学习lammps 对in文件的一个概述性心得（转载）

转载自：http://muchong.com/html/201411/8149677.html

写在开头：
1.尽量列举了大部分（几乎）的命令
2.带星号命令非常重要，大家在看mannual中命令的解释的时候可以重点先看带星号的
3.非斜命令是运行一个 常用  模拟所必备的
4.命令顺序为一个基本的脚本文件命令顺序，骨架如此
5.我主要是做金属的，所以其他方向的希望有一个借鉴作用，大同小异
6.对于初学者切不可认为in文件就是这个固定顺序，其实正常模拟过程中做平衡、以及随后的运行在某些阶段都会重复使用某一段命令，比如fix 1 …run；fix 2 …run ………，以及作循环，等等等
7.本文的目的旨在让初学者对in文件有一个总体的把握，希望对新手入门有帮助
8.括号里为这个命令的默认值，我列举的是在使用过程中比较关心的默认值
9.纯属个人学习心得，希望大家多多指点讨论
10.复制的时候希望能留下足迹，如果觉得哪里有问题，随时回来讨论！方便其他人学习！
11.对in文件通俗点的理解就像洗衣服，洗衣机就是lammps的主程序，这个in文件就是在设定怎么洗衣服

----------------------------------Initialization基本模拟系统设置-------------------------
units  (lj) **  单位系统
boundary  (ppp) **  边界条件
atom_style  (atomic) **  粒子类型

atom_modify * 粒子类型调整，，，凡是后面带一个modify的，都是对头命令的补充修改
newton  (on)
processors
dimension  (3) * 维数

------------------------------Atom definition---这一组命令主要用来构建模拟模型的---------------
lattice ** 晶格参数
region **  选择一个区域
create_box **  创建一个盒子
create_atoms ** 创建原子
group, **  给原子分组
delete_atoms,**  删除某些原子

delete_bonds, 
displace_atoms,* 移动某些原子
replicate* 将已经构建的模型在三维重复复制放大
read_data***这个命令就是用来读取其他软件建的模型的
read_restart* 以之前运行的结果作为这次计算的初始构型

---------------------------------------Potencial---定义粒子相互作用势------------------------------
pair_style** 势函数类型
pair_coeff,** 势函数文件名（一般这个文件放在与此in文件的同一个目录下）

pair_modify**
此后的13命令对做高分子及无机非的模拟的需要额外关注
pair_write
bond_style
bond_coeff,
angle_style
angle_coeff, 
dihedral_style
dihedral_coeff, 
improper_style
improper_coeff, 
kspace_style, 
kspace_modify
dielectric, 
special_bonds
----------------------------------------Seting---------------------------------------------
neighbor, **  截断半径相关的设置
neigh_modify, **
timestep,** 模拟的步长
compute, *** ！定义计算，一般我们需要的输出数据就需要这个命令来定义
uncompute *  取消某个compute设置
variable**这个命令可以多次使用，定义一个变量

reset_timestep, ** 步长计数器清零，有多个run命令的需注意这个
run_style, 配套run的，不一定需要
compute_modify *配套compute的
---------------------------------------- Minimize-------------------------------------------
结构优化，注意和热力学平衡区分开来
minimize,**
min_style, **
min_modify **

---------------------------------------------Fix-------------------------------------------
fix***  这个命令相当重要 多的不说，看手册
unfix  取消某个fix设置

fix_modify, 
------------------------------------------Output------------------------------------------
dump, ** 输出数据，输出的为单个原子的信息，可视化就用它
undump,* 取消某个dump设置
thermo, ** 输出全局数据，比如温度，压强，长度，总能量等
thermo_style,* 配套thermo的
thermo_modify,*
（后面的都是输出一些数据类型，我一般没怎么用，具体需要的可以单独自己了解）
dump image, 
dump_modify, 
dump movie, 
restart, *输出restart文件，对应前面read-restart，data文件只有原子坐标，restart含有部分计算信息
write_data, *将当前模型输出为一个data文件，对应之前的read-data，
write_dump, 
write_restart*
------------------------------------------Run a simulation---------------------------------------- 
run,  ***这个命令出现之后，模拟才开始进行计算，前面的都是在设置计算过程

change_box, *
neb prd, 
rerun, 
temper
-------------------------------------------Others--------------------------------------------
这些命令主要可以实现循环以及逻辑判断，通过他们，可以向更复杂的模拟过程前进
clear,*
log, *
echo, 
if, *
include, 
jump, *
label, *
next, *
print, *
shell,