Purpose:

  主要说目的,relax的作用就是对一个给定的蛋白进行构象搜索,寻找与WT相似并能量低于WT的结构,既包含packer又包含minimizer。主要的应用在对一个结构构象进行取样,获得一个构象assembly,同时还能应用于相似结构的比较,结构优化等,它主要能对空间结构中的clash进行释放,使整个结构的能量更优。

Demos:

  关于relax的教程及相关文件可见 <path_to_Rosetta_directory>/demos/tutorials/Relax_Tutorial ,主要讲述了一些对结构进行优化的参数,方法等。

Run:

  1. relax最简单的运行方式为 relax.linuxgccrelease -s 1ubq.pdb -out:suffix _crystal @crystal_score_flags ,其中crystal_score_flags为空文件,这一步命令的主要作用是产生score_crystal.sc文件并让大家熟悉relax最简单的运行方式,注意score中的total_score。

  2. 然后,运行 relax.linuxgccrelease -s 1ubq.pdb -out:suffix _relaxed @general_relax_flags ,general_relax_flags的详细参数如下:

-nstruct 2
-relax:default_repeats 5
-out:path:pdb ./tutorial_output
-out:path:score ./expected_output

  其中第一行的参数表示rosetta将进行两次独立的relax进程并产生两个relax后的结构( -nstruct  ),每个独立的进程进行5此循环侧链repack和minimization( -relax:default_repeats  ), -out:path:xx 参数控制结果输出路径,pdb文件输出到./tutorial_output路径中( -out:path:pdb ./tutorial_output ),score文件输出到./expect_output文件中( -out:path:score ./expected_output )。

  比较1和2的结果,你会发现score文件中total_score有显著的差别,因为1中参数规定根据晶体能量函数对结构进行优化,2中根据其内部评分函数对结构进行优化,并将蛋白质优化到一个local minimum。

  参数 -relax:default_repeats N  规定可以对结构循环几次,由1到10,但是经过尝试发现,随着N值增加,优化的效果会逐渐递减,N=5作为默认值,即可达到一个速度时间与效果的最优值,所以N值可以不变,N=5不变的话,这个选项也可以忽略。

Modifying the scope of Relax

Restricting the conformations that Relax can sample

使用下面的参数可以为relax提供一个movemap文件,

 -in:file:movemap

执行下面命令:

$>../../../main/source/bin/relax.default.linuxclangrelease -s 1ubq.pdb -out:suffix _lever_arm -in:file:movemap lever_arm_movemap @general_relax_flags

下面参数可以分别控制蛋白侧链,主链和domain间的move,

 -relax:chi_move false
-relax:bb_move false
-relax:jump_move false

使用下面的命令可以对上述三项参数进行测试:

$>../../../main/source/bin/relax.default.linuxclangrelease -s 1ubq.pdb -relax:chi_move false -out:suffix _no_sidechain_motion @general_relax_flags
$>../../../main/source/bin/relax.default.linuxclangrelease -s 1ubq.pdb -relax:bb_move false -out:suffix _no_sidechain_motion @general_relax_flags 
$>../../../main/source/bin/relax.default.linuxclangrelease -s 1ubq.pdb -relax:jump_move false -out:suffix _no_sidechain_motion @general_relax_flags

rosetta还允许使用下面三个选项对relax进行控制,以避免蛋白出现较大不友好的构象变化,

-relax:constrain_relax_to_start_coords
-relax:coord_constrain_sidechains
-relax:constrain_relax_to_native_coords -in:file:native <filename.pdb>
-relax:coord_cst_width <width>

第一个选项会控制relax生成与程序输入pdb( -s 1ubq.pdb )相差不大的构象,第二个参数生成与提供的 <filename.pdb> 构象相差不大的结果,第三个参数直接通过控制width距离的方法,对relax进行影响。

$>../../../main/source/bin/relax.default.linuxclangrelease -s 1ubq.pdb -out:suffix _constrained_relax -relax:constrain_relax_to_start_coords @general_relax_flags  
$>../../../main/source/bin/relax.default.linuxclangrelease -s 1ubq.pdb -out:suffix _constrained_relax -relax:constrain_relax_to_native_coords -in:file:native <filename.pdb> @general_relax_flags
$>../../../main/source/bin/relax.default.linuxclangrelease -s 1ubq.pdb -out:suffix _constrained_relax -relax:coord_cst_width    <width> @general_relax_flags

Changing the behavior of constraints

下面的参数可以解除relax过程中,伴随着程序运行时间变长,限制的权重逐渐降低的现象,简而言之,使用了此选项后,整个程序运行过程中,relax的过程将被绝对限制。

 -relax:ramp_constraints false

运行下面的命令,可以证明上述参数的作用:

$> ../../../main/source/bin/relax.default.linuxclangrelease -s 1ubq.pdb -out:suffix _relaxed_with_resfile -relax:respect_resfile -packing:resfile 1ubq.resfile @general_relax_flags

Restricting the sequence it can sample

通常情况下,relax不会改变需要relax的序列范围,但是我们可以通过使用resfile,来控制relax的序列范围,当然这个选项只能控制repack,不能控制minimization,这个与enzymedesign过程中的resfile方法类似,

 -relax:respect_resfile -packing:resfile *resfile*

允许下面的命令证明如何限制sequence:

$> ../../../main/source/bin/relax.default.linuxclangrelease -s 1ubq.pdb -out:suffix _relaxed_with_resfile -relax:respect_resfile -packing:resfile 1ubq.resfile @general_relax_flags

Conclusion

通常在不考虑 -ignore_unrecognized_res 和 -ignore_zero_occupancy false 的情况下,我们只需下面的options,即可完成relax,有时pdb中存在底物时,就需要用-extra_res_fa ligand.params文件作为输入了,general_relax_flags:

 -s xxx.pdb
-nstruct 2 # big nstruct recommended
-relax:default_repeats
-out:suffix _relaxed
-out:path:pdb <path for pdb>
-out:path:score <path for score file>

然后可以根据需求,添加以下参数:

-relax:constrain_relax_to_start_coords
-relax:coord_constrain_sidechains
-ex1
-ex2
-use_input_sc
-flip_HNQ
-no_optH false

命令为:

relax.linuxgccrelease @general_relax_flags

ROSETTA使用技巧随笔--relax使用的更多相关文章

  1. ROSETTA使用技巧随笔--蛋白蛋白对接

    先写简略版,以后再详细写. 1. 对输入结构进行预处理(refine) $> relax.default.linuxgccrelease -in:file:s input_files/from_ ...

  2. ROSETTA使用技巧随笔--PyMOL实时观测ROSETTA模拟过程中的结构变化

    没有梦想的人,就是一只咸鱼,像我,就有一个梦想,就是让蛋白模拟过程变成动画,动起来! 虽然MD中有很多方法可以方模拟过程像动画一样播放出来,但是我一直想在ROSETTA中也找一个这样的功能,这不,我发 ...

  3. ROSETTA使用技巧随笔--控制Log输出等级

    一般运行ROSETTA,屏幕上的Log很多,而且很复杂,让我们看着眼晕,现在我们可以通过控制Log等级来控制屏幕上输出的东西.  Integer Level 0 Fatal 100 Error 200 ...

  4. ROSETTA使用技巧随笔--Full Atom Representation和Centroid Representation

    Full Atom Representation vs Centroid Representation Full Atom Representation即全原子标识,氨基酸残基的所有相关原子,均原封不 ...

  5. ROSETTA使用技巧随笔--RosettaLigand Docking

    时间不充分,简单记录下自己实践过程中的做法: 1. 首先,非标准残基都需要转换成.params文件,使用 <path-to-Rosetta>/main/source/scripts/pyt ...

  6. ROSETTA使用技巧随笔--score.sc处理

    对score.sc的便利操作: $ sort -n -k2 example_score_file.sc 此命令会以score文件的第二列进行排序(sort -n -k2,-n表示对数值型数据排序,可用 ...

  7. RF常用技巧随笔

    合并xml输出文件: pybot --outputdir d:\test --log log1.html --report report1.html --output output1.xml -T d ...

  8. angular小技巧随笔

    1. 重新刷新页面 同页面切换状态: $state.go('tab.index', {inviteId:inviteId}); self.location.reload();

  9. JavaScript小技巧随笔

    1. 在用||做条件判断时,如果情况较多,我们可以考虑是否能够用Array.includes()方法代替 var conditionArray = [ test1, test2, test3 ]; i ...

随机推荐

  1. 熟悉ROS系统中的话题

    描述:这篇教程主要讲解ROS系统中的话题及rostopic和rqt_plot等命令工具: 1. Setup安装1.1 roscore 首先确保roscore已经启动运行,打开一个新的命令终端,输入如下 ...

  2. 《开源网店系统iWebShop2.0模板开发教程》的说明

    <开源网店系统iWebShop2.0模板开发教程>是网上广为流传的一个文档,有点问题. 其中的第4章: ========================================== ...

  3. [No0000B8]WPF或Winform调用系统Console控制台显示信息

    using System; using System.Collections.Generic; using System.Diagnostics; using System.IO; using Sys ...

  4. 加载properties文件的三种方法

    源代码: package a.one; import java.io.FileInputStream; import java.io.InputStream; import java.util.Pro ...

  5. 查找->静态查找表->分块查找(索引顺序表)

    文字描述 分块查找又称为索引顺序查找,是顺序查找的一种改进方法.在此查找算法中,除表本身外, 还需要建立一个”索引表”.索引表中包括两项内容:关键字项(其值为该字表内的最大关键字)和指针项(指示该子表 ...

  6. (转载)centos7启用端口

    转载:原文地址:https://www.cnblogs.com/moxiaoan/p/5683743.html   1.firewalld的基本使用 启动: systemctl start firew ...

  7. 根据Request获取客户端IP

    转自: http://www.cnblogs.com/icerainsoft/p/3584532.html http://www.cnblogs.com/bingya/articles/3134227 ...

  8. 牛客Wannafly9E 组一组 差分约束

    正解:差分约束 解题报告: 传送门! 首先肯定要想到把他们分开来考虑,就是说,把数二进制拆分掉,这样就可以分开考虑了嘛 然后考虑设f[i]:前i个数中的1的个数 然后就可以得到一堆差分约束的式子 然后 ...

  9. zabbix监控托管主机遇到问题

    昨天监控公司的托管主机时发现监控不上,回想起来其实就是个小问题,分分钟能解决的事,排错的过程才是真正耗心费神的. 监控环境: A zabbix server: 192.168.17.110 serve ...

  10. 使用监听器解决路径问题,例如在jsp页面引入js,css的web应用路径

    使用监听器解决路径问题,例如在jsp页面引入js,css的web应用路径 经常地,我们要在jsp等页面引入像js,css这样的文件,但是在服务器来访问的时候,这时间就有关到相对路径与绝对路径了.像网页 ...