【环境变量】注释掉conda3，source ~/.bashrc

因为orthofinder是由python2编写的。

conda install orthofinder # 若在上一章之后没有重启的同学请重启后操作。

# 由于是刚开始搭建，这里没有给orthofinder单独一个环境空间，这一套下来，基本的基因分析软件都安装好了。

包括两两比对软件：blast，diamond。# diamond快，且宣称其方法和比对结果并不比blast逊色

包括多重比对软件：mafft，muscle。 # muscle最快，mafft最准，这两个软件在多序列比对中宣称排前二

包括建树软件：fasttree，raxml，iqtree。 # fasttree最快，raxml和iqtree较准

包括聚类软件：mcl。# orthofinder套用的聚类软件

包括其他重要的包和依赖。 # 一般生信分析都会涉及的依赖，很多都在这里了，比几年前友好多了。

如果一遍安不完所有的环境，没关系，再来一次。

如果提示更新conda版本，请按提示操作。

以上，

abyss

从零开始学生信-orthofinder的安装和使用-基因家族分析的更多相关文章

  1. 从零开始学 Java - Windows 下安装 Tomcat

    谁都想分一杯羹 没有一个人是真正的无私到伟大的,我们试着说着做自己,与人为善,世界和平!殊不知,他们的真实目的当你知道后,你会被恶心到直摇头并下意识地迅速跑开,下辈子都不想见到他.不过,他没错,你也没 ...

  2. 从零开始学 Java - Windows 下安装 JDK

    关于未来 "我要死在火星.在我死去的时候能够想着人类能有一个美好的未来--有可持续的能源,同时能够殖民其他的星球来避免人类灭绝的最坏可能." 官网下载 直接打开官网:http:// ...

  3. http_load安装与测试参数分析 - 追求自由自在的编程 - ITeye技术网站

    http_load安装与测试参数分析 - 追求自由自在的编程 - ITeye技术网站 http_load -p 50 -s 120 urls

  4. Wireshark安装使用及报文分析

    先看链接!!! Wireshark使用教程:https://jingyan.baidu.com/article/93f9803fe902f7e0e56f5553.html Wireshark过滤规则筛 ...

  5. 从零开始学 Java - CentOS 下安装 Nginx

    早上下起了暴雨 闹钟还未响起就听到雨滴哗啦啦击打窗户的声音,被吵醒了.起床上班,在楼下的十字路口,暴雨大到完全看不清对面,两个穿着雨衣的交警站在路口中间指挥着过往的车辆,大家都慌慌张张.急急忙忙的打着 ...

  6. 从零开始学 Java - Windows 下安装 Eclipse

    三观是什么鬼 当我们在讨论「三观一致」的时候是在讨论些什么? 我认为这个世界上本没有「三观」这一说法,说的人多了,也就有了「三观」这个词,当我们讨论「三观一致」其实并不是真的在说世界观.价值观.人生观 ...

  7. 从零开始学 Java - CentOS 下安装 Tomcat

    生活以痛吻我,我仍报之以歌 昨天晚上看到那个冯大辉老师的微信公众号,「小道消息」上的一篇文章,<生活以痛吻我,我仍报之以歌>.知乎一篇匿名回答,主题为<冯大辉到底是不是技术大牛,一个 ...

  8. [VSTS] 从零开始 Team Foundation Server 2010 安装配置详细图文教程

    http://www.cnblogs.com/WilsonWu/archive/2011/11/24/2261674.html 近期公司要配TFS用于新项目的管理,公司也将逐步迁移至VSTS平台,前期 ...

  9. Android从零开始——Android开发环境的安装

    Android开发环境的安装 1 IDE Android可以使用开发的IDE有Eclipse 或者 Android Studio.Android Studio还处于v 0.1.x版本,是early a ...

随机推荐

  1. Spring源码之事务(一）— TransactionAutoConfiguration自动配置

    总结: 在ConfigurationClassParser#parse()中会对deferredImportSelectorHandler进行处理(在处理@ComponentScan 自己所写@Com ...

  2. Nacos 多环境配置

    本文探讨Nacos作为配置中心,如何实现不同环境(开发.测试.灰度.正式)的配置管理问题 就像Maven用groupId.artifactId.version三者来定位jar包在仓库中的位置一样,Na ...

  3. Kafka高性能揭秘：sequence IO、PageCache、SendFile的应用详解

    大家都知道Kafka是将数据存储于磁盘的,而磁盘读写性能往往很差,但Kafka官方测试其数据读写速率能达到600M/s,那么为什么Kafka性能会这么高呢? 首先producer往broker发送消息 ...

  4. 如何获取流式应用程序中checkpoint的最新offset

    对于流式应用程序,保证应用7*24小时的稳定运行,是非常必要的.因此对于计算引擎,要求必须能够适应与应用程序逻辑本身无关的问题(比如driver应用失败重启.网络问题.服务器问题.JVM崩溃等),具有 ...

  5. 如何用MathType 7输入连续几个数的和

    在数学的学习中,我们经常需要使用求和符合来求连续几个数的和,那么作为专业的公式编辑器,如何输入连续几个数的求和呢? 具体步骤如下: 步骤一 打开专业的公式编辑软件MathType 7,用鼠标点击上方的 ...

  6. dubbo 多注册中心

    这个我调试了下,多个注册中心在创建代理的时候,每个注册中心对应一个invoker,持有一个RegistryDirectory对应一个zkClinet,并且维护这样一个map: 那些不正确zk在创建代理 ...

  7. 如何测试一个APP

    1.是否支持各种手机系统 2.是否会因为分辨率而出错 3.不同机型能否安装 4.老旧机型 能否通用 5.广告时长 6.测试能否登陆注册 7.卸载时是否会发生意外 8.安装时会不会误认为带病毒 9.用户 ...

  8. MySQL慢查询日志（SLOW LOG）

    慢查询日志可以帮助DBA或开发人员定位可能存在问题的SQL语句,从而进行优化. 如何开启 默认情况下,MySQL是不开启慢查询日志的.可以通过以下命令查看是否开启: mysql> SHOW VA ...

  9. Python中函数是否能使用全局变量？

    Python函数中的变量,既可以使用局部变量(本地名字空间的变量),也可以使用全局变量(全局名字空间的变量),函数在执行查找变量只读时,先在局部变量中查找,找不到再查到全局变量中查找.因此当局部变量和 ...

  10. 第二十二章、 Model/View便利类树型部件QTreeWidget

    老猿Python博文目录 专栏:使用PyQt开发图形界面Python应用 老猿Python博客地址 一.引言 树部件(Tree Widget)是Qt Designer中 Item Widgets(It ...