以前有的是非完整时间写的博客,抽时间需要统一整理一下。

今天在重新装repeatmasker。

整个过程是这样的,有关联的事情有两个。

1. 装repeatmasker需要各种Prerequisites,其中就可能用到了blast,而之前一直找这个版本的blast,在ncbi硬是没有找到:

blastdb_aliastool blastn deltablast makeblastdb rmblastn tblastn
blastdbcheck blastp dustmasker makembindex rpsblast tblastx
blastdbcmd blastx get_species_taxids.sh makeprofiledb rpstblastn update_blastdb.pl
blast_formatter convert2blastmask legacy_blast.pl psiblast segmasker windowmasker

2. 我有一些基因,需要找一下这些基因在各个物种的基因组上的位置,并注释出来。

然后我用了ncbi的版本:好吧,区别不到,少了 rmblastn

3. 安装repeatmasker

按照路径指示没有问题

4.安装repeatmodeler

perl ./configure

#

The following perl modules required by RepeatModeler are missing from
your system. Please install these first:
JSON

没看懂,去找,没找到怎么下的

$ wget https://centos.pkgs.org/7/centos-x86_64/perl-JSON-2.59-2.el7.noarch.rpm.html

$ rpm2cpio perl-JSON-2.90-1.of.el7.src.rpm |cpio -div

$ tar zxvf JSON-2.90.tar.gz

$ perl Makefile.PL

make

make install

完事

4.继续装repeatmodeler,

**REPEATMASKER INSTALLATION PATH**   将repeatmasker的路径喂给它

**RECON INSTALLATION PATH**  找找这个是啥

RECON - De Novo Repeat Finder, Bao Z. and Eddy S.R. Developed and tested with our patched version of RECON ( 1.08 ). The 1.08 version fixes problems with running RECON on 64 bit machines and supplies a workaround to a division by zero bug along with some buffer overrun fixes. The program is available at: http://www.repeatmasker.org/RECON-1.08.tar.gz. The original version is available at http://eddylab.org/software/recon/.

**RepeatScout INSTALLATION PATH**

RepeatScout - De Novo Repeat Finder, Price A.L., Jones N.C. and Pevzner P.A. Developed and tested with our multiple sequence version of RepeatScout ( 1.0.6 ). This version is available at http://www.repeatmasker.org/RepeatScout-1.0.6.tar.gz

http://bix.ucsd.edu/repeatscout/

**NSEG INSTALLATION PATH**

http://www.pdas.com/packages/nseg.zip

不对

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/seg/nseg/.

然后就可以了。

继续报错:

exist! RepeatModeler will not run correctly without these

然后去看贴吧

'm only guessing, but [n??] sounds like the extensions of files generated by formatdb when creating nucleotide database. Given that RepeatMasker.lib is a FASTA file, maybe you need to run formatdb on it.

./makeblastdb: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.14' not found (required by ./makeblastdb)

所以可能存在的问题有两个,一个是没有建库,一个是建库软件错误,无法建库。

不行!!!继续找别人的经验

不想折腾了,下载RepeatModeler-2.0.tar.gz

注意,如果不想折腾的话,不要选yes,我去下载LTR_Retriever,MAFFT

说实话,我想回滚了。

wget http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.158-without-extensions-src.tgz (备份一个wget http://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mafft-7.158-gcc_fc6.x86_64.rpm)

按照说明安装和编译,repeatmodeler说不想玩,下另一个,OK

https://github.com/traviswheelerlab/ninja/releases/tag/0.95-cluster_only

make all

应该通关了吧。

Congratulations! RepeatModeler is now ready to use.

今天准备将所有的常用软件备份到自己的网站undef.cn里面,但是这个网站还没有备案,所以可以先在cospure.cn上看到。

以上,repeatmodeler安装通关记录

abyss king

生信 - 从repeatmasker传送门过来的 blast的更多相关文章

  1. 生信工具汇总--OMICtools

    各种生信工具: https://omictools.com/

  2. 生信基础知识【04】GO和pathway分析

    非原创 参考资料: 一文掌握GO和pathway分析 - 生物信息学讨论版 -丁香园论坛http://www.dxy.cn/bbs/thread/34904124#34904124 GO富集 GO是G ...

  3. 生信软件的好帮手-bioconda--转载

    http://mp.weixin.qq.com/s/nK1Kkf9lfZStoX25Y7SzHQ 这篇文章主要适用于Linux平台,当然MacOS也行,不过它有更好安装方法. 此外网上也会许多更好的关 ...

  4. 精心整理(含图版)|你要的全拿走!(R数据分析,可视化,生信实战)

    本文首发于“生信补给站”公众号,https://mp.weixin.qq.com/s/ZEjaxDifNATeV8fO4krOIQ更多关于R语言,ggplot2绘图,生信分析的内容,敬请关注小号. 为 ...

  5. 生信-使用NCBI进行目的基因的引物设计

    使用NCBI进行目的基因的引物设计 全文概述 利用生信工具进行目的基因的引物设计,使用了NCBI进行筛选与设计引物,使用 idtdna对筛选出的DNA进行检查.本文分享了如何筛选出高质量的基因引物,帮 ...

  6. 计科菜鸟玩生信(一)——Windows10下用docker安装GATK

    1.官网下载GATK. (学校网速实在是太慢了,下载几个小时到自闭) 下载地址:https://software.broadinstitute.org/gatk/download/ 下载完成后文件夹中 ...

  7. 生信云实证Vol.12:王者带飞LeDock!开箱即用&一键定位分子库+全流程自动化,3.5小时完成20万分子对接

    LeDock是苏黎世大学Zhao HongTao在博士期间开发的一款分子对接软件,专为快速准确地将小分子灵活对接到蛋白质而设计.LeDock优于大部分商业软件,在Astex多样性集合上实现了大于90% ...

  8. 生信分析常用脚本(二)--SOAPdenovo

    1.SOAPDenovo配置文件示例 软件下载安装和使用:http://soap.genomics.org.cn/soapdenovo.html asm.cfg #maximal read lengt ...

  9. 生信-RPKM与FPKM学习[转载]

    转自:https://baike.baidu.com/item/RPKM/1197657 均反应基因的表达水平 1.RPKM的计算公式 分母是总共比对到这个基因的reads的数目(条 为单位),分母是 ...

随机推荐

  1. Jmeter中逻辑控制器

    1.ForEach控制器 操作如下: 对应结果: 2.if controller(类似于if语句,根据给定表达式的值决定是否执行该节点下的字节的) 3.交替控制器(根据线程组中的循环次数来设定子节点中 ...

  2. postman动态数据获取

    1.以获取token(JWT)和uid为例 2.在登录接口的tests中写入代码(因为登录接口报文信息中有返回JWT和uid) 3.在其他接口中需要用到JWT和uid的地方设置变量{{JWT}}和{{ ...

  3. PHP会话机制---session的基本使用

    登录网站后,在每个网页都能拿到用户信息 (1) 使用超链接传递用户名,这样太繁琐了,不建议使用 . (2) 使用数据库,每打开一个页面都查询一次用户信息表,这样网页加载速度变慢,用户体验变差. (3) ...

  4. Unix 线程共享创建进程打开的文件资源(1)

    执行环境:Linux ubuntu 4.4.0-31-generic #50-Ubuntu SMP Wed Jul 13 00:07:12 UTC 2016 x86_64 x86_64 x86_64 ...

  5. 理解JavaScript中的堆和栈

    这里先说两个概念:1.堆(heap)2.栈(stack)堆 是堆内存的简称.栈 是栈内存的简称.说到堆栈,我们讲的就是内存的使用和分配了,没有寄存器的事,也没有硬盘的事.各种语言在处理堆栈的原理上都大 ...

  6. 关于用gulp合并压缩seaJs模块

    现在很多人都在用seaJs来开发项目,seaJs上手容易,操作简单.但在后期做合并压缩的时候却中了个巨大无比的坑,但坑也总得有人来填.于是花了将近一个星期的时间来填了这坑,现将填坑的一些心得与大家分享 ...

  7. 记录一次gdb debug经历

    目录 问题描述 查看core文件 使用gdb查看core文件 总结 问题描述 今天在写代码时,运行时奔溃了.segment fault,而且是在程序退出main()函数后,才报的. 唯一的信息是:Se ...

  8. codeforce -14A A. Letter

    A. Letter time limit per test 1 second memory limit per test 64 megabytes input standard input outpu ...

  9. JavaScript随机生成布尔值

    //方法一 var rand = Boolean(Math.round(Math.random())); conosole.log(rand) // 方法二: var arr = [true,fals ...

  10. .NET进阶篇05-Linq、Lambda表达式

    知识需要不断积累.总结和沉淀,思考和写作是成长的催化剂 内容目录 一.Lambda表达式1.匿名方法2.Lambda表达式二.Linq概述三.查询操作符1.linq初见2.常用查询操作符筛选排序分组连 ...