ML: 聚类算法R包-模糊聚类

1965年美国加州大学柏克莱分校的扎德教授第一次提出了‘集合’的概念。经过十多年的发展，模糊集合理论渐渐被应用到各个实际应用方面。为克服非此即彼的分类缺点，出现了以模糊集合论为数学基础的聚类分析。用模糊数学的方法进行聚类分析，就是模糊聚类分析。FCM（Fuzzy C-Means）算法是一种以隶属度来确定每个数据点属于某个聚类程度的算法。该聚类算法是传统硬聚类算法的一种改进。

算法流程：

• 标准化数据矩阵；
• 建立模糊相似矩阵，初始化隶属矩阵；
• 算法开始迭代，直到目标函数收敛到极小值；
• 根据迭代结果，由最后的隶属矩阵确定数据所属的类，显示最后的聚类结果。

优点：相比起前面的”硬聚类“，FCM方法会计算每个样本对所有类的隶属度，这给了我们一个参考该样本分类结果可靠性的计算方法，若某样本对某类的隶属度在所有类的隶属度中具有绝对优势，则该样本分到这个类是一个十分保险的做法，反之若该样本在所有类的隶属度相对平均，则我们需要其他辅助手段来进行分类。

缺点：KNN的缺点基本它都有

模糊聚类

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• cluster::fanny 
• e1071::cmeans 

cluster::fanny

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需要R安装包

install.packages("cluster")

示例代码：

library(cluster)
iris2 <- iris[-5]
fannyz=fanny(iris2,3,metric="SqEuclidean")
summary(fannyz)

分类分布:

> fannyz$clustering
  [1] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 3 2 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
 [66] 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 2 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 2 3 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 2 3 2 2 2 2 2 3 2 3 2 3 2 2 3 3 2 2
[131] 2 2 2 3 2 2 2 2 3 2 2 2 3 2 2 2 3 2 2 3

样本隶属度

> fannyz$membership
              [,1]         [,2]         [,3]
  [1,] 0.996623586 0.0010720343 0.0023043797
  [2,] 0.975852543 0.0074979471 0.0166495094
  [3,] 0.979825922 0.0064145785 0.0137594999
  [4,] 0.967427446 0.0101075228 0.0224650314
  [5,] 0.994470355 0.0017679352 0.0037617094
  [6,] 0.934574112 0.0206196544 0.0448062334
  [7,] 0.979491667 0.0065045178 0.0140038150
  [8,] 0.999547263 0.0001412048 0.0003115325
  [9,] 0.930379787 0.0219024180 0.0477177955
.......

图示显示 ：clusplot(fannyz)

结果显示

> table(iris$Species,fannyz$clustering)

              1  2  3
  setosa     50  0  0
  versicolor  0  3 47
  virginica   0 37 13

e1071::cmeans 

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安装包代码：

install.packages("e1071")

示例代码：

> library("e1071")
> x <- iris[-5]
> result1<-cmeans(x,3,50)
> result1
Fuzzy c-means clustering with 3 clusters

Cluster centers:
  Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width
1     5.888999    2.761093     4.364049   1.3973654
2     6.775092    3.052406     5.646882   2.0535855
3     5.003966    3.414086     1.482821   0.2535487

Memberships:
                  1            2           3
  [1,] 0.0023043721 0.0010720485 0.996623579
  [2,] 0.0166481906 0.0074975084 0.975854301
  [3,] 0.0137586391 0.0064142953 0.979827066
  .......

统计结果:

> table(iris$Species,result1$cluster)

              1  2  3
  setosa      0  0 50
  versicolor 47  3  0
  virginica  13 37  0

3d效果显示示例

#install.packages("scatterplot3d")
library(scatterplot3d)
scatterplot3d(result1$membership, color=result1$cluster, type="h",
                     angle=55, scale.y=0.7, pch=16, main="Pertinence")

参考资料：

• http://blog.csdn.net/Alex_luodazhi/article/details/47125149
• https://en.wikibooks.org/wiki/Data_Mining_Algorithms_In_R/Clustering/Fuzzy_Clustering_-_Fuzzy_C-means