1、数据准备

2、画图

3、参数调整

（转自百迈克公众号）

关注下方公众号可获得更多精彩

pheatmap() 的热图制作的更多相关文章

  1. pheatmap绘制“热图”，你需要的都在这

    热图可以聚合大量的数据,并可以用一种渐进色来优雅地表现,可以很直观地展现数据的疏密程度或频率高低. 本文利用R语言 pheatmap 包从头开始绘制各种漂亮的热图.参数像积木,拼凑出你最喜欢的热图即可 ...

  2. pheatmap, gplots heatmap.2和ggplot2 geom_tile实现数据聚类和热图plot

    主要步骤 pheatmap 数据处理成矩阵形式,给行名列名 用pheatmap画热图(pheatmap函数内部用hclustfun 进行聚类) ggplot2 数据处理成矩阵形式,给行名列名 hclu ...

  3. gplots heatmap.2和ggplot2 geom_tile实现数据聚类和热图plot

    主要步骤 ggplot2 数据处理成矩阵形式,给行名列名 hclust聚类,改变矩阵行列顺序为聚类后的顺序 melt数据,处理成ggplot2能够直接处理的数据结构,并加上列名 ggplot_tile ...

  4. 用R包中heatmap画热图

    一:导入R包及需要画热图的数据 library(pheatmap) data<- read.table("F:/R练习/R测试数据/heatmapdata.txt",head ...

  5. 用Excel制作热图(heatmap)的方法

    http://jingyan.baidu.com/article/64d05a0240ec75de55f73bd8.html 利用Excel 2010及以上版本的"条件格式"--& ...

  6. R语言学习 - 热图简化

    绘制热图除了使用ggplot2,还可以有其它的包或函数,比如pheatmap::pheatmap (pheatmap包中的pheatmap函数).gplots::heatmap.2等.   相比于gg ...

  7. 扩增子图表解读3热图：差异菌、OTU及功能

    热图是使用颜色来展示数值矩阵的图形.通常还会结合行.列的聚类分析,以表达实验数据多方面的结果.  热图在生物学领域应用广泛,尤其在高通量测序的结果展示中很流行,如样品-基因表达,样品-OTU相对丰度矩 ...

  8. [R] 如何绘制各样本的pathway丰度热图？

    前言 一般而言,我们做完pathway富集分析,就做下气泡图或bar图来进行展示,但它们实际上只考虑了富集因子和Pvalue.如果我们不关注这两个因素,而是在乎样本本身的pathway丰度呢? 对于K ...

  9. RNA_seq 热图绘制

    若已经拿到表达矩阵exprSet 若差异较大,进行log缩小不同样本的差距 1.热图全体 1 ##加载包 2 library(pheatmap) 3 4 ##缩小表达量差距 5 exprSet < ...

随机推荐

  1. 微信小程序实现tabs选项卡

    选项卡在我们的日常开发中,使用的还是蛮多的,但是微信小程序中却没有直接提供选项卡组件,不过我们可以变通通过 scroll-view 和 swiper 组件来实现一个选项卡的功能. 需求: 实现一个选项 ...

  2. 常用JAVA API ：HashSet 和 TreeSet

    set容器的特点是不包含重复元素,也就是说自动去重. HashSet HashSet基于哈希表实现,无序. add(E e)//如果容器中不包含此元素,则添加. clear()//清空 contain ...

  3. 连续子序列的最大和 牛客网 剑指Offer

    连续子序列的最大和 牛客网 剑指Offer 题目描述 HZ偶尔会拿些专业问题来忽悠那些非计算机专业的同学.今天测试组开完会后,他又发话了:在古老的一维模式识别中,常常需要计算连续子向量的最大和,当向量 ...

  4. linux 内核源代码情景分析——几个重要的数据结构和函数

    页面目录PGD.中间目录PMD和页面表PT分别是由表项pgd_t.pmd_t和pte_t构成的数组,而这些表项都是数据结构 1 /* 2 * These are used to make use of ...

  5. 我的笔记本电脑瞬间扩大一个T的容量！

    前言 不知道有多少人在家里搭建中央存储设备的,也就是NAS.这个东西在我日常生活中,存储了大量的个人资料,家人们的照片,技术的资料,还有各种高清影视剧.搭配公网的IP,可以真正做到,任何时候任何地点的 ...

  6. mac bigsur 安装mysql步骤

    我首先下载的是mysql8.x,安装完后,在偏好设置里面,双击mysql图标,弹窗:未能载入偏好设置面板MySQL,重启无果,查攻略说是要安装5.7.x,在mysql官网上,下载5.7.29 强烈建议 ...

  7. （四）FastDFS 高可用集群架构学习---后期运维--基础知识及常用命令

    1.fastdfs 七种状态 FDFS_STORAGE_STATUS:INIT :初始化,尚未得到同步已有数据的源服务器 FDFS_STORAGE_STATUS:WAIT_SYNC :等待同步,已得到 ...

  8. python教程-（四）当索引行不通时（python字典）

    一.创建和使用字典 1.函数dict #字典表示方式如下 >>> phonebook = {'tom':'18616271234',"Jim":"186 ...

  9. Kubernetes(k8s)部署redis-cluster集群

    Redis Cluster 提供了一种运行 Redis 安装的方法,其中数据 在多个 Redis 节点之间自动分片. Redis Cluster 还在分区期间提供了一定程度的可用性,这实际上是在某些节 ...

  10. SpringCloud升级之路2020.0.x版-31. FeignClient 实现断路器以及线程隔离限流的思路

    本系列代码地址:https://github.com/JoJoTec/spring-cloud-parent 在前面一节,我们实现了 FeignClient 粘合 resilience4j 的 Ret ...