参考：https://www.biostars.org/p/106291/#106344

1、inner mate distance : the distance from the right most end of the left read to the left most end of the right read

2、the "insert size"=sequence between adapters (actually encompasses R1 and R2 as well as the unknown gap between them) and it is also known that the ninth column of the SAM file (TLEN) represents the insert size

3.1、Insert size = 400

Library = 2x150bp

Inner size = 400-2*150 = 100

3.2、So for a 2x100bp library with 193 mean insert, your inner distance is 193-2x100 = -7 (meaning that they overlap by 7bp)

4、

Insert_size = the sequence betwwn adapters

Fragment_size= Insert_size + Adapters

40、inner mate distance for paired reads in a bam file的更多相关文章

  1. 怎么从bam文件中提取出比对OR没比对上的paired reads | bamToFastq | STAR

    折腾这么多都是白瞎,STAR就有输出没有别对上的pair-end reads的功能 参见:How To Filter Mapped Reads With Samtools I had the same ...

  2. 40、扩展原理-BeanDefinitionRegistryPostProcessor

    40.扩展原理-BeanDefinitionRegistryPostProcessor BeanDefinitionRegistryPostProcessor extends BeanFactoryP ...

  3. 二、jdk命令之javah命令(C Header and Stub File Generator)

    目录 一.jdk工具之jps(JVM Process Status Tools)命令使用 二.jdk命令之javah命令(C Header and Stub File Generator) 三.jdk ...

  4. 40、JDBC相关概念介绍

    1.1.数据库驱动 这里的驱动的概念和平时听到的那种驱动的概念是一样的,比如平时购买的声卡,网卡直接插到计算机上面是不能用的,必须要安装相应的驱动程序之后才能够使用声卡和网卡,同样道理,我们安装好数据 ...

  5. 40、Nginx 配置支持 WAF

    40.1 waf说明 1 WAF(Web Application Firewall),中文名叫做"Web应用防火墙". 2 WAF的定义是这样的:Web应用防火墙是通过执行一系列针 ...

  6. 40、Linux文件误删除恢复操作

    rm -rf / #此方法删除不了/目录: rm -rf /* #此方法可以删除/目录下的所有内容,禁止使用: 40.1.前言: 作为一个多用户.多任务的操作系统,Linux下的文件一旦被删除,是难以 ...

  7. 成本降低40%、资源利用率提高20%的 AI 应用产品云原生容器化之路

    作者 郭云龙,腾讯云高级工程师,目前就职于 CSIG 云产品三部-AI 应用产品中心,现负责中心后台业务框架开发. 导语 为了满足 AI 能力在公有云 SaaS 场景下,服务和模型需要快速迭代交付的需 ...

  8. 40、dom以xml结尾的文件

    1.student.xml文件 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> <!-- 1.书写根元素(因为 ...

  9. 40、DrawerLayout使用详情

    1.主内容视图一定要是DrawerLayout的第一个子视图 2.主内容视图宽度和高度匹配父视图,即“match_parent” 3.必须显示指定抽屉视图(如ListView)的 android:la ...

随机推荐

  1. kylin_异常_01_java.io.FileNotFoundException: /developer/apache-kylin-2.3.0-bin/tomcat/conf/.keystore

    一.异常现象 kylin安装完,启动后,控制正常,kylin后台也能正常访问.但是去看kylin的日志,却发现报错了: SEVERE: Failed to load keystore type JKS ...

  2. 201621123014《Java程序设计》第七周学习总结

    1. 本周学习总结 1.1 思维导图:Java图形界面总结 答: 1.2 可选:使用常规方法总结其他上课内容. 答:1.Swing组件主要分为容器组件和其他组件. 2.JFrame和JPanel都可以 ...

  3. 常用stl(c++)

    众所周知,c++的模板库是相当强大的. 下面我来列举一些常用的,(神奇的) //部分材料选自<算法竞赛入门经典(第2版)>(刘汝佳) 一,algorithm (算法) min(a,b)-- ...

  4. 使用open_read_write等底层函数来赋值一个文件

    /* * 该程序是练习read(),write(),open(),create(),close(),lseek()等函数. *  * 该程序的处理思路: *  1: 在程序所在的目录去打开一个文件,如 ...

  5. 455. Assign Cookies Add to List

    Assume you are an awesome parent and want to give your children some cookies. But, you should give e ...

  6. mysql之 MySQL 主从基于position复制原理概述

    1 .主从复制简介MySQL 主从复制就是将一个 MySQL 实例(Master)中的数据实时复制到另一个 MySQL 实例(slave)中,而且这个复制是一个异步复制的过程.实现整个复制操作主要由三 ...

  7. DATAX动态参数数据传递

    实例:ORACLE到ORACLE的数据传递   编写job.xml文件,添加变量参数 执行datax.py文件时记得带参数 格式:./datax.py –p"-Ddbname=*** -Di ...

  8. java代码随机数组合，随机号码产生器

    总结:还是掌握方法的运用++++++ package com.c2; //随机数组合,随机号码产生器 //随机号码 import java.util.Random; public class rfe ...

  9. CountDownLatch的介绍和使用

    1.类介绍 java.util.concurrent 类 CountDownLatch java.lang.Object java.util.concurrent.CountDownLatch 一个同 ...

  10. xcode修改横屏

    1.修改工程属性 2.修改info.plist文件