【poj3691-DNA repair】AC自动机+DP

题意：给n个病毒DNA序列，再给一个DNA序列，问该序列至少修改多少个碱基能不含任何病毒DNA。病毒DNA序列一共不超过1000，询问的DNA长度不超过1000。

题解：DP：d[l][p]表示询问到第l位、当前在AC自动机上的位置为p时的最少修改数，用d[l][p]推d[l+1][x]。本来打的是递归，结果递归死循环了。。于是改成递推了。

不想清楚的话递归真的好容易死掉TAT

 //poj3691
 #include<cstdio>
 #include<cstdlib>
 #include<cstring>
 #include<iostream>
 #include<queue>
 using namespace std;

 const int N=,INF=(int)1e9;
 int n,num,sl,ans,d[N][N];
 char s[N];
 struct node{
     int fail,fa,bk,son[];
 }a[N];
 queue<int> q;

 int minn(int x,int y){return x<y ? x:y;}

 int idx(char c)
 {
     if(c=='A') return ;
     if(c=='T') return ;
     if(c=='C') return ;
     if(c=='G') return ;
 }

 void clear(int x)
 {
     a[x].bk=a[x].fail=a[x].fa=;
     memset(a[x].son,,sizeof(a[x].son));
 }

 void read_trie()
 {
     scanf("%s",s);
     int x=,l=strlen(s);
     for(int i=;i<l;i++)
     {
         int ind=idx(s[i]);
         if(!a[x].son[ind])
         {
             clear(++num);
             a[x].son[ind]=num;
             a[num].fa=x;
         }
         x=a[x].son[ind];
     }
     a[x].bk=;
 }

 void buildAC()
 {
     while(!q.empty()) q.pop();
     for(int i=;i<=;i++)
         if(a[].son[i]) q.push(a[].son[i]);
     while(!q.empty())
     {
         int x=q.front();q.pop();
         int fail=a[x].fail;
         for(int i=;i<=;i++)
         {
             if(a[x].son[i])
             {
                 int y=a[x].son[i],z=a[fail].son[i];
                 a[y].fail=z;
                 a[y].bk|=a[z].bk;
                 q.push(y);
             }
             else a[x].son[i]=a[fail].son[i];
         }
     }
 }

 int main()
 {
     freopen("a.in","r",stdin);
     freopen("a.out","w",stdout);
     int T=;
     while()
     {
         scanf("%d",&n);
         if(!n) return ;
         num=;
         clear();
         for(int i=;i<=n;i++) read_trie();
         buildAC();
         scanf("%s",s+);
         sl=strlen(s+);
         ans=INF;
         memset(d,,sizeof(d));
         d[][]=;
         for(int i=;i<sl;i++)
         {
             for(int j=;j<=num;j++)//在AC自动机上的位置
             {
                 if(d[i][j]<INF)
                 {
                     int ind=idx(s[i+]);
                     int x=a[j].son[ind];
                     for(int k=;k<=;k++)
                     {
                         int y=a[j].son[k];
                         if(a[y].bk || x==y) continue;
                         d[i+][y]=minn(d[i+][y],d[i][j]+);
                     }
                     if(a[x].bk==)
                         d[i+][x]=minn(d[i+][x],d[i][j]);
                 }
             }
         }
         for(int i=;i<=num;i++) ans=minn(ans,d[sl][i]);
         if(ans<INF) printf("Case %d: %d\n",++T,ans);
         else printf("Case %d: -1\n",++T);
     }
     return ;
 }