TrimGalore

就是一个简单的perl wrapper，打包了fastqc和cutadapt，但是却非常实用。

因为cutadapt的参数选择实在是有够复杂，光接头类型就有5种，还有各种参数，大哥，我就想去去接头、trim一下质量而已，你就不能自动搞了吗。不要给选择困难症的我这么多选择啊。

想自动化？trim_galore 完美的符合了你的需求，无需自己去查接头，全自动质量过滤，噢耶。

还能和mutilqc完美对接，生成网页版报告。

使用比较简单直接：

trim_galore --phred33 --gzip --trim-n -o $out_dir --paired $raw_fq1 $raw_fq2

其他参数无需选择，默认的就可以了，是不是十分之自动化。　　

参见说明文档

质控工具之TrimGalore使用方法的更多相关文章

  1. Java 使用Redis缓存工具的图文详细方法

    开始在 Java 中使用 Redis 前, 我们需要确保已经安装了 redis 服务及 Java redis 驱动,且你的机器上能正常使用 Java. (1)Java的安装配置可以参考我们的 Java ...

  2. Java基础知识强化之集合框架笔记33：Arrays工具类中asList()方法的使用

    1. Arrays工具类中asList()方法的使用 public static <T> List<T> asList(T... a): 把数组转成集合 注意事项: 虽然可以把 ...

  3. Linux性能分析工具与图形化方法

    欢迎大家前往腾讯云+社区,获取更多腾讯海量技术实践干货哦~. 作者:赵坤|腾讯魔王工作室后台开发工程师 在项目开发中,经常会遇到程序启动时间过长.CPU使用率过高等问题,这个时候需要依靠性能分析工具来 ...

  4. Hutool工具里，POST方法，body中传参的几种调用方法

    接口说明: POSTMAN测试: JAVA代码: package com.provy.guard.api; import java.util.HashMap; import java.util.Map ...

  5. WQL语言简介和WQL测试工具wbemtest.exe使用方法详细介绍

    这篇文章主要介绍了WQL语言简介和WQL测试工具wbemtest.exe使用方法详细介绍,WQL是指Windows管理规范查询语言,需要的朋友可以参考下 WQL就是WMI中的查询语言,WQL的全称是W ...

  6. MYSQL 命令行工具自动登录的方法

    MYSQL 命令行工具自动登录的方法 1. 需求提出 由于在linux 环境下,经常需要使用mysql(command-line tool) 终端连接到MYSQL DB服务. 其中大致的语法如下: m ...

  7. 数据库管理工具navicat基本使用方法——以MySql为例

    mysq数据库管理工具navicat基本使用方法 https://www.cnblogs.com/neuedu/p/5876874.html

  8. 工具类Arrays.asList()方法把数组转换成集合

    工具类Arrays.asList()方法把数组转换成集合 不能使用其修改集合相关的方法,它的add/remove/clear方法会抛出UnsupportedOperationException() 问 ...

  9. nmap端口扫描工具安装和使用方法

    nmap(Network Mapper)是一款开源免费的针对大型网络的端口扫描工具,nmap可以检测目标主机是否在线.主机端口开放情况.检测主机运行的服务类型及版本信息.检测操作系统与设备类型等信息. ...

随机推荐

  1. 单片机中printf函数的重映射

    单片机中printf函数的重映射 一.源自于:大侠有话说 1.如果你在学习单片机之前学过C语言,那么一定知道printf这个函数.它最最好用的功能 除了打印你想要的字符到屏幕上外,还能把数字进行格式化 ...

  2. STM32的FLASH ID加密

    #define FLASH_ID_OFFSET 30000    //任意定义一个数 //把地址直接减去或者加上一个数是不要程序中直接出现这个地址 volatile u32 Flash_ID_addr ...

  3. error C4996: Function call with parameters that may be unsafe – this call relies on the caller to ch

    在加入QCustomplot时有如题的错误 1>c:\program files (x86)\microsoft visual studio11.0\vc\include\xutility(21 ...

  4. 网络 --- 4 socketserver模块并发 连接合法性

    一.socketserver模块 ②服务端 ③客户端 二.连接合法性       ①os.urandom(n) 一种bytes类型的随机生成n个字节字符串的方法 而且每次生成的值都不相同.再加上md5 ...

  5. Spring Cloud 入门指南

    Spring Cloud 方志朋-史上最简单的 Spring Cloud 教程

  6. GCD与莫比乌斯反演的勾当

    目录 机房最后一个学懵逼钨丝的人 题目一 题目 bzoj1101 机房最后一个学懵逼钨丝的人 题目一 链接 题目没找到 求\(\sum_{1}^{n}\sum_{1}^{m}gcd(i,j)\) 式子 ...

  7. Linux（CentOS）上面搭建Nginx环境

    总体上来说,Linux 这个系统其实挺好用的 除了看不见界面,但是用起来确实是比Window好用太多了,不废话了,直接说搭建环境的步骤! 安装Nginx 编译运行时的环境 参考博客:http://ww ...

  8. word设置行距18磅

    参考:word如何设置行距18磅 word设置行距18磅 选中需要设置的段落--"格式"菜单--段落--"缩进和间距"标签--在"行距"下拉 ...

  9. 【NOIP 2016】Day1 T2 天天爱跑步

    Problem Description 小 C 同学认为跑步非常有趣,于是决定制作一款叫做<天天爱跑步>的游戏.<天天爱跑步>是一个养成类游戏,需要玩家每天按时上线,完成打卡任 ...

  10. 《机器学习实战》之k-近邻算法（改进约会网站的配对效果）

    示例背景: 我的朋友海伦一直使用在线约会网站寻找合适自己的约会对象.尽管约会网站会推荐不同的人选,但她并不是喜欢每一个人.经过一番总结,她发现曾交往过三种类型的人: (1)不喜欢的人: (2)魅力一般 ...