求Read Depth

如何划窗统计测序数据的reads数（depth）：https://blog.csdn.net/shenshenwu666/article/details/80936374

方法1，用samtools depth。但是这个方法仅仅局限于对单个位点进行depth进行统计

samtools depth -b bed_file sample.bam > sample.depth

bed 用来指定统计区间，运行后输出指定区间每一个碱基的测序深度（由于涉及所有碱基，因此文件很大）

方法2，用samtools bedcov方法。

samtools bedcov bed_file samplename.bam > sample.bedcov

输出的文件中计算了bed文件每一个区间的碱基总数，这里并不是reads的条数

方法3，bedtools软件。。需要使用滑动窗口来对区间进行统计，这样可以观察在整条染色体上测序深度的变化趋势：

1）. bedtools makewindows -g genome.txt -w 10000000 -s 1000000 > windows.bed

#bedtools makewindows用来自动生成划窗区间。-g genome.txt是要划分的基因组，格式为两列：染色体、染色体长度；-w 10000000为窗口大小为10M；-s 1000000为步长为1M，即窗口在染色体上每次向右平移1M的距离；windows.bed为输出文件，格式为三列：染色体、区间开始位点、区间结束位点。

2）. bedtools coverage -a windows.bed -b xxx.sort.bam > xxx.depth.txt

#bedtools coverage对划分好的每个滑动窗口进行reads数（depth)的统计。-a windows为上一步划分好的区间；-b xxx.sort.bam为测序数据mapping到参考基因组的比对文件；xxx.depth.txt为统计结果的输出文件，格式为7列：染色体、区间起始位点、区间结束位点、该区间内的reads数、该区间内的碱基数、区间大小、该区间的平均覆盖度。

#关于xxx.sort.bam文件的几点说明：

1. 一般将测序数据mapping到参考基因组之后的输出文件为sam文件格式，需要先用samtools view -bS xxx.sam > xxx.bam转换为bam格式

2.xxx.bam还需要进行排序和建立索引才能用于后续的统计：

samtools sort xxx.bam xxx.sort   ##输出结果为xxx.sort.bam

samtools index xxx.sort.bam      ##输出结果为xxx.sort.bam.bai
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作者：wu伸伸
来源：CSDN
原文：https://blog.csdn.net/shenshenwu666/article/details/80936374

方法4，https://www.jianshu.com/p/82ed6e27f571

方法5， GATK软件

java -Xmx30g -XX:ParallelGCThreads=6 -jar /opt/GenomeAnalysisTK.jar -T DepthOfCoverage -R /path/genome.fna -I /path/sample.bam -o /path/sample.DepthOfCoverage -nt 10 -ct 5 -ct 1 -ct 10 -ct 30 -ct 50 --omitDepthOutputAtEachBase --omitIntervalStatistics --omitLocusTable

使用DepthOfCoverage模块统计测序深度和覆盖度。与samtools depth 一样，统计每个碱基的测序深度。 -ct指定统计测序深度的阈值，如 -ct 1 统计测序深度为1 的碱基占比。

https://mp.weixin.qq.com/s/7KiXyvKgQ35wHfEiDLvLyQ

GCdepth散点图绘制：

https://blog.csdn.net/huangliangbo0805/article/details/51165943?utm_source=blogxgwz2

滑窗口统计基因组GC含量的分布：

https://blog.csdn.net/hugolee123/article/details/38441927?utm_source=blogxgwz1