已经去除接头(adapter)

java -jar trimmomatic.jar PE -threads 20 -phred33 \

left.fastq.gz right.fastq.gz \

left.Paired.qtrim.fq.gz left.Unpaired.qtrim.fq.gz \

right.Paired.qtrim.fq.gz right.Unpaired.qtrim.fq.gz \

SLIDINGWINDOW:4:5 LEADING:5 TRAILING:5 MINLEN:36

### The current trimming steps are:

- Remove leading low quality or N bases (below quality 5) (LEADING:5)

- Remove trailing low quality or N bases (below quality 5) (TRAILING:5)

- Scan the read with a 4-base wide sliding window, cutting when the average quality per base drops below 5 (SLIDINGWINDOW:4:5)

- Drop reads below the 36 bases long (MINLEN:36) 


cat left.Paired.qtrim.fq.gz left.Unpaired.qtrim.fq.gz > left.PwU.qtrim.fq

cat right.Paired.qtrim.fq.gz right.Unpaired.qtrim.fq.gz > right.PwU.qtrim.fq

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