使用Cytoscape画PPI网络图
打开Cytoscape软件,根据菜单导入string_interactions.tsv文件
File ----> Import ----> Network from File
会弹出下图对话框,在对话框中设置如下:
选中string_interactions.tsv文件,点击打开,导入文件,结果如下图所示。
点击OK,弹出如下视图,ctrl+A选中所有基因节点
使用NetworkAnalyzer分析调整网络图
Tools ---> NetworkAnalyzer ---> Network Analysis ---> Analyze Network
弹出如下跳选框
选择Treat the network as undirected,点击ok
最终生成下图网络
使用Cytoscape画PPI网络图的更多相关文章
- 用 Graphviz画神经网络图
用 Graphviz . 以下代码提供一个例子, 具体使用时做简单修改即可. digraph G { rankdir=LR splines=line nodesep=.05; node [label= ...
- nsfocus-笔试题
1.描述sendmail原理及通讯机制 sendmail程序接受到待发邮件后,通过关键字@判断邮件的格式是否符合要求,匹配成功后提取邮件后缀域名信息并查询DNS数据库相关MX(邮件专用)记录,若有匹配 ...
- 使用 R 语言挖掘 QQ 群聊天记录
1.获取数据 从 QQ 消息管理器中导出消息记录,保存的文本类型选择 txt 文件.这里获取的是某群从 2016-04-18 到 2016-05-07 期间的聊天记录,记录样本如下所示. 消息记录(此 ...
- Spark GraphX 的数据可视化
概述 Spark GraphX 本身并不提供可视化的支持, 我们通过第三方库 GraphStream 和 Breeze 来实现这一目标 详细 代码下载:http://www.demodashi.com ...
- PageRank 算法-Google 如何给网页排名
公号:码农充电站pro 主页:https://codeshellme.github.io 在互联网早期,随着网络上的网页逐渐增多,如何从海量网页中检索出我们想要的页面,变得非常的重要. 当时著名的雅虎 ...
- 用R的igraph包来画蛋白质互作网络图 | PPI | protein protein interaction network | Cytoscape
igraph语法简单,画图快速. Cytoscape专业,个性定制. 最终效果图: 当然也可以用Cytoscape来画. 参考:Network visualization with R Cytosca ...
- 使用R的networkD3包画可交互的网络图
d3network包code{white-space: pre;} pre:not([class]) { background-color: white; }if (window.hljs & ...
- R画网络图
R 画网络图 目的:用R做生信分析,画基因样本的网络图,从中观察样本的致病性情况. 一.所用到的包 library(tidyr) library(ggplot2) library(reshape2) ...
- 利用cytoscape做网络图
首先做出下面的基因间相互关系图 1.准备sif文件 data.sif 网络数据文件 gene1 pp gene2 gene3 gene4 gene5 gene6 gene7 gene8 gene9 n ...
随机推荐
- 重温CLR(四)基元类型、引用类型、值类型
编程语言的基元类型 编译器直接支持的数据类型称为基元类型(primitive type).基元类型直接映射到framework类型(fcl)中存在的类型. 下表列出fcl类型 从另一个角度,可以认为C ...
- DbEntry 默认 主键ID为long
DbEntry 默认 主键ID为long,如果自己表中的主键ID为int,可以通过以下方式修改: public class Company :DbObjectModel<Company,int& ...
- 十六、python沉淀之路--迭代器
一.迭代器 1.什么是迭代器协议:对象必须提供一个next方法,执行该方法要返回迭代中的下一项,要么就引起一个StopIteration异常,以终止迭代(只能往后走,不能往前走). 2.可迭代对象:实 ...
- hadoop复合键排序使用方法
在hadoop中处理复杂业务时,需要用到复合键,复合不同于单纯的继承Writable接口,而是继承了 WritableComparable<T>接口,而实际上,WritableCompar ...
- 《笔者带你剖析Apache Commons DbUtils 1.6》(转)
前言 关于Apache的DbUtils中间件或许了解的人并不多,大部分开发人员在生成环境中更 多的是依靠Hibernate.Ibatis.Spring JDBC.JPA等大厂提供的持久层技术解决方案, ...
- Jquery3.x高版本支持IE8
最近在做项目的时候,遇到一个安全漏洞的问题 检测到目标站点存在javascript框架库漏洞 解决办法是 将受影响的javascript框架库升级到最新版本. 好吧,就给你升吧,升完之后,我的天啊,尽 ...
- FastAdmin 在线命令生成时出错的分析
FastAdmin 在线命令生成时出错的分析 出错现象 版本环境 FastAdmin 版本:1.0.0.20180806_beta 在线命令插件版本:1.0.3 分析 2018-08-13 16:12 ...
- bzoj 4453 cys就是要拿英魂!——后缀数组+单调栈+set
题目:https://www.lydsy.com/JudgeOnline/problem.php?id=4453 询问离线,按R排序. 发现直接用 rk[ ] 的错误情况就是前面的某个位置 j 和自己 ...
- ubuntu为什么没有/etc/inittab文件? 深究ubuntu的启动流程分析
Linux 内核启动 init ,init进程ID是1,是所有进程的父进程,所有进程由它控制. Ubuntu 的启动由upstart控制,自9.10后不再使用/etc/event.d目录的配置文件,改 ...
- 【转】Jmeter笔记:响应断言详解
平时我们使用jmeter进行性能测试时,经常会用到断言.jmeter提供了很多种断言,本来想全都写一下,但发现每一个断言里面的东西都很多,所以就先写一下我们经常使用的响应断言. 第一次在cnblog上 ...