使用3D Slicer进行颅骨去除
关于3D Slicer的下载、安装及模块安装在上一篇博客中以及介绍过,以下将专注于使用3D Slicer进行颅骨去除
准备
此次,我们需要安装SwissSkullStripper模块,安装后需要重启软件才能使用该模块
使用SwissSkullStripper模块,如图划线部分,点击Help,会出现蓝色链接,点击可进入官网

在官网界面,我们可以看到两个下载链接,这两个图谱文件(atlas image、atlas brain mask)是我们进行接下来操作需要使用的

下载下来之后把它们保存在无中文名字的文件夹内待用,并修改文件名分别为Atlas.mha和AtlasMask-label.mha(atlas image.mha -> Atlas.mha,atlas brain mask -> AtlasMask-label.mha)
使用
在3D Slicer中分别载入需要进行颅骨去除的文件和刚刚下载的两个备用文件
点击File,点击Add Data即可出现下面载入文件的界面,将上述文件导入即可

最后一次在选择Input, Output 和 Atlas,最后点击Apply,即可生成去除颅骨的图像

注意Output最好选择Create new Volume,这样生成的文件不会覆盖我们之前导入的文件。Altas部分就是导入我们之前在官网下载的两个图谱文件
效果

使用3D Slicer进行颅骨去除的更多相关文章
- 3D Slicer中文教程(七)—图像中值滤波
1.中值滤波概念 中值滤波是对一个滑动窗口内的诸像素灰度值排序,用其中值代替窗口中心象素的原来灰度值,它是一种非线性的图像平滑法,它对脉冲干扰级椒盐噪声的抑制效果好,在抑制随机噪声的同时能有效保护边缘 ...
- 3D Slicer中文教程(五)—三维视图颜色改变
3D Slicer在分割后三维重建的图像,效果很好,但是存在一定的不足,默认的颜色并不是很合适,这时手动设置三维视图下的需要的颜色就很有必要了.如下图所示,默认的三维重建后的颜色. 这样的颜色显然不是 ...
- 3D Slicer中文教程(八)—导出STL文件
一.STL文件简介 STL(立体平版印刷术的缩写)是由3D Systems创建的立体平版印刷CAD软件原生的文件格式STL有“标准三角语言”和“标准镶嵌语言”等几个事后回溯.这种文件格式是由许多其他软 ...
- 3D Slicer中文教程(六)—调用matlab函数(MatlabBridge使用方法)
1.安装MatlabBridge插件 (1)在工具栏找到Extension,点击进入Extension Manager (2)找到MatlabBridge,安装 2.配置MATLAB环境 (1)在模块 ...
- 3D Slicer中文教程(四)—图像分割
1.数据获取 (1)下载3D Slicer自带的样本数据 (2)选择自由的数据 (3)网上数据库等其他方式下载数据 2.分割工具 Segment Editor是一个用于分割的模块.细分(也称为轮廓)描 ...
- 3D Slicer中文教程(三)—数据加载及保存方式
1.打开数据与保存数据 (1)打开数据 ——可以将数据拖拽到3D Slicer应用窗口或者从菜单栏工具栏打开. ——多种方式加载大量数据. 有关DICOM数据,请参阅DICOM模块文档. 对于几乎所有 ...
- 3D Slicer中文教程(一)—下载及安装方法
3D Slicer是用于医学图像信息学,图像处理和三维可视化的开源软件平台. 通过国家卫生研究院和全球开发人员社区的支持,二十多年来,Slicer为医生,研究人员和公众提供了免费,强大的跨平台加工工具 ...
- 3D Slicer Hide 3D Cube and Axis Labels Programmatically 使用代码隐藏三维视图中的方框和坐标轴标签
在3D Slicer中,我们如果想在自己写的插件中来修改三维视图中的默认设置的话,那么首先就需要获得三维视图的结点,其类型为vtkMRMLViewNode,获得了这个结点后,我们就可以用代码来修改一系 ...
- 使用3D Slicer对图像进行配准
在进行深度学习之前,我们需要图像进行一些预处理操作,其中配准是很重要的一环,以下将介绍使用软件3D Slicer来进行图像配准 3D Slicer是(1)一个软件平台,用以图像分析(包括配准和实时编辑 ...
随机推荐
- js实现(可实现局部打印)
1.js实现(可实现局部打印) <input id="btnPrint" type="button" value="打印" oncli ...
- Particle Filters
|—粒子滤波原理 |—基础代码的建立—|—前进 | |—转弯 | |—噪音(误差 ...
- GodMode
将“GodMode.{ED7BA470-8E54-465E-825C-99712043E01C}”(不含引号)复制过去,保存即可.
- ORACLE知识点总结
一.ORACEL常用命令 1.解锁账户:ALTER USER username ACCOUNT UNLOCK; 2.查看数据库字符集:SELECT USERENV ('language') FROM ...
- Hive(一)
1. HIVE概念: Hive:由Facebook开源用于解决海量结构化日志的数据统计. Hive是基于Hadoop的一个数据仓库工具,可以将结构化的数据文件映射为一张表,并提供类SQL查询功能. 本 ...
- phantomjs的安装和使用链接
1.先下载phantomjs并解压2.将phantomjs的bin目录配置到环境变量中3.测试phantomjs,cmd下输入phantomjs进入 (按 Ctrl + c 组 合键退出和 phant ...
- 如何用kaldi做孤立词识别三
这次wer由15%下降到0%了,后面跑更多的模型 LOG (apply-cmvn[5.2.124~1396-70748]:main():apply-cmvn.cc:162) Applied cepst ...
- 简单 v.s. 基础
无论做平面设计还是做摄影创作,其基础都是一些比较粗浅的看似毫无用处的简单技能.例如画直线.拍挂在墙上的电视机,不一而足. 同样的现象还能在web的前端设计中看到.一堆类似小孩学绘画的标签,几个可以更改 ...
- mysql 连接 的drive 不一样
DB_DRIVER 为任意名 com.mysql.jdbc.Driver 是 mysql-connector-java 5(jar包)com.mysql.cj.jdbc.Driver 是 ...
- 开源播放器 ijkplayer (五) :Linux/Ubuntu 下编译ijkplayer
一.安装Git与yasm sudo apt-get install git sudo apt-get install yasm 二.下载和配置 SDK.NDK SDK一般开发时肯定都有的,NDK一般是 ...