打开Cytoscape软件,根据菜单导入string_interactions.tsv文件

File ----> Import ----> Network from File

会弹出下图对话框,在对话框中设置如下:

选中string_interactions.tsv文件,点击打开,导入文件,结果如下图所示。

点击OK,弹出如下视图,ctrl+A选中所有基因节点

使用NetworkAnalyzer分析调整网络图

Tools ---> NetworkAnalyzer ---> Network Analysis ---> Analyze Network

弹出如下跳选框

选择Treat the network as undirected,点击ok

最终生成下图网络

使用Cytoscape画PPI网络图的更多相关文章

  1. 用 Graphviz画神经网络图

    用 Graphviz . 以下代码提供一个例子, 具体使用时做简单修改即可. digraph G { rankdir=LR splines=line nodesep=.05; node [label= ...

  2. nsfocus-笔试题

    1.描述sendmail原理及通讯机制 sendmail程序接受到待发邮件后,通过关键字@判断邮件的格式是否符合要求,匹配成功后提取邮件后缀域名信息并查询DNS数据库相关MX(邮件专用)记录,若有匹配 ...

  3. 使用 R 语言挖掘 QQ 群聊天记录

    1.获取数据 从 QQ 消息管理器中导出消息记录,保存的文本类型选择 txt 文件.这里获取的是某群从 2016-04-18 到 2016-05-07 期间的聊天记录,记录样本如下所示. 消息记录(此 ...

  4. Spark GraphX 的数据可视化

    概述 Spark GraphX 本身并不提供可视化的支持, 我们通过第三方库 GraphStream 和 Breeze 来实现这一目标 详细 代码下载:http://www.demodashi.com ...

  5. PageRank 算法-Google 如何给网页排名

    公号:码农充电站pro 主页:https://codeshellme.github.io 在互联网早期,随着网络上的网页逐渐增多,如何从海量网页中检索出我们想要的页面,变得非常的重要. 当时著名的雅虎 ...

  6. 用R的igraph包来画蛋白质互作网络图 | PPI | protein protein interaction network | Cytoscape

    igraph语法简单,画图快速. Cytoscape专业,个性定制. 最终效果图: 当然也可以用Cytoscape来画. 参考:Network visualization with R Cytosca ...

  7. 使用R的networkD3包画可交互的网络图

    d3network包code{white-space: pre;} pre:not([class]) { background-color: white; }if (window.hljs & ...

  8. R画网络图

    R  画网络图 目的:用R做生信分析,画基因样本的网络图,从中观察样本的致病性情况. 一.所用到的包 library(tidyr) library(ggplot2) library(reshape2) ...

  9. 利用cytoscape做网络图

    首先做出下面的基因间相互关系图 1.准备sif文件 data.sif 网络数据文件 gene1 pp gene2 gene3 gene4 gene5 gene6 gene7 gene8 gene9 n ...

随机推荐

  1. echarts.js:1136 Uncaught Error: Initialize failed: invalid dom.

    一:错误描述:echarts.js:1136 Uncaught Error: Initialize failed: invalid dom. 二:错误原因:echarts在用json数据请求时未调用 ...

  2. Sublime Text 3下Emmet使用技巧

    链接:http://jingyan.baidu.com/article/92255446a87900851648f4d6.html

  3. HWOJ-合唱队

    计算最少出列多少位同学,使得剩下的同学排成合唱队形 说明: N位同学站成一排,音乐老师要请其中的(N-K)位同学出列,使得剩下的K位同学排成合唱队形. 合唱队形是指这样的一种队形:设K位同学从左到右依 ...

  4. 常用的文件数据类型mime

    有时在编程中会用到文件的类型,比如http的请求或相应header头信息,文件上传时自定义头信息等. ai application/postscript aif audio/x-aiff aifc a ...

  5. 一线互联网公司必备——最为详细的Docker入门吐血总结

    在计算机技术日新月异的今天, Docker 在国内发展的如火如荼.     特别是在一线互联网公司 Docker 的使用是十分普遍的,甚至成为了一些企业面试的加分项,不信的话看看下面这张图.     ...

  6. jquery选择器 之 获取父级元素,子元素,同级元素

    <!DOCTYPE html> <html> <head> <meta charset="utf-8"> <link href ...

  7. 找到div下的第一个ul

    $("div#div的id ul li a")//选择的是div下 ul下所有li下的所有a标签 $("div#div的id").children(" ...

  8. C语言通过地址传递参数

    // 正确 #include <stdio.h> struct para { int a; int b; }; struct para test = { .a = , .b = , }; ...

  9. Oracle实例 startup 报错:LRM-00109: could not open parameter file

    SQL> startup ORA-01078: failure in processing system parameters LRM-00109: could not open paramet ...

  10. linux用rdate命令实现同步时间

    用rdate命令实现同步时间 前两天说到用ntp时间服务器和ntpdate命令同步时间,今天简单记录下用rdate同步时间 http://blog.csdn.net/wyzxg/archive/201 ...