ImageJ使用教程（一）：开始使用

目录

• 简介
• 界面介绍
  • Edit->Options
• 开始使用
  • 打开图片
  • 放大拖拽
  • 图片信息
  • 色彩分析
  • 保存图片
• 总结
• 参考文章

ImageJ软件

简介

ImageJ是一个基于java的公共的图像处理软件，它是由美国国立卫生研究院开发的，可运行于Windows、Linux等多种平台。软件下载解压后可直接使用，注意软件目录不要有中文，下载地址：https://imagej.net/ij/download.html。

界面介绍

软件主界面如下：

主界面最下面一行是状态栏：

• 当光标在图像上方时，像素强度和坐标显示在状态栏中。
• 运行过滤器（filter）后，还将显示经过的时间和处理速率（以像素/秒为单位）。
• 在状态栏上单击时，将显示ImageJ版本，Java版本，正在使用的内存，可用内存和已用内存百分比。
• 在创建Selections或调整其大小时，状态栏上会显示选择属性（例如，位置，宽度等）。

状态栏右侧的进度条是进度栏：进度条会显示操作的进度，如果操作需要的时间少于一秒钟则不会出现。

Edit->Options

菜单栏的Edit -> Options下通常包含多个用于配置软件行为和用户偏好设置的选项：

菜单项	描述
Appearance...	调整ImageJ用户界面的外观设置，如字体大小和颜色。
Arrow Tool...	设置箭头工具的属性，如箭头形状和颜色。
Colors...	管理ImageJ的颜色设置，包括定义颜色表和选择前景/背景色。
Compiler...	提供与Java编译器相关的选项，允许用户编译和运行自定义代码。
Conversions...	包含一系列转换功能，如将图像转换为灰度或二值图像。
DICOM...	处理DICOM（Digital Imaging and Communications in Medicine）格式的图像文件。
Fonts...	管理ImageJ使用的字体设置。
Input/Output...	控制输入输出操作，例如打开、保存或打印图像。
Line Width...	设置线条宽度，影响在图像上绘制线条时的粗细。
Memory & Threads...	调整ImageJ内存使用和多线程设置。
Misc...	包含各种其他设置和选项。
Plots...	生成图像数据的图表或图形表示。
Point Tool...	设置点工具的属性，如点的形状和颜色。
Proxy Settings...	配置代理服务器设置以访问网络资源。
Roi Defaults...	管理区域感兴趣（ROI）的默认设置。
Rounded Rect Tool...	设置圆角矩形工具的属性。
Startup...	设置启动时的首选项和行为。
Wand Tool...	设置魔棒工具的属性，该工具自动选择与点击像素具有相似颜色的区域。
Fresh Start	关闭当前会话并重新启动ImageJ，清除所有已打开的图像和设置。
Reset...	恢复ImageJ到其初始状态，清除所有自定义设置。

开始使用

打开图片

打开图片有三种方法：

• 菜单栏File -> Open选择要打开的图片文件
• 菜单栏File -> Import -> URL...输入图片文件的URL地址
• 将图片拖拽到软件主界面，即可打开图片

放大拖拽

使用工具加鼠标执行放大拖拽操作：

• 选择 放大镜 工具，左键放大，右键缩小
• 选择 拖手 工具，按住左键拖拽图片

使用快捷键加鼠标执行放大拖拽操作：

• 按住Ctrl键，滑动滚轮放大缩小图片
• 按住空格键，按住左键拖拽图片

注：放大操作单次放大100%，最高可放大3200%，双击放大镜工具可快速恢复原状。

图片信息

通过File -> Open Samples打开示例图片Leaf，然后使用Image -> Show Info查看图片信息想，信息如下：

ImageJ 1.54g; Java 1.8.0_345 [64-bit]; Windows 10 10.0; 71MB of 24300MB (<1%)

Title: leaf.jpg
Width:  507 pixels
Height:  446 pixels
Size:  883K
Pixel size: 1x1 pixel^2
ID: -4
Bits per pixel: 32 (RGB)
No threshold
ScaleToFit: false
Uncalibrated
URL: http://imagej.net/images/leaf.jpg
Screen location: 849,259 (1536x864)
No properties-

--
No overlay

Rectangle Selection
  X: 103
  Y: 128
  Width: 397
  Height: 314

上面的图片信息很详细，这里就不在赘述了。另外，还可以通过Analyze->Histogram查看图像的直方图信息。

色彩分析

ImageJ的色彩分析可以通过Image -> Type将图片转换后分析不同的颜色通道，常见的颜色通道如下：

• 8-bit：8位灰度图像，其中每个像素值范围从0到255。
• 16-bit：16位灰度图像，其中每个像素值范围从0到65,535。
• 32-bit：32位灰度图像，其中每个像素值范围从0到4,294,967,295。
• 8-bit Color：使用调色板索引颜色的8位彩色图像。
• RGB Stack：RGB堆栈，其中每个通道（红色、绿色和蓝色）都有一个单独的图像层。
• HSB Stack：HSB（色调、饱和度、亮度）堆栈，其中每个通道有一个单独的图像层。
• Lab Stack：Lab颜色空间的堆栈，其中包含L（亮度）、a（红-绿轴）和b（蓝-黄轴）通道。

以leaf.jpg为例，分别查看一下它的灰度图、RGB堆栈、HSB堆栈、Lab堆栈。

原图和8位灰度图像：

RGB 和 HSB 堆栈：

Lab 堆栈：

保存图片

使用File -> Save As保存图片，保存的图片格式有很多，这里只列出常用的几种：

• TIFF (Tagged Image File Format): TIFF 是一种灵活的无损存储格式，能够存储单个图像或多页图像（图像栈），支持多种色彩模式和压缩选项，对于科学用途非常理想。
• PNG (Portable Network Graphics): PNG 是一种流行的无损压缩格式，适合在网络上展示高质量的图像，同时它也支持透明度设置。
• JPEG (Joint Photographic Experts Group): JPEG 是一种有损压缩格式，通常用于照片和其他色彩丰富的图像，它能够有效减小文件体积但会牺牲部分图像质量。
• BMP (Bitmap): BMP 是一种简单的位图格式，它不进行压缩，因此文件较大，但所有数据都完整保留。

推荐使用是TIFF格式保存图片，可以存储标定的比例尺和画的线条、文字。不要使用JPEG格式，因为JPEG格式每次保存都会损失图像质量。

• 无损格式（如TIFF, PNG）在保存后不会损失原始图像质量，适合后续分析或出版。
• 有损格式（如JPEG）在压缩时会造成细节丢失，但有助于减小文件尺寸，适合网络发布或存储空间有限的情况。
• 专业领域专用格式（如DICOM, FITS）包含了特定领域的附加信息，方便相关领域的数据管理和分析。

总结

本文介绍了ImageJ软件的基本使用方法，包括如何打开、保存图片，如何放大、缩小、拖拽图片，如何查看图片信息，如何分析图片色彩，如何保存图片（推荐使用TIFF格式）。

参考文章

• 科研人必备神器：ImageJ软件
• 科研论文作图之ImageJ