本文首发于“生信补给站”公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/zdSit97SOEpbnR18ARzixw

更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号。

ggstatsplotggplot2包的扩展包,可以同时输出美观的图片和统计分析结果,对于经常做统计分析或者生信人来说非常有用。

一 准备数据

gapminder 数据集包含1952到2007年间(5年间隔)的142个国家的life expectancy, GDP per capita, 和 population信息

#载入绘图R包
library(ggstatsplot)
#载入gapminder 数据集

library(gapminder)
head(gapminder)

ggstatsplot-R包含有很多绘图函数(文末会给出),本文仅展示ggbetweenstats函数使用方法。

二 ggbetweenstats 绘图

1 基本绘图展示

显示2007年每个continent的预期寿命分布情况,并统计一下不同大陆之间平均预期寿命的是否有差异?差异是否显著?

#设置种子方便复现
set.seed(123)
# Oceania数据太少,去掉后分析
ggstatsplot::ggbetweenstats(
 data = dplyr::filter(
   .data = gapminder::gapminder,
   year == 2007, continent != "Oceania"
),
 x = continent,
 y = lifeExp,
 nboot = 10,
 messages = FALSE
)

可以看到图中展示出了2007年每个continent的预期寿命分布的箱线图,点图和小提琴图,均值,样本数;并且图形最上方给出了模型的一些统计量信息(整体)。

统计信息意义如下图所示:

注:该函数根据分组变量中的个数自动决定是选择独立样本t检验(2组)还是单因素方差分析(3组或更多组)

2 添加统计值

上方给出了整体的检验P值,下面两两之间比较,并添加检验统计量

set.seed(123)
ggstatsplot::ggbetweenstats(
 data = dplyr::filter(
   .data = gapminder::gapminder,year == 2007, continent != "Oceania"),
 x = continent,y = lifeExp,
 nboot = 10,
 messages = FALSE,
 effsize.type = "unbiased", # type of effect size (unbiased = omega)
 partial = FALSE, # partial omega or omega?
 pairwise.comparisons = TRUE, # display results from pairwise comparisons
 pairwise.display = "significant", # display only significant pairwise comparisons
 pairwise.annotation = "p.value", # annotate the pairwise comparisons using p-values
 p.adjust.method = "fdr", # adjust p-values for multiple tests using this method
)

3 图形美化

#添加标题和说明,x轴和y轴标签,标记,离群值,更改主题以及调色板。

set.seed(123)
# plot
gapminder %>% # dataframe to use
 ggstatsplot::ggbetweenstats(
   data = dplyr::filter(.data = ., year == 2007, continent != "Oceania"),
   x = continent, # grouping/independent variable
   y = lifeExp, # dependent variables
   xlab = "Continent", # label for the x-axis
   ylab = "Life expectancy", # label for the y-axis
   plot.type = "boxviolin", # type of plot ,"box", "violin", or "boxviolin"
   type = "parametric", # type of statistical test , p (parametric), np ( nonparametric), r(robust), bf (Bayes Factor).
   effsize.type = "biased", # type of effect size
   nboot = 10, # number of bootstrap samples used
   bf.message = TRUE, # display bayes factor in favor of null hypothesis
   outlier.tagging = TRUE, # whether outliers should be flagged
   outlier.coef = 1.5, # coefficient for Tukey's rule
   outlier.label = country, # label to attach to outlier values
   outlier.label.color = "red", # outlier point label color
   mean.plotting = TRUE, # whether the mean is to be displayed
   mean.color = "darkblue", # color for mean
   messages = FALSE, # turn off messages
   ggtheme = ggplot2::theme_gray(), # a different theme
   package = "yarrr", # package from which color palette is to be taken
   palette = "info2", # choosing a different color palette
   title = "Comparison of life expectancy across continents (Year: 2007)",
   caption = "Source: Gapminder Foundation"
) + # modifying the plot further
 ggplot2::scale_y_continuous(
   limits = c(35, 85),
   breaks = seq(from = 35, to = 85, by = 5)
)

三 其他绘图函数

Function Plot Description
ggbetweenstats violin plots for comparisons between groups/conditions
ggwithinstats violin plots for comparisons within groups/conditions
gghistostats histograms for distribution about numeric variable
ggdotplotstats dot plots/charts for distribution about labeled numeric variable
ggpiestats pie charts for categorical data
ggbarstats bar charts for categorical data
ggscatterstats scatterplots for correlations between two variables
ggcorrmat correlation matrices for correlations between multiple variables
ggcoefstats dot-and-whisker plots for regression models

四 更多请参照官方文档

https://indrajeetpatil.github.io/ggstatsplot/index.html

◆ ◆ ◆ ◆ ◆

R|生存分析(1):生存分析介绍以及绘制KM曲线

Nomogram(诺莫图) | Logistic、Cox生存分析结果可视化

Forest plot(森林图) | Cox生存分析可视化

maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总,分析和可视化

maftools | 从头开始绘制发表级oncoplot(瀑布图)

ggalluvial|炫酷桑基图(Sankey),你也可以秀

ggplot2|详解八大基本绘图要素

ggplot2|ggpubr进行“paper”组图合并

pheatmap|暴雨暂歇,“热图”来袭!!!

ggplot2-plotly|让你的火山图“活”过来

ggplot2| 绘制KEGG气泡图

ggplot2|绘制GO富集柱形图

绘图系列|R-corrplot相关图

绘图系列|R-VennDiagram包绘制韦恩图

R|clusterProfiler-富集分析

【觉得不错,右下角点个“在看”,期待您的转发,谢谢!】

ggstatsplot绘图|统计+可视化,学术科研神器的更多相关文章

  1. Python 数据分析(一) 本实验将学习 pandas 基础,数据加载、存储与文件格式,数据规整化,绘图和可视化的知识

    第1节 pandas 回顾 第2节 读写文本格式的数据 第3节 使用 HTML 和 Web API 第4节 使用数据库 第5节 合并数据集 第6节 重塑和轴向旋转 第7节 数据转换 第8节 字符串操作 ...

  2. python金融与量化分析------Matplotlib(绘图和可视化)

    -----------------------------------------------------------Matplotlib:绘图和可视化------------------------ ...

  3. Python之绘图和可视化

    Python之绘图和可视化 1. 启用matplotlib 最常用的Pylab模式的IPython(IPython --pylab) 2. matplotlib的图像都位于Figure对象中. 可以使 ...

  4. Matplotlib:绘图和可视化

    Matplotlib:绘图和可视化 简介 简单绘制线形图 plot函数 支持图类型 保存图表 一 .简介 Matplotlib是一个强大的Python绘图和数据可视化的工具包.数据可视化也是我们数据分 ...

  5. Python绘图与可视化

    Python有很多可视化工具,本篇只介绍Matplotlib. Matplotlib是一种2D的绘图库,它可以支持硬拷贝和跨系统的交互,它可以在Python脚本.IPython的交互环境下.Web应用 ...

  6. R语言 ETL+统计+可视化

    这篇文章...还是看文章吧 导入QQ群信息,进行ETL,将其规范化 计算哪些QQ发言较多 计算一天中哪些时段发言较多 计算统计内所有天的日发言量 setwd("C:/Users/liyi/D ...

  7. 《利用python进行数据分析》读书笔记--第八章 绘图和可视化

    http://www.cnblogs.com/batteryhp/p/5025772.html python有许多可视化工具,本书主要讲解matplotlib.matplotlib是用于创建出版质量图 ...

  8. JFreeChart与AJAX+JSON+ECharts两种处理方式生成热词统计可视化图表

    本篇的思想:对HDFS获取的数据进行两种不同的可视化图表处理方式.第一种JFreeChar可视化处理生成图片文件查看.第二种AJAX+JSON+ECharts实现可视化图表,并呈现于浏览器上.   对 ...

  9. matlab绘图与可视化

    1.设置图形对象属性值 set(h,'属性名称','属性值') >> subplot(,,); h1=line([ ],[ ]); text(,0.5,'unchange'); subpl ...

随机推荐

  1. 深入理解Three.js中线条Line,LinLoop,LineSegments

    前言 在可视化开发中,无论是2d(canvas)开发还是3d开发,线条的绘制应用都是比较普遍的.比如绘制城市之间的迁徙图,运行轨迹图等.本文主要讲解的是Three.js中三种线条Line,LineLo ...

  2. 微信小程序中的tabBar设置

    我们先来看一份图,这个设置在官方文档中已经写得很清楚了,我只是做一个总结 注:我写注释是为了方便说明,在小程序中的json文件中是不能用注释的 这个tabBar属于全局属性,因此就在全局配置文件app ...

  3. vscode中如何自动保存

    是的,vscode是个不错的编辑器,它的扩展功能能支持很多的语言,然后在实践过程中,我们发现每写好一次就得手动按CTRL+S,未免有点手酸,这时候我们就可以开启我们的自动保存功能,方式也很简单,在 文 ...

  4. 基于Docker搭建大数据集群(五)Mlsql部署

    主要内容 mlsql部署 前提 zookeeper正常使用 spark正常使用 hadoop正常使用 安装包 微云下载 | tar包目录下 mlsql-cluster-2.4_2.11-1.4.0.t ...

  5. Multiple types were found that match the controller named 'Auth'.

    偶然的一个机会,修改了已经开发完毕的一个项目的命名.突然运行发现: { "Message": "An error has occurred.", "E ...

  6. @Transient的用法和格式化页面展示的数据格式

    一.Hibernate中:@Transient用法 用法1:使用@Transient这个注解添加表中不存在字段.将这个注解添加到自定义字段的get方法上 用法2:将该注解添加到定义该字段的头部即可,例 ...

  7. 利用Travis CI+GitHub实现持续集成和自动部署

    前言 如果你手动部署过项目,一定会深感持续集成的必要性,因为手动部署实在又繁琐又耗时,虽然部署流程基本固定,依然容易出错. 如果你很熟悉持续集成,一定会同意这样的观点:"使用它已经成为一种标 ...

  8. UVA12983 The Battle of Chibi

    第一眼能看出来是个dp O($n^3$) 暴力应该很好想 dp[i][j] = $\sum_{k=1}^i [a[k] < a[i]] *dp[k][j-1]$ 发现dp[i][j] 为前面小于 ...

  9. wordpress发送邮件

    首先在wordpress内添加SMTP协议的插件,我这里用的是WP Mail SMTP 配置如下 配置完成之后测试一下,一定要测试能否发邮件

  10. 开发电商平台用PHP语言和JAVA语言有什么区别?哪种语言更好?

    现在很多行业都通过电子商务拓展业务,所以商城系统开发成为很多企业的刚性需求.一般有一点技术基础的客户应该知道目前商城系统开发主流语言有两个,PHP和Java.那么很多客户朋友会纠结是选择哪个语言开发好 ...