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ESearch（文本搜索）

eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi?term=lung

所需的参数

DB

数据库中进行搜索。 值必须是有效的Entrez数据库名称 （默认为考研）。

term

Entrez的文字查询。 所有特殊字符必须被URL编码。 空间可以通过“+”号代替。 对于非常长的查询（超过几百个字符），可以考虑使用一个HTTP POST调用。 见考研或Entrez的帮助有关搜索字段说明和标签的信息。 搜索栏和标签都是特定于数据库。

esearch.fcgi?db=pubmed&term=asthma

可选参数 - 历史服务器

usehistory

当usehistory设置为'Y'，ESearch将发布从搜索操作到历史服务器所得以便他们可以直接在后续的E-效用呼叫中使用的的UID。 此外，usehistory必须设置为“Y”为ESearch来解释包括在术语或接受WebEnv作为输入查询项值。

WebEnv

从以前的ESearch，EPost或ELINK调用Web环境的字符串返回。 当提供，ESearch将发布搜索操作的结果，以这种预先存在WebEnv，从而将结果追加到现有环境。 此外，提供WebEnv允许在术语中使用的查询键，以便先前搜索集可被组合或限定。 如上所述，如果WebEnv被使用，usehistory必须设置为“Y”。

esearch.fcgi?db=pubmed&term=asthma&WebEnv=<webenvstring>&usehistory=y

query_key

由以前ESearch，EPost或ELINK调用返回整数查询键。 当提供，ESearch会发现由query_key指定的集合的交集与由查询中术语检索到的组（即连接两个用AND）。 为query_key到功能，WebEnv必须分配一个现有WebEnv串和usehistory必须设置为“Y”。

也可以以术语提供数值查询键，如果它们是由一个“＃”（23％在URL）preceeded。 而只有一个query_key参数可被提供给ESearch，任何数量的查询键可以在长期进行组合。 此外，如果查询键术语被提供，它们可以使用OR或NOT除了与结合。

以下两个URL是功能上等同的：

esearch.fcgi?db=pubmed&term=asthma&query_key=1&WebEnv= <webenv string>&usehistory=y  esearch.fcgi?db=pubmed&term=%231+AND+asthma&WebEnv= <webenv string>&usehistory=y

参数：

retstart

要显示在XML输出​​在检索到集中的第一个的UID的顺序索引（缺省值= 0，对应于整个组的第一记录）。 这个参数可用于结合retmax下载从搜索检索到的UID的任意子集。

retmax

要显示在XML输出​​（缺省值= 20），从所检索的设置的UID的总数。 默认情况下，ESearch仅包括在XML输出​​检索到的第一个20的UID。 如果usehistory设置为'Y'，则所检索的集合的剩余部分将被存储在历史服务器上; 否则，这些的UID都将丢失。 增加retmax允许更多的检索的UID被包括在XML输出，最多100,000的记录。 为了获取超过10万的UID，提交多个esearch请求，同时递增retstart的值（参见应用3）。

rettype

检索类型。 有对ESearch 2允许值：“uilist”（默认），其中显示标准XML输出​​，以及“计数”，其中仅显示<计数>标记。

retmode

检索类型。 确定返回的输出的格式。 默认值是“XML”的ESearch XML，但是“JSON”还支持返回输出JSON格式。

Sort

指定用于排序的ESearch输出的UID的方法。 可用值的变化由数据库 （DB），并可以在一Entrez的搜索结果页面的显示设置菜单中找到。 如果usehistory设置为“Y”，UID将被装载到历史服务器中指定的排序顺序，将检索由ESummary或EFetch的顺序。 示例值是“相关性”和“名称”的基因和“第一+作家”和“酒吧+日期”为考研。 用户应该知道那种的默认值从一个数据库的不同而不同，而且，对于一个给定的数据库使用ESearch的默认值可能不同于NCBI上的网页搜索页面中使用。

Field

搜索栏。 如果使用的话，整个搜索术语将被限制到指定的Entrez字段。 下面的两个网址是等价的：

esearch.fcgi?db=pubmed&term=asthma&field=title esearch.fcgi?db=pubmed&term=asthma[title]

可选参数 - 日期

datetype

日期的类型用于限制搜索范围。 允许值的Entrez数据库之间有所不同，但共同的价值观是'MDAT“（修改日期），”PDAT“（出版日期）和”EDAT“（Entrez的日期）。 一般的Entrez的数据库将只有两个为datetype允许值。

reldate

当reldate被设定为整数 n，搜索将返回只有那些具有通过datetype内的最后n天指明的日期的项目。

为MinDate，的maxDate

时间范围用来限制由datetype指定的日期的搜索结果。 这两个参数（ 为MinDate，的maxDate）必须一起使用，以指定一个任意时间范围。 一般格式为YYYY / MM / DD，而这些变体也允许：YYYY，YYYY / MM

ESummary

基本URL

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi

功能

返回文档摘要（DocSums）输入的UID列表

返回DocSums存储的Entrez的历史服务器上的一组的UID

必选参数

DB

数据库从中检索DocSums。 该值必须是有效的Entrez数据库名称 （默认为考研）。

所需的参数 - 仅用于输入来自UID列表

ID

UID列表。 无论是单一的UID或以逗号分隔的UID列表提供了可能。 所有的UID必须来自DB指定的数据库。 没有设置最大为可传递到ESummary，UID的数量，但如果超过约200的UID是要提供，请求应使用HTTP POST方法来制备。

esummary.fcgi?db=protein&id=15718680,157427902,119703751

所需的参数 - 仅用于输入从Entrez的历史服务器

query_key

查询键。 此整数指定哪个连接到给定网络环境在UID列表将被用作输入到ESummary。 查询键是从以前ESearch，EPost或ELINK呼叫的输出端获得。 所述query_key参数必须与WebEnv一起使用。

WebEnv

网络环境下。 此参数指定包含要作为输入提供给ESummary的UID列表中的网络环境。 通常这个WebEnv值从先前的ESearch，EPost或ELINK调用的输出中获得。 所述WebEnv参数必须与query_key一起使用。

esummary.fcgi?db=protein&query_key=<key>&WebEnv=<webenv string>

可选参数 - 检索

retstart

要检索的第一DocSum的顺序索引（缺省= 1，对应于整个组的第一记录）。 这个参数可用于结合retmax从输入集合下载DocSums的任意子集。

retmax

要检索从输入集合DocSums总数，最多10000。 如果总集是比这更大的最大值，retstart的值可以在保持恒定retmax，由此下载的大小retmax分批整个集被迭代。

retmode

检索类型。 确定返回的输出的格式。 默认值是“XML”的ESummary XML，但是“JSON”还支持返回输出JSON格式。

版本

用于指定版本2.0 ESummary XML。 唯一支持的值是“2.0”。 当存在时，ESummary将返回版本2.0 DocSum的XML是唯一的每个的Entrez数据库和通常含有比默认DocSum的XML更多的数据。

示例

PubMed：

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=pubmed&id=11850928,11482001

PubMed，2.0版的XML：

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=pubmed&id=11850928,11482001&version=2.0

蛋白质：

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=protein&id=28800982,28628843

核苷酸：

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=nucleotide&id=28864546,28800981

结构体：

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=structure&id=19923,12120

分类：

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=taxonomy&id=9913,30521

UniSTS：

http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esummary.fcgi?db=unists&id=254085,254086