打开Cytoscape软件,根据菜单导入string_interactions.tsv文件

File ----> Import ----> Network from File

会弹出下图对话框,在对话框中设置如下:

选中string_interactions.tsv文件,点击打开,导入文件,结果如下图所示。

点击OK,弹出如下视图,ctrl+A选中所有基因节点

使用NetworkAnalyzer分析调整网络图

Tools ---> NetworkAnalyzer ---> Network Analysis ---> Analyze Network

弹出如下跳选框

选择Treat the network as undirected,点击ok

最终生成下图网络

使用Cytoscape画PPI网络图的更多相关文章

  1. 用 Graphviz画神经网络图

    用 Graphviz . 以下代码提供一个例子, 具体使用时做简单修改即可. digraph G { rankdir=LR splines=line nodesep=.05; node [label= ...

  2. nsfocus-笔试题

    1.描述sendmail原理及通讯机制 sendmail程序接受到待发邮件后,通过关键字@判断邮件的格式是否符合要求,匹配成功后提取邮件后缀域名信息并查询DNS数据库相关MX(邮件专用)记录,若有匹配 ...

  3. 使用 R 语言挖掘 QQ 群聊天记录

    1.获取数据 从 QQ 消息管理器中导出消息记录,保存的文本类型选择 txt 文件.这里获取的是某群从 2016-04-18 到 2016-05-07 期间的聊天记录,记录样本如下所示. 消息记录(此 ...

  4. Spark GraphX 的数据可视化

    概述 Spark GraphX 本身并不提供可视化的支持, 我们通过第三方库 GraphStream 和 Breeze 来实现这一目标 详细 代码下载:http://www.demodashi.com ...

  5. PageRank 算法-Google 如何给网页排名

    公号:码农充电站pro 主页:https://codeshellme.github.io 在互联网早期,随着网络上的网页逐渐增多,如何从海量网页中检索出我们想要的页面,变得非常的重要. 当时著名的雅虎 ...

  6. 用R的igraph包来画蛋白质互作网络图 | PPI | protein protein interaction network | Cytoscape

    igraph语法简单,画图快速. Cytoscape专业,个性定制. 最终效果图: 当然也可以用Cytoscape来画. 参考:Network visualization with R Cytosca ...

  7. 使用R的networkD3包画可交互的网络图

    d3network包code{white-space: pre;} pre:not([class]) { background-color: white; }if (window.hljs & ...

  8. R画网络图

    R  画网络图 目的:用R做生信分析,画基因样本的网络图,从中观察样本的致病性情况. 一.所用到的包 library(tidyr) library(ggplot2) library(reshape2) ...

  9. 利用cytoscape做网络图

    首先做出下面的基因间相互关系图 1.准备sif文件 data.sif 网络数据文件 gene1 pp gene2 gene3 gene4 gene5 gene6 gene7 gene8 gene9 n ...

随机推荐

  1. LA2218 Triathlon

    题意 PDF 分析 设出长度\(x,y,1-x-y\),就是关于它们的二元一次不等式,判断有没有解. 可以用半平面交来解决. x/V[i]+y/U[i]+(1-x-y)/W[i] < x/V[j ...

  2. HttpModule和HttpHandler -- 系列文章

    ASP.NET 生命周期 在ASP.Net2.0中使用UrlRewritingNet实现链接重写 IHttpModule实现URL重写 使用IHttpHandler防盗链 HttpModule,Htt ...

  3. VBA的过程及参数详解

    VBA的过程及参数详解 VBA中的过程(Procedure)有两种,一种叫函数(Function),另外一种叫子程序(Subroutine),分别使用Function和Sub关键字.它们都是一个可以获 ...

  4. Maven构建跳过测试步骤

    有时候我们不想再执行maven的package或者install命令时每次都执行test,那么可以在pom.xml里的build->pluginManagement->plugins新增如 ...

  5. Oracle事务的隔离

    事务是指一些列操作的集合,它有4个属性:原子性(Automacity).一致性(Consistency).隔离性(Isolation)和持久性(Durability),这4个属性简称为ACID.原子性 ...

  6. 使用XV-11激光雷达做hector_slam

    大家在学习ROS中不可避免需要使用激光雷达,高精地图.实时定位以及障碍物检测等多项技术,而这些技术都离不开光学雷达的支持,但是呢雷达这真是太贵了,大部分人是负担不起(实验室.研究所土豪可以略过),但是 ...

  7. java里监听相关ActionListene的理解。========此代码是错误的,

    package com.aa; import java.awt.Component; import java.awt.event.ActionEvent; import java.awt.event. ...

  8. CCPC2018-湖南全国邀请赛 K 2018

    K.2018 题目描述 Given a, b, c, d , find out the number of pairs of integers ( x, y ) where a ≤ x ≤ b, c ...

  9. Jenkins修改端口号(windows系统)

    windows下改端口号: Jenkins安装成功后,默认的端口为8080. 如果该端口号与其他服务的端口号冲突,则需要更改Jenkins的端口号. 具体方法为: 修改Jenkins安装目录下的 je ...

  10. 微信小程序之如何使用iconfont

    如何在小程序中使用iconfont 1.添加入库 2.加入项目 3.下载ttf 4.进行base64处理,在这个平台https://transfonter.org/ 上转换一下格式为base64位. ...