参考：https://www.biostars.org/p/106291/#106344

1、inner mate distance : the distance from the right most end of the left read to the left most end of the right read

2、the "insert size"=sequence between adapters (actually encompasses R1 and R2 as well as the unknown gap between them) and it is also known that the ninth column of the SAM file (TLEN) represents the insert size

3.1、Insert size = 400

Library = 2x150bp

Inner size = 400-2*150 = 100

3.2、So for a 2x100bp library with 193 mean insert, your inner distance is 193-2x100 = -7 (meaning that they overlap by 7bp)

4、

Insert_size = the sequence betwwn adapters

Fragment_size= Insert_size + Adapters

40、inner mate distance for paired reads in a bam file的更多相关文章

  1. 怎么从bam文件中提取出比对OR没比对上的paired reads | bamToFastq | STAR

    折腾这么多都是白瞎,STAR就有输出没有别对上的pair-end reads的功能 参见:How To Filter Mapped Reads With Samtools I had the same ...

  2. 40、扩展原理-BeanDefinitionRegistryPostProcessor

    40.扩展原理-BeanDefinitionRegistryPostProcessor BeanDefinitionRegistryPostProcessor extends BeanFactoryP ...

  3. 二、jdk命令之javah命令(C Header and Stub File Generator)

    目录 一.jdk工具之jps(JVM Process Status Tools)命令使用 二.jdk命令之javah命令(C Header and Stub File Generator) 三.jdk ...

  4. 40、JDBC相关概念介绍

    1.1.数据库驱动 这里的驱动的概念和平时听到的那种驱动的概念是一样的,比如平时购买的声卡,网卡直接插到计算机上面是不能用的,必须要安装相应的驱动程序之后才能够使用声卡和网卡,同样道理,我们安装好数据 ...

  5. 40、Nginx 配置支持 WAF

    40.1 waf说明 1 WAF(Web Application Firewall),中文名叫做"Web应用防火墙". 2 WAF的定义是这样的:Web应用防火墙是通过执行一系列针 ...

  6. 40、Linux文件误删除恢复操作

    rm -rf / #此方法删除不了/目录: rm -rf /* #此方法可以删除/目录下的所有内容,禁止使用: 40.1.前言: 作为一个多用户.多任务的操作系统,Linux下的文件一旦被删除,是难以 ...

  7. 成本降低40%、资源利用率提高20%的 AI 应用产品云原生容器化之路

    作者 郭云龙,腾讯云高级工程师,目前就职于 CSIG 云产品三部-AI 应用产品中心,现负责中心后台业务框架开发. 导语 为了满足 AI 能力在公有云 SaaS 场景下,服务和模型需要快速迭代交付的需 ...

  8. 40、dom以xml结尾的文件

    1.student.xml文件 <?xml version="1.0" encoding="utf-8" ?> <!-- 1.书写根元素(因为 ...

  9. 40、DrawerLayout使用详情

    1.主内容视图一定要是DrawerLayout的第一个子视图 2.主内容视图宽度和高度匹配父视图,即“match_parent” 3.必须显示指定抽屉视图(如ListView)的 android:la ...

随机推荐

  1. 剑指offer--3.用两个栈实现队列

    快速刷一遍,先捏软柿子 ----------------------------------------------------------------- 时间限制:1秒 空间限制:32768K 热度 ...

  2. 总结的一些MySQL数据库面试题

    1.sql语句应该考虑哪些安全性? 1.防止sql注入,对特殊字符进行转义,过滤或者使用预编译的sql语句绑定变量. 2.最小权限原则,特别是不要用root账户,为不同的类型的动作或者组建使用不同的账 ...

  3. 转载：电商项目完成的BUG调查原因和解决方案

    转载: http://blog.csdn.net/yuexianchang/article/details/73197874

  4. 重温CLR（一）CLR基础

    如果一个C#developer,对CLR没有了解,那就只能是入门级别.未来.NET CORE是趋势,但是.NET CORE 也是基于CoreCLR的,而CLR和CoreCLR其实差别不大,从runti ...

  5. django1.7 HTML模板中{%url%}的使用

    转载:https://my.oschina.net/jastme/blog/345265

  6. oracle如何insert into 多个values

    稍微熟悉Oracle的都知道,如果我们想一条SQL语句向表中插入多个值的话,如果如下语句 INSERT INTO 某表 VALUES(各个值),VALUES(各个值),.....; 这样会报错的,因为 ...

  7. 新建 FrameMaker API 时引用目录的设置

    如果将FDK安装目录下的Sample项目拷贝到其它目录编译,往往会报错 c1083 找不到fapi.h等头文件,或者Link时报错找不到.lib文件. 1.可通过菜单-项目-xxx属性-配置属性-c/ ...

  8. 2016.7.10 SqlServer语句中类似decode、substr、instr、replace、length等函数的用法

    Decode() 对应 case when函数 case CHARINDEX('/',start_point_name) when 0 then start_point_name else subst ...

  9. jdbcTemplate学习（二）

    前面讲了增加.删除.更新操作,这节讲一下查询. 查询操作: (一)查询一个值(不需要注入参数) queryForObject(String sql, Class<T> requiredTy ...

  10. leetcode653

    class Solution { public: bool findTarget(TreeNode* root, int k) { queue<TreeNode> Q; vector< ...