对genotype的等位型进行计数,需要用到以下参数:

--freq Allele frequencies
--counts Modifies --freq to report actual allele counts

具体用法如下命令:

/plink-1.07-x86_64/plink --freq --counts --noweb --bfile file  --make-bed --out file

 

.frq.count (basic allele count report)

Produced by '--freq counts'. Valid input for --read-freq.

A text file with a header line, and then one line per variant with the following seven fields:

CHR

Chromosome code

SNP

Variant identifier

A1

Allele 1 (usually minor)

A2

Allele 2 (usually major)

C1

Allele 1 count

C2

Allele 2 count

G0

Missing genotype count (so C1 + C2 + 2 * G0 is constant on autosomal variants)

注意:这里用到的是plink的1.07版本,如果是1.9或者2.0版本,则命令可能会有些许的改动,具体参考官网。

参考:http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/reference.shtml

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