附录2：CEL文件格式

一、版本3

	描述
version	版本号，设为3
Cols	列数
Rows	行数
TotalX	和Cols一样
TotalY	和Rows一样
OffsetX	无用，设置为0
OffsetY	无用，设置为0
GridCornerUL	左上角的XY坐标
GridCornerUR	右上角的XY坐标
GridCornerLR	右下角的XY坐标
GridCornerLL	左下角的XY坐标
Axis-InvertX	无用，设置为0
Axis-InvertY	无用，设置为0
swapXY	无用，设置为0
DatHeader	DAT文件的头部，包含了cdf型号
Algorithm	用来生成CEL文件的算法
AlgorithmParameters	算法参数
[INTENSITY]
NumberCells	Cell的数目，等于Rows*Cols
CellHeader	X Y MEAN STDV NPIXELS
NA	这部分每一行是一个Cell的数据，包括Cell的X坐标、Y坐标、平均荧光强度值，方差、用了多少像素来计算这个平均值。共NumberCells行
[MASKS]
NumberCells	Masked Cell的数目
CellHeader	X Y
NA	这部分每一行是一个Masked Cell的数据，包括Masked Cell的X坐标、Y坐标
[OUTLIERS]
NumberCells	Outlier Cell的数目
CellHeader	X Y
NA	这部分每一行是一个Outlier Cell的数据，包括Outlier Cell的X坐标、Y坐标

二、版本4

	描述	数据类型	C语言读取方法
Magic number	幻数，设为64	int	fread_int32
Version number	版本号，设为4	int
Number of columns	列数	int
Number of rows	行数	int
Number of cells	Cell的数目，等于行数*列数	int
Header length	头部的长度	int
Header	头部	char，长度是Header length	fread
Algorithm name length	算法名的长度	int	fread_int32
Algorithm name	算法名	char，长度是Algorithm name length	fread_char
Algorithm parameters length	算法参数长度	int	fread_int32
Algorithm parameters	算法参数	char，长度是Algorithm parameters length	fread_char
Cell margin	计算Cell强度的余量	int	fread_int32
Number of outlier cells	Outlier Cell的数目	DWORD	fread_uint32
Number of masked cells	Masked Cell的数目
Number of sub-grids	子网格的数目	int	fread_int32
Cell entries 每个Cell的数据包括intensities、stddev、npixels，共Number of cells个Cell	强度intensities	float	fread_float32
	方差stddev
	像素npixels	short	fread_int16
Masked entries 每个Masked Cell的数据包括X坐标、Y坐标，共Number of masked cells个Masked Cell	X
	Y
Outlier entries 每个Outlier Cell的数据包括X坐标、Y坐标，共Number of outlier cells个Outlier Cell	X
	Y
Sub-grid entries 每个Sub-grid的数据包括14项，共sub-grids个Sub-grid	row number	int	fread_int32
	column number
	upper left x coordinate in pixels	float	fread_float32
	upper left y coordinate in pixels
	upper right x coordinate in pixels
	upper right x coordinate in pixels
	lower left x coordinate in pixels
	lower left y coordinate in pixels
	lower right x coordinate in pixels
	lower right x coordinate in pixels
	left cell position	int	fread_int32
	top cell position
	right cell position
	bottom cell position

三、版本1

	描述	数据类型	C语言读取方法
Magic number	幻数，设为59	unsigned char	fread_be_uchar
Version	版本号，设为1
n_data_groups	数据的组数	int	fread_be_int32
data_type_id_len	数据类型编号的长度		fread_be_int32
data_type_id	数据类型编号，	char ，长度是data_type_id_len	fread_be_char
unique_file_id_len	文件编号长度	int	fread_be_int32
unique_file_id	文件编号	char ，长度是unique_file_id_len	fread_be_char
Date_time_len	日期长度	int	fread_be_int32
Date_time	日期	char，长度是Date_time_len	fread_be_uint16
locale_len		int	fread_be_int32
locale		char，长度是locale_len	fread_be_int32
n_name_type_value	name_type_value的长度	int
name_type_value，每个name_type_value的数据有6项，共n_name_type_value个name_type_value当name为affymetrix-array-type的时候，对应的value就是CDF型号了	name_len	int	fread_be_int32
	name	char，长度为name_len	fread_be_uint16
	value_len	int	fread_be_int32
	value	char，长度为value_len	fread_be_char
	type_len	int	fread_be_int32
	type	char，长度为type_len	fread_be_uint16
n_parent_headers（决定了某个方法的递归次数）		int	fread_be_int32
file_position_nextgroup		unsigned int	fread_be_uint32
file_position_first_data
n_data_sets		int	fread_be_int32
data_group_name_len		int	fread_be_int32
data_group_name		char，长度为data_group_name_len	fread_be_uint16
file_pos_first		unsigned int	fread_be_uint32
data_set_name_len		int	fread_be_int32
data_set_name		char，长度为data_set_name_len	fread_be_uint16
n_name_type_value		int	fread_be_int32
ncols	探针数目	unsigned int	fread_be_uint32
col_name_type_value_name_len		int	fread_be_int32
col_name_type_value_name		char，长度为col_name_type_value_name_len	fread_be_uint16
col_name_type_value_type		unsigned char	fread_be_uchar
col_name_type_value_size		int	fread_be_int32
data_set，存储探针强度的数据集，根据col_name_type_value_type的值确定data_set是哪种数据类型。data_set共包含ncols个数据	col_name_type_value_type为0	char	fread_be_char
	col_name_type_value_type为1	unsigned char	fread_be_uchar
	col_name_type_value_type为2	short	fread_be_int16
	col_name_type_value_type为3	unsigned short	fread_be_uint16
	col_name_type_value_type为4	int	fread_be_int32
	col_name_type_value_type为5	unsigned int	fread_be_uint32
	col_name_type_value_type为6	float	fread_be_float32