1、数据准备

2、画图

3、参数调整

(转自百迈克公众号)

关注下方公众号可获得更多精彩

pheatmap() 的热图制作的更多相关文章

  1. pheatmap绘制“热图”,你需要的都在这

    热图可以聚合大量的数据,并可以用一种渐进色来优雅地表现,可以很直观地展现数据的疏密程度或频率高低. 本文利用R语言 pheatmap 包从头开始绘制各种漂亮的热图.参数像积木,拼凑出你最喜欢的热图即可 ...

  2. pheatmap, gplots heatmap.2和ggplot2 geom_tile实现数据聚类和热图plot

    主要步骤 pheatmap 数据处理成矩阵形式,给行名列名 用pheatmap画热图(pheatmap函数内部用hclustfun 进行聚类) ggplot2 数据处理成矩阵形式,给行名列名 hclu ...

  3. gplots heatmap.2和ggplot2 geom_tile实现数据聚类和热图plot

    主要步骤 ggplot2 数据处理成矩阵形式,给行名列名 hclust聚类,改变矩阵行列顺序为聚类后的顺序 melt数据,处理成ggplot2能够直接处理的数据结构,并加上列名 ggplot_tile ...

  4. 用R包中heatmap画热图

    一:导入R包及需要画热图的数据 library(pheatmap) data<- read.table("F:/R练习/R测试数据/heatmapdata.txt",head ...

  5. 用Excel制作热图(heatmap)的方法

    http://jingyan.baidu.com/article/64d05a0240ec75de55f73bd8.html 利用Excel 2010及以上版本的"条件格式"--& ...

  6. R语言学习 - 热图简化

    绘制热图除了使用ggplot2,还可以有其它的包或函数,比如pheatmap::pheatmap (pheatmap包中的pheatmap函数).gplots::heatmap.2等.   相比于gg ...

  7. 扩增子图表解读3热图:差异菌、OTU及功能

    热图是使用颜色来展示数值矩阵的图形.通常还会结合行.列的聚类分析,以表达实验数据多方面的结果.  热图在生物学领域应用广泛,尤其在高通量测序的结果展示中很流行,如样品-基因表达,样品-OTU相对丰度矩 ...

  8. [R] 如何绘制各样本的pathway丰度热图?

    前言 一般而言,我们做完pathway富集分析,就做下气泡图或bar图来进行展示,但它们实际上只考虑了富集因子和Pvalue.如果我们不关注这两个因素,而是在乎样本本身的pathway丰度呢? 对于K ...

  9. RNA_seq 热图绘制

    若已经拿到表达矩阵exprSet 若差异较大,进行log缩小不同样本的差距 1.热图全体 1 ##加载包 2 library(pheatmap) 3 4 ##缩小表达量差距 5 exprSet < ...

随机推荐

  1. 第二次Alpha Scrum Meeting

    本次会议为Alpha阶段第二次Scrum Meeting会议 会议概要 会议时间:2021年4月24日 会议地点:线上会议 会议时长:30min 会议内容简介:本次会议主要由每个人展示自己目前完成的工 ...

  2. Mac上安装Grafana

    Mac上安装Grafana 一.背景 二.安装步骤 1.通过 Home Brew 安装 2.通过二进制包进行安装 1.下载 2.grafana配置文件的路径 3.修改grafana配置 1.修改默认的 ...

  3. mongodb的聚合操作

    在mongodb中有时候我们需要对数据进行分析操作,比如一些统计操作,这个时候简单的查询操作(find)就搞不定这些需求,因此就需要使用  聚合框架(aggregation) 来完成.在mongodb ...

  4. MD5函数(公共方法)

    1 #region MD5函数 2 /// <summary> 3 /// MD5函数 4 /// </summary> 5 /// <param name=" ...

  5. Python 模块feedparser安装使用

    RSS(简易信息聚合) 简易信息聚合(也叫聚合内容)是一种RSS基于XML标准,在互联网上被广泛采用的内容包装和投递协议.RSS(Really Simple Syndication)是一种描述和同步网 ...

  6. C++常见STL介绍

    栈 :FILO 栈(stack)又名堆栈,它是一种线性表,是一个后进先出的数据结构. 使用时须加上头文件:#include<stack> 允许进行插入和删除操作的一端称为栈顶(top),另 ...

  7. hdu 1503 Advanced Fruits(DP)

    题意: 将两个英文单词进行合并.[最长公共子串只要保留一份] 输出合并后的英文单词. 思路: 求最长公共子串. 记录路径: mark[i][j]=-1:从mark[i-1][j]转移而来. mark[ ...

  8. Docker+nginx搭建tomcat集群

    1.环境准备: a.宿主机CentOS7 b.连接工具FinalShell c.镜像nginx1.20.1,tomcat (镜像拉取:docker pull 镜像名称) 2.创建nginx文件夹,to ...

  9. ORA-01756: quoted string not properly terminated

    导入sql文件报错:ORA-01756: quoted string not properly terminated 字符集的中英文问题: 临时解决方法:export NLS_LANG=AMERICA ...

  10. Java测试开发--Comparable和Comparator接口(五)

    Comparable 简介Comparable 是排序接口.若一个类实现了Comparable接口,就意味着"该类支持排序".此外,"实现Comparable接口的类的对 ...