关于3D Slicer的下载、安装及模块安装在上一篇博客中以及介绍过,以下将专注于使用3D Slicer进行颅骨去除

准备

此次,我们需要安装SwissSkullStripper模块,安装后需要重启软件才能使用该模块

使用SwissSkullStripper模块,如图划线部分,点击Help,会出现蓝色链接,点击可进入官网

在官网界面,我们可以看到两个下载链接,这两个图谱文件(atlas image、atlas brain mask)是我们进行接下来操作需要使用的

下载下来之后把它们保存在无中文名字的文件夹内待用,并修改文件名分别为Atlas.mha和AtlasMask-label.mha(atlas image.mha -> Atlas.mha,atlas brain mask -> AtlasMask-label.mha)

使用

在3D Slicer中分别载入需要进行颅骨去除的文件和刚刚下载的两个备用文件

点击File,点击Add Data即可出现下面载入文件的界面,将上述文件导入即可

最后一次在选择Input, Output 和 Atlas,最后点击Apply,即可生成去除颅骨的图像

注意Output最好选择Create new Volume,这样生成的文件不会覆盖我们之前导入的文件。Altas部分就是导入我们之前在官网下载的两个图谱文件

效果

使用3D Slicer进行颅骨去除的更多相关文章

  1. 3D Slicer中文教程(七)—图像中值滤波

    1.中值滤波概念 中值滤波是对一个滑动窗口内的诸像素灰度值排序,用其中值代替窗口中心象素的原来灰度值,它是一种非线性的图像平滑法,它对脉冲干扰级椒盐噪声的抑制效果好,在抑制随机噪声的同时能有效保护边缘 ...

  2. 3D Slicer中文教程(五)—三维视图颜色改变

    3D Slicer在分割后三维重建的图像,效果很好,但是存在一定的不足,默认的颜色并不是很合适,这时手动设置三维视图下的需要的颜色就很有必要了.如下图所示,默认的三维重建后的颜色. 这样的颜色显然不是 ...

  3. 3D Slicer中文教程(八)—导出STL文件

    一.STL文件简介 STL(立体平版印刷术的缩写)是由3D Systems创建的立体平版印刷CAD软件原生的文件格式STL有“标准三角语言”和“标准镶嵌语言”等几个事后回溯.这种文件格式是由许多其他软 ...

  4. 3D Slicer中文教程(六)—调用matlab函数(MatlabBridge使用方法)

    1.安装MatlabBridge插件 (1)在工具栏找到Extension,点击进入Extension Manager (2)找到MatlabBridge,安装 2.配置MATLAB环境 (1)在模块 ...

  5. 3D Slicer中文教程(四)—图像分割

    1.数据获取 (1)下载3D Slicer自带的样本数据 (2)选择自由的数据 (3)网上数据库等其他方式下载数据 2.分割工具 Segment Editor是一个用于分割的模块.细分(也称为轮廓)描 ...

  6. 3D Slicer中文教程(三)—数据加载及保存方式

    1.打开数据与保存数据 (1)打开数据 ——可以将数据拖拽到3D Slicer应用窗口或者从菜单栏工具栏打开. ——多种方式加载大量数据. 有关DICOM数据,请参阅DICOM模块文档. 对于几乎所有 ...

  7. 3D Slicer中文教程(一)—下载及安装方法

    3D Slicer是用于医学图像信息学,图像处理和三维可视化的开源软件平台. 通过国家卫生研究院和全球开发人员社区的支持,二十多年来,Slicer为医生,研究人员和公众提供了免费,强大的跨平台加工工具 ...

  8. 3D Slicer Hide 3D Cube and Axis Labels Programmatically 使用代码隐藏三维视图中的方框和坐标轴标签

    在3D Slicer中,我们如果想在自己写的插件中来修改三维视图中的默认设置的话,那么首先就需要获得三维视图的结点,其类型为vtkMRMLViewNode,获得了这个结点后,我们就可以用代码来修改一系 ...

  9. 使用3D Slicer对图像进行配准

    在进行深度学习之前,我们需要图像进行一些预处理操作,其中配准是很重要的一环,以下将介绍使用软件3D Slicer来进行图像配准 3D Slicer是(1)一个软件平台,用以图像分析(包括配准和实时编辑 ...

随机推荐

  1. js实现(可实现局部打印)

    1.js实现(可实现局部打印) <input id="btnPrint" type="button" value="打印" oncli ...

  2. Particle Filters

    |—粒子滤波原理 |—基础代码的建立—|—前进 |                               |—转弯 |                               |—噪音(误差 ...

  3. GodMode

    将“GodMode.{ED7BA470-8E54-465E-825C-99712043E01C}”(不含引号)复制过去,保存即可.

  4. ORACLE知识点总结

    一.ORACEL常用命令 1.解锁账户:ALTER USER username ACCOUNT UNLOCK; 2.查看数据库字符集:SELECT USERENV ('language') FROM ...

  5. Hive(一)

    1. HIVE概念: Hive:由Facebook开源用于解决海量结构化日志的数据统计. Hive是基于Hadoop的一个数据仓库工具,可以将结构化的数据文件映射为一张表,并提供类SQL查询功能. 本 ...

  6. phantomjs的安装和使用链接

    1.先下载phantomjs并解压2.将phantomjs的bin目录配置到环境变量中3.测试phantomjs,cmd下输入phantomjs进入 (按 Ctrl + c 组 合键退出和 phant ...

  7. 如何用kaldi做孤立词识别三

    这次wer由15%下降到0%了,后面跑更多的模型 LOG (apply-cmvn[5.2.124~1396-70748]:main():apply-cmvn.cc:162) Applied cepst ...

  8. 简单 v.s. 基础

    无论做平面设计还是做摄影创作,其基础都是一些比较粗浅的看似毫无用处的简单技能.例如画直线.拍挂在墙上的电视机,不一而足. 同样的现象还能在web的前端设计中看到.一堆类似小孩学绘画的标签,几个可以更改 ...

  9. mysql 连接 的drive 不一样

          DB_DRIVER 为任意名 com.mysql.jdbc.Driver 是 mysql-connector-java 5(jar包)com.mysql.cj.jdbc.Driver 是 ...

  10. 开源播放器 ijkplayer (五) :Linux/Ubuntu 下编译ijkplayer

    一.安装Git与yasm sudo apt-get install git sudo apt-get install yasm 二.下载和配置 SDK.NDK SDK一般开发时肯定都有的,NDK一般是 ...