批量显示QC结果的利器(转)
作者:greenhillman
MultiQC
homepage: http://multiqc.info
功能:把多个测序结果的qc结果整合成一个报告。支持fastqc、trimmomatic、bowtie、STAR等多种软件结果的整合。
Installation 安装
在已经安装Anaconda的情况下,安装MultiQC非常简单,只要运行如下命令即可:
#conda
conda install -c bioconda multiqc # install multiqc
multiqc . #Run
查看帮助
multiqc --help
Run MultiQC 运行
安装好后,进入你要分析的测序文件所在的文件夹,直接输入multiqc加要扫描的目录即可运行,如果要扫描当前文件夹,直接输入"multiqc ."即可
multiqc .
multiqc /data/mydir/
multiqc /data/*fastqc.zip
multiqc /data/sanple_1*
使用“--ignore”参数忽略某些文件
multiqc . --ingore *_R2*
multiqc . --ignore run_two/
multiqc . --ignore */run_three/*/fastqc/*.zip
使用文本指定要分析的文件的路径
multiqc --file-list_my_file_list.txt
重命名输出结果
分析结果默认命名为“multiqc_report.html”,相关的以tab风格的data file保存在“multiqc_data”文件夹下。可以用“-n”参数改变结果文件的名字,用“-o”改变输出文件的位置。
覆盖已存在的结果
添加参数“-f”,输出结果时会自动覆盖同名文件。
更换报告模板
添加参数“-t”或者“--template”可以选择不同风格的报告模板,具体内容请查看帮助文档“multiqc --help”。同时,MultiQC也支持自行创作结果文件的模板。
输出图片Exporting plot
除了直接输出html文件外,Multiqc还可以直接保存图片文件。用以下参数进行保存:
multiqc -p/--export
默认设置下,图片会保存在“multiqc_plots”文件夹中,以.png/.svg或者pdf格式保存。
同时,也可以直接在html文件中使用“toolbox”中的Export 保存图片。
报告正文
报告页面分为三部分,左边是导航页面,中间是报告正文,右边是toolbox
1. General Statistics
(Configure Conlumns)可选择需要展示的列名
点击列名可进行排序
(plot)可选择任意两列进行plot
Toolbox
工具栏主要有Hightlight Samples、Rename Samples、Show/Hide Samples、Export Plots、Saving Setting以及帮助等功能。
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