Blastn是将给定的核酸序列与核酸数据库中的序列进行比较；

Blastp是使用蛋白质序列与蛋白质数据库中的序列进行比较，可以寻找较远的关系；

Blastx将给定的核酸序列按照六种阅读框架将其翻译成蛋白质与蛋白质数据库中的序列进行比对，对分析新序列和EST很有用；

Tblastn将给定的氨基酸序列与核酸数据库中的序列（双链）按不同的阅读框进行比对，对于寻找数据库中序列没有标注的新编码区很有用

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