无需超级用户mpi多机执行

在之前的一篇博文中（Linux下mpi环境配置与执行步骤（Ubuntu为例）），有讨论过如何使用MPI在两个不同的机器上执行程序，在那篇博文中使用了超级用户权限。不幸的是，有些情况下，我们不能拥有操作系统的超级用户权限，导致我们不能修改除用户目录以外的目录，因此写这篇博文讨论如何使用普通用户来实现mpi程序的编译和双机器执行。如果知道了如果双机器执行，多机器道理是相通的。

此文针对没有多少linux经验的读者，只要你会打开终端，这个问题可以被很好的解决。

前提

假设有两台机器，两台机器的主机名称分别为A、B，并且知道两台机器的IP（如果你不知道，请咨询管理员），假设A机器的IP为192.168.1.5，机器B的ip为192.168.1.6；

假设在两台机器上有同一个用户名，为讲述方便，暂时假设这个用户名为demo；

假设两台机器上安装了完全相同的mpi版本。

不满足假设条件，请绕行。

步骤

完成无需超级用户mpi程序的编译和执行，分以下几步：

1、设置两台机器上PATH，使得在两台机器上分别可以执行mpicc --version命令。

2、设置两台机器相互之间可以免密码登陆。

3、执行自己的程序

1、设置两台机器上的PATH

假设你现在在A机器上，使用的是demo账户。

打开终端（Terminal），执行如下命令：

mpicc --version

如果上面的命令得到类似如下结果，直接可以去第2步：

gcc (Ubuntu 4.8.2-19ubuntu1) 4.8.2
Copyright (C) 2013 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

如果得到类似如下结果，则继续。

mpicc: command not found

打开终端，执行如下命令

echo "export PATH=`locate mpicc | grep -v '^/home/' | grep -E '/mpicc$' | sed 's/\/mpicc$//'`:$PATH" >> ~/.bashrc

关闭终端，打开一个新的终端，再执行mpicc --version看看结果是否正确，如果还是不正确，这里就暂时不写此种情况下的解决方案了（穷尽所有情况太麻烦了）。

执行如下命令来登陆B机器（前提中假设了B机器的IP为192.168.1.6），在提示输入密码的时候，输入用户的密码，因为我们假设用的是demo用户，你此时要输入的是demo的密码。注意密码并不显示，输入完成后，直接敲击回车即可。

ssh demo@192.168.1.6

如果成功登陆，执行如下命令：

echo "export PATH=`locate mpicc | grep -v '^/home/' | grep -E '/mpicc$' | sed 's/\/mpicc$//'`:$PATH" >> ~/.bashrc

然后执行exit命令退出机器B。

2、设置两台机器之间相互无密码登陆。

仍然假设现在用的是机器A（IP为192.168.1.5），打开终端，执行如下命令

ssh-keygen -t rsa

上面的命令在执行的时候可能要等待你的输入，不要输入任何内容，直接敲击回车即可。

执行如下命令：

ssh demo@192.168.1.6 mkdir -p .ssh

执行上述命令后，会等待你输入demo在机器B（假设的IP为192.168.1.6）上的密码，输入密码后，敲击回车。

执行如下命令：

cat .ssh/id_rsa.pub | ssh demo@192.168.1.6 'cat >> .ssh/authorized_keys'

执行如下命令，以登陆B机器：

ssh demo@192.168.1.6

继续执行如下命令：

ssh-keygen -t rsa

遇到让输入yes或者no的地方是如yes或者y。遇到其他情况的等待输入，一律敲击回车。

cat .ssh/id_rsa.pub | ssh demo@192.168.1.5 'cat >> .ssh/authorized_keys'

最后执行如下命令，以推出机器B

exit

完成上面的命令后，就可以实现demo用户在两个机器之间无密码相互登陆了。

3、执行自己的程序

仍然假设你在A机器上，ip的相关假设继续保持。

将程序拷贝到A机器上，对于没有linux经验的读者，请特别注意你拷贝的程序在哪个目录下，如果你不能在终端下找到自己的程序，那么这一切你都白做了。

假设你的程序拷贝到了A机器的/home/demo/目录下，那么你打开终端之后，执行 cd ~/ 即可进入这个目录。

在终端中进入源代码目录后，如果你的程序有Makefile，直接执行make命令即可（一般人写的makefile，这样执行会产生可执行文件的，如果不是一般人写的，请咨询写makefile的人）。

由于我们使用的两个机器是独立的，他们之间没有共享磁盘，你若要使用mpi在两个机器上执行，你必须将在A机器上生成的可执行程序拷贝到B机器上。如果你不了解mpi的执行方式，请保证在两个机器上的可执行程序存放在同一个目录下。

为方便，你可以把程序放到用户根目录（~/ 就是用户根目录），然后再拷贝到B机器上。

拷贝程序的命令如下（假设你的程序叫main.exe）

scp ~/main.exe demo@192.168.1.6:~/

下面你要新建一个文本文件，这个文本文件第一行写A机器的IP，第二行写B机器的IP。文件名随意，最好使用英文。

我门假设的A、B两个机器的IP分别是192.168.1.5和 192.168.1.6，所以我们的文件中可以这样写

192.168.1.5
192.168.1.6

假设我门命名这个文件为hosts，并且保存在~/目录下，那么我门就可以打开终端，启动我们的程序了。

cd ~/
mpiexec -f ./hosts -n 2 ./main.exe

结束语

如果你是linux新手（不知道怎么使用终端的都是新手），一定要严格执行每一个命令，按照说明一步步执行。注意命令中的下划线，短线，英文点 .，大小写字母，/，～等。这篇博文暂时写完了，剩下的就是祝你好运了。