利用bcftools软件将vcf格式生成gz格式和index格式,需要用到“-Oz”和“index”命令,具体如下:

/bcftools-1.8/bin/bcftools view ExAC.vcf -Oz -o ExAC.vcf.gz
/bcftools-1.8/bin/bcftools index ExAC.vcf.gz

bcftools将vcf生成bgzip和index格式的更多相关文章

  1. Android使用DOM生成和输出XML格式数据

    Android使用DOM生成和输出XML格式数据 本文主要简单解说怎样使用DOM生成和输出XML数据. 1. 生成和输出XML数据 代码及凝视例如以下: try { DocumentBuilderFa ...

  2. 根据日志来源的不同生成不同的index索引

    使用filebeat收集系统日志,不同应用的日志,然后把这些日志传输给Logstash,再然后交由elasticsearch处理,那么如何区分不同的日志来源呢? filebeat.yml配置文件中不启 ...

  3. [shiro学习笔记]第四节 使用源代码生成Shiro的CHM格式的API文档

    版本为1.2.3的shiro API chm个事故文档生成. 获取shiro源代码 编译生成API文档 转换成chm格式 API 获取shiro源代码 shiro官网: http://shiro.ap ...

  4. [shiro学习笔记]第四节 使用源码生成Shiro的CHM格式的API文档

    版本号为1.2.3的shiro API chm个事故文档生成. 获取shiro源码 编译生成API文档 转换成chm格式 API 获取shiro源码 shiro官网: http://shiro.apa ...

  5. bcftools 提取vcf(snp/indel)文件子集

    做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools ...

  6. ExtJs动态生成treepanel的Json格式

    在节点中加上"checked"属性,会自动生成checkbox. 获取选中节点 var nodeArray = ""; var nodesObj = mytre ...

  7. mysql格式化整数类型时间生成年月日时分秒格式(long或string接收)

    数据库格式: 数据库mysql语句: FROM_UNIXTIME( s.timemodified, '%Y-%m-%d %h:%i:%s' ) 生成结果: 测试sql为: SELECT *, FROM ...

  8. bcftools合并vcf文件

    见命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 参考链接:http://vcftools.sourceforge.ne ...

  9. PHP生成和获取XML格式数据

    在做数据接口时,我们通常要获取第三方数据接口或者给第三方提供数据接口,而这些数据格式通常是以XML或者JSON格式传输,本文将介绍如何使用PHP生成XML格式数据供第三方调用以及如何获取第三方提供的X ...

随机推荐

  1. Linux基础学习(14)--日志管理

    第十四章——日志管理 一.日志管理简介 1.日志服务: 2.常见日志的作用: 二. rsyslogd日志服务 1.日志文件格式: 2./etc/rsyslog.conf配置文件: 三.日志轮替 1.日 ...

  2. 利用Python制作简单的小程序:IP查看器

    前言 说实话,查看电脑的IP,也挺无聊的,但是够简单,所以就从这里开始吧.IP地址在操作系统里就可以直接查看.但是除了IP地址,我们也想通过IP获取地理地址和网络运营商情况.IP地址和地理地址并没有固 ...

  3. python设计模式第二十三天【状态模式】

    1.应用场景 (1)通过改变对象的内部状态从而改变对象的行为,一般表现为状态的顺序执行 2.代码实现 #!/usr/bin/env python #!_*_ coding:UTF-8 _*_ from ...

  4. C# json解析

    json格式数 [{ , , , "ItemCode": "UBAC11211OF-A54", "basicName_bg": " ...

  5. gevent监测单线程下的io进行切换

    from gevent import monkey;monkey.patch_all() import gevent import time def eat(name): print('%s eat ...

  6. cuda编程-卷积优化

    CUDA Convolution https://www.evl.uic.edu/sjames/cs525/final.html Improve Image Processing Using GPU ...

  7. kubernetes 简单service的例子

    首先建一个Deployment: apiVersion: apps/v1beta1 kind: Deployment metadata: name: httpd spec: replicas: 3 t ...

  8. python 脚本之 IP地址探测

    #第一种方法#!/usr/bin/env python #_*_ coding:utf8 _*_ #### 该脚本需要使用fping命令 如果没有安装需要提前安装fping #### yum inst ...

  9. Educational Codeforces Round 62 (Rated for Div. 2)

    A. Detective Book 题意:一个人读书  给出每一章埋的坑在第几页可以填完 . 一个人一天如果不填完坑他就会一直看 问几天能把这本书看完 思路:模拟一下 取一下过程中最大的坑的页数  如 ...

  10. reactNative 基础

    参考:中文网,极客 一 . 基本程序: import React, { Component } from 'react'; import { Text } from 'react-native'; e ...