一、在windows下使用Rscript:

1.进入cmd.exe下,将当前工作目录转到Rscript.exe所在目录下面,然后调用Rscript  **.R文件即可。但是所调用的.R文件必须是在R的工作目录下,也就是和Rscript.exe在同一个文件夹内(Rscript默认情况下是不保存工作空间的)。还可以将这些命令写成一个bat文件,然后将该文件放置在cmd.exe的工作目录下,直接在cmd.exe中输入该bat文件名即可运行。bat文件中包含了Rscript命令。
2.进入cmd.exe下,将当前工作目录转到Rscript.exe所在目录下面,直接输入R的命令,格式为:Rscript -e "x<-seq(0,10,2) " -e "x"或者使用格式如Rscript -e "a<-c(1,20,2);write(a,file='data.txt');"等来执行(各语句之间用“;”分隔开来)。
需要注意的是:如果执行命令Rscript -e "a<-c(1,20,2);write(a,file="data.txt");"(此处均为双引号)将数据写入到一个文件中,会显示说找不到对象(指要写入的文件),如何解决?

这是因为在命令行下 -e 后面的命令需要用双引号,所以其中的语句就不能直接用双引号来表示字符串了。可以使用单引号,也可以通过反斜杠号来对双引号进行转义来解决(使用单引号和双引号均可,关键是要使得Rscript的引号和中间语句的引号区分开来即可)。另一种解决方法是将R命令保存成.R文件,然后通过Rscript调用。
画图时,并不直接显示出来图形!而是自动转换成了pdf格式,存在了Rscript的目录下。不管是画了多少个图形,都会保存在一个pdf文件中,分页来显示,pdf文件的名字为Rplots.pdf。但是可以通过在R 语句中首先通过命令png或者bmp、jpeg首先限定一下图形文件的文件名及其类型。如上图示中的最后一条语句。

二、用Rscripts给R脚本传递参数

1.用法

Rscript的用法中有个args,这个就是传递给.r文件的参数,在脚本中调用这个参数需要用到commandArgs()这个函数。

2.下面举例说明

Rscript xx.r 1 2
将1和2传递给xx.r脚本,而xx.r脚本中是这样调用的:

args<-commandArgs(T) #收集参数给args变量,则args[1]=1,args[2]=2
这样就可以根据不同的参数执行不同的命令了

#barplot.R
args<-commandArgs(T)
x<-read.table(args[1])
png(args[2], width=1024, height=768)
barplot(x$V2, names.arg=x$V1)
dev.off()

运行:
Rscript barplot.R /RNA/shang/human-RNA-seq/result/output/chr.junction /RNA/shang/human-RNA-seq/result/output/chr.juntion.png

Rscripts的使用,以及如何为R脚本传参数的更多相关文章

  1. InnoSetup跨脚本传参数

    需求:在a.iss脚本传递参数给b.iss 举例: a.iss:传程序安装路径给b.iss Parameters: /Path={app} b.iss:接收a.iss传过来的安装路径 DefaultD ...

  2. shell执行lua脚本传参数

    #lua test.lua 2 5arg[0]= test.lua arg[1]= 2arg[2]= 5 if arg[1] and arg[1] == "2" then prin ...

  3. python 脚本带参数

    如果想对python脚本传参数,python中对应的argc, argv(c语言的命令行参数)是什么呢? 需要模块:sys参数个数:len(sys.argv)脚本名:    sys.argv[0]参数 ...

  4. 如何在cluster上跑R脚本

    R 是一个比较不错但是有时候操蛋的语言,不错是因为用着爽的时候真的很爽,操蛋是因为这种爽不是什么时候都可以的,比如说在cluster上批处理跑R脚本. 当然说这话有些在上面跑过的各种不服气,你丫傻逼吧 ...

  5. 编写运行R脚本

    1.在后台运行R 1.1 创建file.R文件 1.2 在文件首行键入: #! /path/to/Rscript 1.3 在下面的行中,键入R代码 1.4 保存(记得有png(),jpeg(),... ...

  6. R(二): http与R脚本通讯环境安装

    结合实际的工作环境,在开始R研究的时候,首先着手收集的就是能以Web方式发布R运行结果的基础框架,无耐的是,R一直以来常使用于个人电脑的客户端程序上,大家习惯性的下载R安装包,在自己的电脑上安装 -- ...

  7. VS中使用QT调用R脚本

    一开始想直接把R编译成库然后调用R,后来查了n多资料,发现VS中是无法办到的,官方也给出了一句话,大概意思就是没可能在VS中使用R提供的C++接口,大概是涉及到了底层的ABI的原因,具体也不太清楚. ...

  8. R语言笔记2--循环、R脚本

    1.循环语句 for语句 while语句 2.R脚本 source()函数 print()函数

  9. Linux系统 awk sed R脚本 python脚本传入变量

    sed 传入变量: chrI="chr2";sed -n "/$chrI/p" clippointpos.csv  #变量用$var表示,把sed的单引号变为双 ...

随机推荐

  1. UITableView/UIScrollView 不能响应TouchBegin 的处理 及窥见 hitTest:withEvent:

    重写touchBegin 方法是不行的,在UITableView/UIScrollView 解决方案 重写hitTest:withEvent:  在他们的子类中 - (UIView *)hitTest ...

  2. 网络协议-网络分层、TCP/UDP、TCP三次握手和四次挥手

    网络的五层划分是什么? 应用层,常见协议:HTTP.FTP 传输层,常见协议:TCP.UDP 网络层,常见协议:IP 链路层 物理层 TCP 和 UDP 的区别是什么 TCP/UDP 都属于传输层的协 ...

  3. mongodb学习比较(数据操作篇)

    1.  批量插入:     以数组的方式一次插入多个文档可以在单次TCP请求中完成,避免了多次请求中的额外开销.就数据传输量而言,批量插入的数据中仅包含一份消息头,而多次单条插入则会在每次插入数据时封 ...

  4. flink-jdbc sink

    https://github.com/apache/flink/tree/master/flink-connectors/flink-jdbc/src https://blog.csdn.net/lu ...

  5. vue中的filters的用法

    1.效果 金额保留两位小数,并加上单位元 2.index.html <!DOCTYPE html> <html lang="en"> <head> ...

  6. iOS开发-Tom猫

    // //  ViewController.m //  20-tom猫 // //  Created by hongqiangli on 2017/8/1. //  Copyright © 李洪强. ...

  7. 网络广告CPS/CPC/CPV/CPM/CPA分别是什么意思

    CPA:注册广告(一般按用户来计算)CPC:点击广告(一般按一千个ip计算)CPS:消费广告(用户通过你的网站中投放的广告,达成消费,有提成)CPM:展示广告(展示广告,一般的视频比较多)CPV:按照 ...

  8. IntelliJ IDEA中的properties文件乱码转成中文[unicode码转中文]

    在IntelliJ IDEA中,一些.properties后缀的配置文件中的中文常常会是下面的样子,看不懂怎么办? 解决办法:File-->Settings-->File Encoding ...

  9. 系统清理工具CCleaner被植入后门

    概述 2017年9月18日,有情报披露,著名的系统优化工具CCleaner的某个版本被发现植入后门,大量使用该工具的用户恐将面临泄密风险.这是继Xshell后门事件后,又一起严重的软件供应链来源攻击事 ...

  10. 通过Fiddler肆意修改接口返回数据进行测试

    [本文出自天外归云的博客园] 方法介绍与比对 在测试的过程中,有的需求是这样的,它需要你修改接口返回的数据,从而检查在客户端手机app内是否显示正确,这也算是一种接口容错测试,接口容错测试属于app性 ...