ka/ks
1. If dN/dS = 1, amino-acid substitutions may be largely neutral. However, there is also the
possibility that positive selection just cancels purifying selection, so that some amino-
acid substitutions were driven by natural selection. This situation is thus ambiguous.
2. If dN/dS < 1, purifying selection (selection against deleterious non-synonymous
substitutions) has definitely operated. Some amino-acid substitutions have been may
caused by selection, just not enough to overcome the effects of purifying selection.
3. If dN/dS > 1, selection has caused some amino-acid substitutions. Some substitutions
also have been caused by genetic drift. Purifying selection also likely operates, may
but is not strong enough to overcome the effects of positive selection.
ka/ks的更多相关文章
- Ka/ Ks|同义替换的三种路径|kaks_Calculator|
生命组学 研究old gene 和 young gene CAI选择信号:CGmutation信号 Neutrality plot:CG3与GC1.GC2的关系:平:mutation:正相关:sele ...
- Unity3D-RayMarch-几何图元-3添加阴影
效果图: 在RayMarch渲染算法中计算阴影非常简单,当射线碰撞到物体,从碰撞点逆着光源方向再次执行射线步进算法,如果这一过程中碰撞到了其他物体,则碰撞点被其他物体遮挡,该处具有阴影. shader ...
- GenTree:基因进化和功能分析
欢迎来到"bio生物信息"的世界 GenTree是一个集合多种数据的在线数据库. 总共涉及的基因有63152个,蛋白质编码基因有20300个. 评估基因年龄用的是UCSC数据库的1 ...
- GWAS中的名称概念
基因: 是指决定生物某一遗传性状的染色体DNA片段 基因型: `基因型`又称`遗传型`,是某一生物个体全部基因组合的总称.它反应生物体的遗传构成,即从双亲获得的全部基因的总和.遗传学中具体使用的基因型 ...
- The sequence and de novo assembly of the giant panda genome.ppt
sequencing:使用二代测序原因:高通量,短序列 不用长序列原因: 1.算法错误率高 2.长序列测序将嵌合体基因错误积累.嵌合体基因:通过重组由来源与功能不同的基因序列剪接而形成的杂合基因 se ...
- 【豆科基因组】利马豆/洋扁豆Lima bean(Phaseolus lunatus L.)基因组2021NC
目录 一.来源 二.结果 扁豆的染色体水平高质量组装 扁豆相关农艺性状的QTL定位 直系/旁系同源的演化和物种形成事件 与农艺性状相关基因的直系同源物 群体结构分析揭示扁豆遗传簇 豆荚发育过程中的基因 ...
- 【豆科基因组】绿豆Mungbean, Vigna radiata苏绿基因组预印
目录 一.来源 二.结果 测序组装 组装评价 编码基因预测 基因功能注释 非编码RNA注释 假基因预测 重复序列注释 进化分析和分歧时间估计 全基因组复制 LTR插入时间估计 正选择基因 一.来源 H ...
- 【豆科基因组】小豆(红豆)adzuki bean, Vigna angularis基因组2015
目录 一.来源 研究一:Draft genome sequence of adzuki bean, Vigna angularis 研究二:Genome sequencing of adzuki be ...
- 柯尔莫可洛夫-斯米洛夫检验(Kolmogorov–Smirnov test,K-S test)
柯尔莫哥洛夫-斯米尔诺夫检验(Колмогоров-Смирнов检验)基于累计分布函数,用以检验两个经验分布是否不同或一个经验分布与另一个理想分布是否不同. 在进行cumulative probab ...
随机推荐
- linux添加启动器图标(Ubuntu为例)
添加启动器图标,以eclipse为例,%表示命令提示符,shell命令:%nano /usr/share/applications/eclipse.desktop-----------[Deskto ...
- springmvc<一>一种资源返回多种形式【ContentNegotiatingViewResolver】
restful服务中一个重要的特性就是一种资源可以有多种表现形式,在springmvc中可以使用ContentNegotiatingViewResolver这个视图解析器来实现这种方式. 描述资源的三 ...
- IntelliJ IDEA使用(一):创建maven web项目
在公司用eclipse开发maven web项目后,慢慢开始明白大家的那句话"受不了eclipse".的确,在开发大型的web项目,尤其是maven构建的项目,eclipse很不友 ...
- PHP HTTP请求
stream_context_create 1.curl仍然是最好的HTTP库,没有之一. 可以解决任何复杂的应用场景中的HTTP 请求2. 文件流式的HTTP请求比较适合处理简单的HTTP POST ...
- JS高程5.引用类型(3)Array类型-检测数组
1. instanceof操作符(ECMAScript3) 对于一个网页,或者是一个全局作用域而言,使用instanceof操作符来检测数组就可以得到满意的结果. 语法:if(value instan ...
- javascript浏览器检测
<script type="text/javascript"> /** * 获取浏览器类型以及版本号 * 支持国产浏览器:猎豹浏览器.搜狗浏览器.傲游浏览器.3 ...
- 30分钟让网站支持HTTPS
对于一个良好和安全的网络——并且也为了更快的性能,新的API网络例如Service Workers,更佳的搜索排名,还有——在你的网站上使用HTTPS是关键.这里我会指导大家如何轻松搞定. 我不是安全 ...
- Json生成与解析
JSON常用与服务器进行数据交互,JSON中"{}"表示JSONObject,"[]"表示JSONArray 如下json数据: {"singers& ...
- LinuxMint装JDK和Eclipse
Linux Mint 装JDK和Eclipse 前言 在尝试了好几个发行版后终于锁定了Linux Mint Cinnamon .那么就得配置好环境了. 这里讲一下JAVA环境,配置JDK和Eclips ...
- 15-static和extern关键字1-对函数的作用
一.extern与函数 如果一个程序中有多个源文件(.c),编译成功会生成对应的多个目标文件(.obj),这些目标文件还不能单独运行,因为这些目标文件之间可能会有关联,比如a.obj可能会调用c.ob ...