作者:greenhillman

MultiQC

homepage: http://multiqc.info
功能:把多个测序结果的qc结果整合成一个报告。支持fastqc、trimmomatic、bowtie、STAR等多种软件结果的整合。

Installation 安装

在已经安装Anaconda的情况下,安装MultiQC非常简单,只要运行如下命令即可:

  1. #conda
  2. conda install -c bioconda multiqc # install multiqc
  3. multiqc . #Run

查看帮助

  1. multiqc --help

Run MultiQC 运行

安装好后,进入你要分析的测序文件所在的文件夹,直接输入multiqc加要扫描的目录即可运行,如果要扫描当前文件夹,直接输入"multiqc ."即可

  1. multiqc .
  2. multiqc /data/mydir/
  3. multiqc /data/*fastqc.zip
  4. multiqc /data/sanple_1*

使用“--ignore”参数忽略某些文件

  1. multiqc . --ingore *_R2*
  2. multiqc . --ignore run_two/
  3. multiqc . --ignore */run_three/*/fastqc/*.zip

使用文本指定要分析的文件的路径

  1. multiqc --file-list_my_file_list.txt

重命名输出结果

分析结果默认命名为“multiqc_report.html”,相关的以tab风格的data file保存在“multiqc_data”文件夹下。可以用“-n”参数改变结果文件的名字,用“-o”改变输出文件的位置。

覆盖已存在的结果

添加参数“-f”,输出结果时会自动覆盖同名文件。

更换报告模板

添加参数“-t”或者“--template”可以选择不同风格的报告模板,具体内容请查看帮助文档“multiqc --help”。同时,MultiQC也支持自行创作结果文件的模板。

输出图片Exporting plot

除了直接输出html文件外,Multiqc还可以直接保存图片文件。用以下参数进行保存:

  1. multiqc -p/--export

默认设置下,图片会保存在“multiqc_plots”文件夹中,以.png/.svg或者pdf格式保存。
同时,也可以直接在html文件中使用“toolbox”中的Export 保存图片。

报告正文

报告页面分为三部分,左边是导航页面,中间是报告正文,右边是toolbox

1. General Statistics

(Configure Conlumns)可选择需要展示的列名

点击列名可进行排序

(plot)可选择任意两列进行plot

Toolbox

工具栏主要有Hightlight Samples、Rename Samples、Show/Hide Samples、Export Plots、Saving Setting以及帮助等功能。

批量显示QC结果的利器(转)的更多相关文章

  1. 重写TreeView,多层级节点下批量显示图片,图片支持缩略图和文件名列表切换,支持调用者动态匹配选中,支持外界拖入图片并添加到对应节点下

    1.先看下整体效果 2.前端代码 <UserControl x:Class="iPIS.UI.Base.Tree.ImageTreeControl" xmlns=" ...

  2. attrib命令能用批处理实现文件夹批量显示吗?

    attrib H:\* -s -h -a -r /s /d 加上/s /d参数就行了.(H表示你的U盘盘符)

  3. PGIS大数据量点位显示方案

    PGIS大数据量点位显示方案 问题描述 PGIS在地图上显示点位信息时,随点位数量的增加浏览器响应速度会逐渐变慢,当同时显示上千个点时浏览器会变得非常缓慢,以下是进行的测试: 测试环境: 服务器: C ...

  4. ItemsControl绑定的数据模板显示不同样式:模板选择器

    总所周知,wpf提供了数据模板,列表控件可以绑定数据实现批量显示同类型数据.不过同个数据模板显示不同的样式怎么办?这时我们可以用模板选择器. 首先我们可以将数据绑定到首先定义资源样式 <Data ...

  5. 如何利用efetch从NCBI中批量下载数据?

    目录 找序列 下序列 假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列,如何实施? 找序列 第一步,肯定是找到相关序列. 我从ncbi taxonomy进入,搜索oryza.因为要搜索mRNA核酸序列, ...

  6. shell 实例

    转载自:https://github.com/liquanzhou/ops_doc    这里只作为笔记使用,不做他用 shell实例手册 0 说明{ 手册制作: 雪松 更新日期: 2018-09-1 ...

  7. [转帖]Shell运维手册

    shell实例手册    https://github.com/liquanzhou/ops_doc   0 说明{       手册制作: 雪松   更新日期: 2018-09-11       欢 ...

  8. [工具] Firemonkey Style 调色工具(可另存 Style 文件)

    版本:2016.12.21 (新增可取代颜色) 下载:[工具]OneStylePalette_调色工具_20161221.zip 版本:2016.12.09 (新增可导出全平台的 Style) 下载: ...

  9. 微信JS SDK Demo 官方案例[转]

    摘要: 微信JS-SDK是微信公众平台面向网页开发者提供的基于微信内的网页开发工具包. 通过使用微信JS-SDK,网页开发者可借助微信高效地使用拍照.选图.语音.位置等手机系统的能力,同时可以直接使用 ...

随机推荐

  1. kaggle竞赛_mnist_10%

      主要是通过mnist了解kaggle的操作细节,最终这里的结果为: 引入必须的库¶ import pandas as pd import numpy as np import matplotlib ...

  2. 2018-2019-2 《网络对抗技术》Exp4 恶意代码分析20165211

    目录 实践内容概述 实践目标 实践内容 实验问题回答 实践过程记录 系统运行监控 使用schtacks指令监控系统运行 使用sysmon工具监控系统运行 恶意软件分析 使用Virus Total分析恶 ...

  3. bzoj 3670 动物园 - kmp - 动态规划

    Description 近日,园长发现动物园中好吃懒做的动物越来越多了.例如企鹅,只会卖萌向游客要吃的.为了整治动物园的不良风气,让动物们凭自己的真才实学向游客要吃的,园长决定开设算法班,让动物们学习 ...

  4. bzoj 3262 陌上花开 - CDQ分治 - 树状数组

    Description 有n朵花,每朵花有三个属性:花形(s).颜色(c).气味(m),又三个整数表示.现要对每朵花评级,一朵花的级别是它拥有的美丽能超过的花的数量.定义一朵花A比另一朵花B要美丽,当 ...

  5. Python中对象的引用与复制

    在python进行像b = a这样的赋值时,只会创建一个对a的新引用,使a的引用计数加1,而不会创建新的对象: >>> a = 'xyz' >>> import s ...

  6. PowerDesigner 学习:十大模型及五大分类

    个人认为PowerDesigner 最大的特点和优势就是1)提供了一整套的解决方案,面向了不同的人员提供不同的模型工具,比如有针对企业架构师的模型,有针对需求分析师的模型,有针对系统分析师和软件架构师 ...

  7. cygwin下如何编译安装minicom?

    1. 安装依赖的软件和库 apt-cyg install autoconf automake make libncurses-devel (apt-cyg工具的安装方法在此) 2. 获取源码 wget ...

  8. POJ 3264 Balanced Lineup (线段树查找最大最小值)

    http://poj.org/problem?id=3264 题意:给你一个长度为n的序列a[N] (1 ≤ N ≤ 50000),询问Q(1 ≤ Q ≤ 200000) 次,每次输出[L, R]区间 ...

  9. sed 替换换行回车

    A carriage return linefeed (CRLF) is a special sequence of characters, used by DOS/Windows, to signi ...

  10. [转载]linux下core文件设置与查看

    转自:https://blog.csdn.net/dingqinghui/article/details/77855330?locationNum=9&fps=1 linux下core文件设置 ...