问题就是用来活跃面试氛围的,但是结果却让人大跌眼 ...

  4. 【HANA系列】SAP HANA SQL计算两个日期的差值

    公众号:SAP Technical 本文作者:matinal 原文出处:http://www.cnblogs.com/SAPmatinal/ 原文链接:[HANA系列]SAP HANA SQL计算两个 ...

  5. 如何从vcf文件中批量提取一系列基因的SNP位点？

    目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实 ...

  6. C# 获取当前月第一天和最后一天 计算两个日期差多少天

    获取当前月的第一天和最后一天 DateTime now = DateTime.Now; DateTime firstDay = ); DateTime lastDay = firstDay.AddMo ...

  7. OpenCV，计算两幅图像的单应矩阵

    平面射影变换是关于其次3维矢量的一种线性变换,可以使用一个非奇异的$3 \times 3$矩阵H表示,$X' = HX$,射影变换也叫做单应(Homography).计算出两幅图像之间的单应矩阵H,那 ...

  8. JavaScript实现计算两个日期之间的天数

    以“yyyy-MM-dd”格式为例,现在有两个日期,分别为“2006-01-01”,“2007-05-20”. 1.调用Date.parser()方法,将字符串格式的时间戳转换为Date类型时间对象: ...

  9. PHP计算两个时间段是否有交集（边界重叠不算）

    优化前的版本: /** * PHP计算两个时间段是否有交集(边界重叠不算) * * @param string $beginTime1 开始时间1 * @param string $endTime1 ...

随机推荐

  1. 适合精致女孩使用的APP软件 不容错过的精彩人生

    阳光下灿烂,风雨中奔跑,每个人都会遇见美丽的缘分,或深或浅,或浓或淡.所以人生不管遇到什么难题,都要勇往直前.今天分享的软件也是十分精彩的,非常适合精彩的你哦! 薄荷健康 薄荷健康APP是专为想要减肥 ...

  2. Java-获取年月日对应的天干地支

    一.概述 本次是以java语言开发为例,计算出年月日对应的天干地支. 二.代码 public class MyDate { /** * 对于年月日的天干地支 */ private int year_g ...

  3. lock了mutex的线程退出了却没有unlock时会怎么样？

    https://stackoverflow.com/questions/4424193/what-happens-to-mutex-when-the-thread-which-acquired-it- ...

  4. 教你一步永久激活WebStorm2018

    工欲善其事必先利其器,我们在开发过程中,编辑器是我们提高开发效率及生产必备的工具,如何发现一个高效好用的编辑器是程序员必备的技能之一. 前端开发有众多编辑器 sublime.vscode.webstr ...

  5. 自动化批量管理工具pssh - 运维小结

    pssh提供OpenSSH和相关工具的并行版本.包括pssh,pscp,prsync,pnuke和pslurp.该项目包括psshlib,可以在自定义应用程序中使用.pssh是python写的可以并发 ...

  6. 《SQL CookBook 》笔记-第一章-检索记录

    目录 第一章 检索记录 1.1检索所有行和列 1.2筛选行 1.3查找满足多个查询条件的行 1.4筛选列 1.5创建列的别名 1.6 在where子句中引用别名列 1.7 串联多列的值 1.8 在se ...

  7. 使用make

    5.11 库的使用 代码的复用是计算机程序设计语言中的一个重要的概念.可以把编译好的目标文件模块统一放到一个库中,使得程序员可以在不同的程序中共享这些代码. 在Linux操作系统下,最后连接生成可执行 ...

  8. i春秋misc部分writeup

    i春秋misc部分writeup 一.敲击 方方格格,然后看到下面的格式,猜测出是键盘上的布局,然后看这些字母形成的形状想那些字母,就是flag了 2.滴滴滴 放到ctfcack里解密,发现时栅栏密码 ...

  9. “尝试加载 Oracle 客户端库时引发 BadImageFormatException。如果在安装 32 位 Oracle 客户端组件的情况下以 64 位模式运行，将出现此问题。”

    远程连接服务器的数据库调试WCF程序时,可以正常访问数据库,但将程序发布成站点部署在数据库所在的服务器之后,一直报错,通过try/catch捕获得到以下报错信息: System.Exception: ...

  10. Thermostat：双层存储结构的透明巨页内存管理机制

    这是一篇由密歇根大学的Neha Agarwal 和 Thomas F. Wenisch,发表在计算机系统顶会ASLOS的论文,Thermostat: Application-transparent P ...