利用bcftools软件将vcf格式生成gz格式和index格式，需要用到“-Oz”和“index”命令，具体如下：

/bcftools-1.8/bin/bcftools view ExAC.vcf -Oz -o ExAC.vcf.gz

/bcftools-1.8/bin/bcftools index ExAC.vcf.gz

bcftools将vcf生成bgzip和index格式的更多相关文章

  1. Android使用DOM生成和输出XML格式数据

    Android使用DOM生成和输出XML格式数据 本文主要简单解说怎样使用DOM生成和输出XML数据. 1. 生成和输出XML数据 代码及凝视例如以下: try { DocumentBuilderFa ...

  2. 根据日志来源的不同生成不同的index索引

    使用filebeat收集系统日志,不同应用的日志,然后把这些日志传输给Logstash,再然后交由elasticsearch处理,那么如何区分不同的日志来源呢? filebeat.yml配置文件中不启 ...

  3. [shiro学习笔记]第四节 使用源代码生成Shiro的CHM格式的API文档

    版本为1.2.3的shiro API chm个事故文档生成. 获取shiro源代码 编译生成API文档 转换成chm格式 API 获取shiro源代码 shiro官网: http://shiro.ap ...

  4. [shiro学习笔记]第四节 使用源码生成Shiro的CHM格式的API文档

    版本号为1.2.3的shiro API chm个事故文档生成. 获取shiro源码 编译生成API文档 转换成chm格式 API 获取shiro源码 shiro官网: http://shiro.apa ...

  5. bcftools 提取vcf（snp/indel）文件子集

    做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools ...

  6. ExtJs动态生成treepanel的Json格式

    在节点中加上"checked"属性,会自动生成checkbox. 获取选中节点 var nodeArray = ""; var nodesObj = mytre ...

  7. mysql格式化整数类型时间生成年月日时分秒格式(long或string接收)

    数据库格式: 数据库mysql语句: FROM_UNIXTIME( s.timemodified, '%Y-%m-%d %h:%i:%s' ) 生成结果: 测试sql为: SELECT *, FROM ...

  8. bcftools合并vcf文件

    见命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 参考链接:http://vcftools.sourceforge.ne ...

  9. PHP生成和获取XML格式数据

    在做数据接口时,我们通常要获取第三方数据接口或者给第三方提供数据接口,而这些数据格式通常是以XML或者JSON格式传输,本文将介绍如何使用PHP生成XML格式数据供第三方调用以及如何获取第三方提供的X ...

随机推荐

  1. CDH 6.0.1 集群搭建 「Before install」

    从这一篇文章开始会有三篇文章依次介绍集群搭建 「Before install」 「Process」 「After install」 继上一篇使用 docker 部署单机 CDH 的文章,当我们使用 d ...

  2. linux ps命令用法

    -A    列出所有的进程-w    显示加宽可以显示较多的资讯-au    显示较详细的资讯-aux    显示所有包含其他使用者的行程 -A 显示所有进程(等价于-e)(utility)-a 显示 ...

  3. 莫烦keras学习自修第二天【backend配置】

    keras的backend包括tensorflow和theano,tensorflow只能在macos和linux上运行,theano可以在windows,macos及linux上运行 1. 使用配置 ...

  4. Python2基础

    1.python 3.python函数 python的函数定义: 以def关键字定义一个函数: 参数放在小括号里面: 必须有return语句: 关键字参数: 即调用函数时传参顺序可以人为指定 默认参数 ...

  5. Memcached cas 陷阱

    本地使用的 php7环境,测试好上传到服务器后发现memcached get 报错,服务器上是php5环境: 出错代码如下: $memConnect->get($key,null, Memcac ...

  6. 不幸，我的Ryzen 7 1700X中招了，也有segfault

    在历经了I7-5775C,I7-5820K之后,决定尝鲜用一下为AMD漂亮翻身的Ryzen 7,海淘了一颗Ryzen 7 1700X 最近听说在极重负载的情况下,CPU会出错,于是从网上找来Kill- ...

  7. java 运行 .jar 文件乱码

    http://yang3wei.github.io/blog/2013/02/10/java-dfile-dot-encoding-equals-utf-8-gan-diao-luan-ma/ 启动时 ...

  8. Coalesce (MS SQL Server)——取指定内容（列）中第一个不为空的值

    oalesce 获得参数中第一个不为空的表达式. 语法:        COALESCE ( expression [ ,...n ] ) 例子:CREATE TABLE wages          ...

  9. const函数

    1. const修饰成员函数:表示不可以修改成员变量 class test{ public: test(){ i_ = ; } int Get() const{ //i_ = 0; //error:不 ...

  10. 查询的model里面 一般都要有一个要返回的model做属性 ；查询前要传入得参数，查询后返回的参数 都要集合在一个model中

    查询的model里面 一般都要有一个要返回的model做属性