GenTree：基因进化和功能分析

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GenTree是一个集合多种数据的在线数据库。

总共涉及的基因有63152个，蛋白质编码基因有20300个。

评估基因年龄用的是UCSC数据库的14个支系。

转录组数据调用了HPA,BrainSpan,GTEx。

蛋白质组调用了HPM。

群体数据调用了GWASdb2,PopHuman。

详细信息见下图。

这个网站的使用方式很简单。

支持的输入方式有：

Gene symbol或者基因名字，比如ENSG00000007129, GLUD2, TBC1D3, PBOV1。

位置输入，比如chr1:1-100000 / chr1:1+9999

序列输入，比如MAPRGFSCLLLSTSEIDLPVKRLLSSVF

其主要功能有：

1）基因在不同物种的起源分支以及年龄推断；

在该网页输入基因名字后，会显示如下图。

将鼠标点放在支系上，会显示基因的突变年龄，以及该支系的代表图片。

2）同源基因推断；

同源基因推断这里，还会同时提供同源基因的Ka/Ks值，不同物种的Ka/Ks值。

3）GWAS报道的相关表型；

4）基因功能注释；

HPA的不同组织的FPKM值：

该基因在出生前和出生后的RPKM：

上面列出来的只是部分结果展示，还有其他好玩的功能，这里就不多介绍了。感兴趣的自己摸索吧。