knitr包只能够将R markdown文件转为html格式，若想要将其转化为pdf格式，还要安装另一个包

# Install and load package

install.packages("rmarkdown")

library("rmarkdown")

# Convert

render("../Your_MD_File.md", output_format="pdf_document")

Reference

http://stackoverflow.com/questions/11025123/how-to-convert-r-markdown-to-pdf

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