打开Cytoscape软件,根据菜单导入string_interactions.tsv文件

File ----> Import ----> Network from File

会弹出下图对话框,在对话框中设置如下:

选中string_interactions.tsv文件,点击打开,导入文件,结果如下图所示。

点击OK,弹出如下视图,ctrl+A选中所有基因节点

使用NetworkAnalyzer分析调整网络图

Tools ---> NetworkAnalyzer ---> Network Analysis ---> Analyze Network

弹出如下跳选框

选择Treat the network as undirected,点击ok

最终生成下图网络

使用Cytoscape画PPI网络图的更多相关文章

  1. 用 Graphviz画神经网络图

    用 Graphviz . 以下代码提供一个例子, 具体使用时做简单修改即可. digraph G { rankdir=LR splines=line nodesep=.05; node [label= ...

  2. nsfocus-笔试题

    1.描述sendmail原理及通讯机制 sendmail程序接受到待发邮件后,通过关键字@判断邮件的格式是否符合要求,匹配成功后提取邮件后缀域名信息并查询DNS数据库相关MX(邮件专用)记录,若有匹配 ...

  3. 使用 R 语言挖掘 QQ 群聊天记录

    1.获取数据 从 QQ 消息管理器中导出消息记录,保存的文本类型选择 txt 文件.这里获取的是某群从 2016-04-18 到 2016-05-07 期间的聊天记录,记录样本如下所示. 消息记录(此 ...

  4. Spark GraphX 的数据可视化

    概述 Spark GraphX 本身并不提供可视化的支持, 我们通过第三方库 GraphStream 和 Breeze 来实现这一目标 详细 代码下载:http://www.demodashi.com ...

  5. PageRank 算法-Google 如何给网页排名

    公号:码农充电站pro 主页:https://codeshellme.github.io 在互联网早期,随着网络上的网页逐渐增多,如何从海量网页中检索出我们想要的页面,变得非常的重要. 当时著名的雅虎 ...

  6. 用R的igraph包来画蛋白质互作网络图 | PPI | protein protein interaction network | Cytoscape

    igraph语法简单,画图快速. Cytoscape专业,个性定制. 最终效果图: 当然也可以用Cytoscape来画. 参考:Network visualization with R Cytosca ...

  7. 使用R的networkD3包画可交互的网络图

    d3network包code{white-space: pre;} pre:not([class]) { background-color: white; }if (window.hljs & ...

  8. R画网络图

    R  画网络图 目的:用R做生信分析,画基因样本的网络图,从中观察样本的致病性情况. 一.所用到的包 library(tidyr) library(ggplot2) library(reshape2) ...

  9. 利用cytoscape做网络图

    首先做出下面的基因间相互关系图 1.准备sif文件 data.sif 网络数据文件 gene1 pp gene2 gene3 gene4 gene5 gene6 gene7 gene8 gene9 n ...

随机推荐

  1. matlab与modelsim中的文件操作函数

    matlab中 fscanf和fpintf是一对,用fprintf写的必须用fscanf来读. fread和fwrite是一对,用fwrite写的必须用fread来读. 同样的数据,使用fprintf ...

  2. 常用的文件数据类型mime

    有时在编程中会用到文件的类型,比如http的请求或相应header头信息,文件上传时自定义头信息等. ai application/postscript aif audio/x-aiff aifc a ...

  3. fn project 扩展

    目前支持的扩展方式   Listeners - listen to API events such as a route getting updated and react accordingly. ...

  4. bzoj 4453 cys就是要拿英魂!——后缀数组+单调栈+set

    题目:https://www.lydsy.com/JudgeOnline/problem.php?id=4453 询问离线,按R排序. 发现直接用 rk[ ] 的错误情况就是前面的某个位置 j 和自己 ...

  5. bzoj 1499 [NOI2005]瑰丽华尔兹——单调队列优化dp

    题目:https://www.lydsy.com/JudgeOnline/problem.php?id=1499 简单的单调队列优化dp.(然而当时却WA得不行.今天总算填了坑) 注意滚动数组赋初值应 ...

  6. java md5 函数

    private static final String md5(final String s) { final String MD5 = "MD5"; try { // Creat ...

  7. mysql命令 show slave status\G;命令输出详解

    show slave status\G; 命令输出详解 mysql> show slave status\G; *************************** . row ******* ...

  8. HDU 3018 Ant Trip(欧拉回路,要几笔)

    Ant Trip Time Limit: 2000/1000 MS (Java/Others)    Memory Limit: 32768/32768 K (Java/Others)Total Su ...

  9. Hibernate4.3.5搭建Log4j日志环境

    本文记录Hibernate4.3.5搭建Log4j日志环境的过程 1.搞清楚Hibernate4.3.5的日志环境依赖 方法:查看帮助文档 3.5. Logging Important Complet ...

  10. 微信小程序中遇到的wx:if问题

    最近在项目中遇到wx:if问题进行梳理一下,有个需求就是有数据的时候显示数据列表,没有数据的时候就显示‘去赚钱’的页面,这可以放在一个页面进行显示,就要用到wx:if判断.我在js中设置了一个变量sh ...