plink: 等位型计数(allele count)
对genotype的等位型进行计数,需要用到以下参数:
--freq Allele frequencies
--counts Modifies --freq to report actual allele counts
具体用法如下命令:
/plink-1.07-x86_64/plink --freq --counts --noweb --bfile file --make-bed --out file
.frq.count (basic allele count report)
Produced by '--freq counts'. Valid input for --read-freq.
A text file with a header line, and then one line per variant with the following seven fields:
CHR |
Chromosome code |
SNP |
Variant identifier |
A1 |
Allele 1 (usually minor) |
A2 |
Allele 2 (usually major) |
C1 |
Allele 1 count |
C2 |
Allele 2 count |
G0 |
Missing genotype count (so C1 + C2 + 2 * G0 is constant on autosomal variants) |
注意:这里用到的是plink的1.07版本,如果是1.9或者2.0版本,则命令可能会有些许的改动,具体参考官网。
参考:http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/reference.shtml
plink: 等位型计数(allele count)的更多相关文章
- Spark: 单词计数(Word Count)的MapReduce实现(Java/Python)
1 导引 我们在博客<Hadoop: 单词计数(Word Count)的MapReduce实现 >中学习了如何用Hadoop-MapReduce实现单词计数,现在我们来看如何用Spark来 ...
- [Swift]LeetCode204. 计数质数 | Count Primes
Count the number of prime numbers less than a non-negative number, n. Example: Input: 10 Output: 4 E ...
- Hadoop: 单词计数(Word Count)的MapReduce实现
1.Map与Reduce过程 1.1 Map过程 首先,Hadoop会把输入数据划分成等长的输入分片(input split) 或分片发送到MapReduce.Hadoop为每个分片创建一个map任务 ...
- 计数排序(Count Sort )与插入排序(Insert Sort)
计数排序法:计数数组适用于当前数组密集的情况.例如(2,3,5,4,2,3,3,2,5,4) 方法:先找出最大值最小值,之后统计每个数出现的次数,根据次数从小到大往数组里添加 计数排序法是一种不需要比 ...
- C++ 引用计数技术及智能指针的简单实现
一直以来都对智能指针一知半解,看C++Primer中也讲的不够清晰明白(大概是我功力不够吧).最近花了点时间认真看了智能指针,特地来写这篇文章. 1.智能指针是什么 简单来说,智能指针是一个类,它对普 ...
- JButton计数
1.引言 在Swing窗口中,我们时常会点击按钮进行计数,例如点击按钮A,第一次弹出窗口1,第二次弹出窗口2....以及按钮的快捷键设置. import java.awt.event.ActionEv ...
- select count(*)和select count(1)的区别 (转)
A 一般情况下,Select Count (*)和Select Count(1)两着返回结果是一样的 假如表沒有主键(Primary key), 那么count(1)比count(*)快, 如果有主键 ...
- C++引用计数
简介 引用计数就是对一个对象记录其被引用的次数,其的引用计数可加可减,那什么时候加什么时候减呢?所以引用计数的重点在于在哪里加,在哪里减: 加: 减: 实现 // // Ref.hpp // Ref ...
- MYSQL 行转列 以及基本的聚合函数count,与group by 以及distinct组合使用
在统计查询中,经常会用到count函数,这里是基础的 MYSQL 行转列 以及基本的聚合函数count,与group by 以及distinct组合使用 -- 创建表 CREATE TABLE `tb ...
随机推荐
- vue 思維導圖
vue概念:vue是一個輕量級的javascript庫:是一種漸進式的框架:vue可以實現數據視圖雙向綁定. vue基礎語法:實例化.條件.循環 vue重頭戲:動畫.組件.過濾.ajax.自定義組件. ...
- RabbitMQ在Ubuntu 16.04下的安装与配置
安装执行如下命令: echo 'deb http://www.rabbitmq.com/debian/ testing main' | sudo tee /etc/apt/sources.list.d ...
- reshape
reshape 编辑 reshape是一种函数,函数可以重新调整矩阵的行数.列数.维数.在matlab命令窗口中键入doc reshape或help reshape即可获得该函数的帮助信息. B = ...
- 如何在虚拟机下配置centOS7
链接地址:https://baijiahao.baidu.com/s?id=1597320700700593557&wfr=spider&for=pc
- IDM下载神器
破解版IDM 个人评价:基本上能满足日常下载需求,除bt.磁力外. 不管是在线视频, 还是音乐, 电子书, 统统都能下载, 还附有爬虫功能~~ 直接附链接: 百度云链接: https://pan.ba ...
- 【XSY2716】营养餐 博弈论
题目描述 给你一棵有根树,每个点有两个属性\(a,b\) 两人轮流操作,每次要减小一个点的\(a\)值,要求 \[ a_x\geq\sum_{i\in child(x)}a_ib_i \] 保证初始状 ...
- 【XSY2524】唯一神 状压DP 矩阵快速幂 FFT
题目大意 给你一个网格,每个格子有概率是\(1\)或是\(0\).告诉你每个点是\(0\)的概率,求\(1\)的连通块个数\(\bmod d=0\)的概率. 最开始所有格子的概率相等.有\(q\)次修 ...
- 二叉搜索树(BST)详解
前言:平衡树的前置知识吧 二叉搜索树的定义: 二叉搜索树或者是一棵空树,或者是具有下列性质的二叉树: (1)若左子树不空,则左子树上所有结点的值均小于或等于它的根节点的值: (2)若右子树不空,则右子 ...
- MT【303】估计
(2016浙江填空压轴题)已知实数$a,b,c$则 ( )A.若$|a^2+b+c|+|a+b^2+c|\le1,$则$a^2+b^2+c^2<100$B.若$|a^2+b+c|+|a+ ...
- 【Luogu4396】[AHOI2013]作业(莫队)
[Luogu4396][AHOI2013]作业(莫队) 题面 洛谷 题解 模板题 #include<iostream> #include<cstdio> #include< ...